Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,038,828 – 8,038,940 |
Length | 112 |
Max. P | 0.916873 |
Location | 8,038,828 – 8,038,940 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 5 |
Columns | 114 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.33 |
Mean single sequence MFE | -31.48 |
Consensus MFE | -19.75 |
Energy contribution | -19.79 |
Covariance contribution | 0.04 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -2.42 |
Structure conservation index | 0.63 |
SVM decision value | 1.11 |
SVM RNA-class probability | 0.916873 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 8038828 112 - 22224390 AUUAAAGGCAUGCAGGUUUGACUGUUGUAUCCAUUG-GUACAUAGAAAC-CCGUAUAUAUGUACAUAUGUAUGCAUCUAUGCGGCUGUACAUUCAUAUCUGUGUGUCUGUGGCC .....((((((((((((.(((.(((.(((((....)-))))((((....-(((((((.(((((........))))).)))))))))))))).))).))))))))))))...... ( -36.00) >DroSec_CAF1 12475 100 - 1 AUCAAAGGCAUGCAGGUUCGACUGUUGUAUCCAUUG-GUACAUAGAAAC-CCGUAUAUAU--------GUAUGUGUUUAUGCGGCUGUACAU--AUGUG--UGUGUCUGUGGCC .(((.(((((((((((((...((((.(((((....)-)))))))).)))-).(((((..(--------(((((....))))))..)))))..--...))--))))))).))).. ( -28.60) >DroSim_CAF1 1758 102 - 1 AUCAAAGGCAUGCAGGUUCGACUGUUGUAUCCAUUG-GUACAUAGAAAC-CCGUAUAUAU--------GUAUGUGUUUAUGCGGCUGUACAU--AUGUGUGUGUGUCUGUGGCC .(((.(((((((((((((...((((.(((((....)-)))))))).)))-)..(((((((--------(((((.(((.....))))))))))--)))))))))))))).))).. ( -30.10) >DroEre_CAF1 9499 94 - 1 AUCAGAGUCAUGCAGGUUCGCCUGUGGUAUCCAUUGCAUAUAUAGAAACCCCGUAUG------------UAUGUAUUUAUGUGGCUGUA--------UCUGUGUGUCUGUGGCC .(((.((.(((((((((..(((.((((...))))(((((((((((......).))))------------)))))).......)))...)--------)))))))).)).))).. ( -29.30) >DroYak_CAF1 14306 92 - 1 AUCAAAGGCAUGCAGGUUCGACUGUAGUAUCCAUUG-GUACACAGAAAC-CCGUAUA------------UAUGCAUUUAUGCGGCUGUA--------UCUGUGUGUCUGUGGCC ......(((.(((((......))))).....(((.(-..(((((((.((-(((((((------------........)))))))..)).--------)))))))..).)))))) ( -33.40) >consensus AUCAAAGGCAUGCAGGUUCGACUGUUGUAUCCAUUG_GUACAUAGAAAC_CCGUAUAUAU________GUAUGUAUUUAUGCGGCUGUACAU__AU_UCUGUGUGUCUGUGGCC .(((.(((((((((((.....((((.((((.......)))))))).....(((((((....................))))))).............))))))))))).))).. (-19.75 = -19.79 + 0.04)
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