Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,012,996 – 8,013,120 |
Length | 124 |
Max. P | 0.860951 |
Location | 8,012,996 – 8,013,108 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 6 |
Columns | 116 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.61 |
Mean single sequence MFE | -47.02 |
Consensus MFE | -31.56 |
Energy contribution | -32.62 |
Covariance contribution | 1.06 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -1.84 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 0.79 |
SVM RNA-class probability | 0.852680 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 8012996 112 - 22224390 GCGCUGCAUCAGCAGCGAGUACCAUAUCGCUGGUACUCGGGAGCUCGGCGAUCUCGAUCGGCGCACUAUGAGUACCGCUUGUGAAAGAG-CAGGACAGGCACAUCCAGGCA--AG- .((((((....))))))...........(((((((((((..((..((.((((....)))).))..)).))))))))((((((.......-....)))))).......))).--..- ( -42.30) >DroVir_CAF1 3858 104 - 1 GCGUUGCAUCAGCAGCGGGUGCCAUAUCGCUGGUACUCGGGUGCGCGGCGUUCACGUUCCGCGCACUACGAGUACCGUCUCUGAAAGAAACGAGACG-----------GCAAUAG- .((((((....))))))..((((........(((((((((((((((((((....))..))))))))).))))))))(((((..........))))))-----------)))....- ( -53.60) >DroPse_CAF1 2223 109 - 1 UCGUUGCACCAGCAACGUGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGUGCUCGACGCUCCCGCUCGGCCCACUACGAGUACCGGCUGUGAGAGAG-CGGGACA----CCAGCAGGAA--AGG ..(((((....)))))(((((((((.(((((((((((((((((.((((.((....))))))..)))).)))))))))))...))...))-.))))))----).........--... ( -46.50) >DroEre_CAF1 3371 112 - 1 GCGCUGCACCAGCAGCGGGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGAGCCCGGCGAUCUCGAUCGGCGCACUAUGAGUACCGCUUGUGAGCGAG-CAGGACAGGCUCAUCUAGGCG--UG- (((((((....)))))(((((((((((.....)))...)))))))).))(((....))).((((.((((((((.(((((((....))))-).))....)))))..))))))--).- ( -48.90) >DroYak_CAF1 3390 112 - 1 GCGCUGCACCAGCAGCGGGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGUGCACGGCGUUCUCGAUCGGCGCACUAUGAGUACCGCUUGUGAAAGAG-CAGGACAGGCUCAUCUAGGCA--AG- (((((((....)))))((....))....)).(((((((((((((.(((((....)).)))..))))).))))))))(((((.((..(((-(.......)))).))))))).--..- ( -46.40) >DroPer_CAF1 2435 109 - 1 UCGCUGCACCAGCAACGUGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGUGCUCGACGCUCCCGCUCGGCCCACUACGAGUACCGGCUGUGAGAGAG-CGGGACA----CCAGCAGGAA--AGG ..(((((....))...(((((((((.(((((((((((((((((.((((.((....))))))..)))).)))))))))))...))...))-.))))))----).))).....--... ( -44.40) >consensus GCGCUGCACCAGCAGCGGGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGUGCUCGGCGAUCUCGAUCGGCGCACUACGAGUACCGCCUGUGAAAGAG_CAGGACA____CAUCCAGGCA__AG_ (((((((....)))))..((((.((.((((((((((((((((((((((((....)).)))).))))).)))))))))...))))...))...))))............))...... (-31.56 = -32.62 + 1.06)
Location | 8,013,028 – 8,013,120 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 110 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.02 |
Mean single sequence MFE | -43.03 |
Consensus MFE | -29.79 |
Energy contribution | -29.77 |
Covariance contribution | -0.02 |
Combinations/Pair | 1.30 |
Mean z-score | -1.57 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.83 |
SVM RNA-class probability | 0.860951 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 8013028 92 - 22224390 --GCCGCU----------------GACUUGGCGCUGCAUCAGCAGCGAGUACCAUAUCGCUGGUACUCGGGAGCUCGGCGAUCUCGAUCGGCGCACUAUGAGUACCGCUU --((.((.----------------((..(((((((((....))))))....)))..)))).((((((((..((..((.((((....)))).))..)).)))))))))).. ( -38.50) >DroVir_CAF1 3882 104 - 1 --GCCACC--GGUCUG--GCUCUGGGCCUGGCGUUGCAUCAGCAGCGGGUGCCAUAUCGCUGGUACUCGGGUGCGCGGCGUUCACGUUCCGCGCACUACGAGUACCGUCU --(.((((--.(((.(--((.....))).)))(((((....))))).)))).).....(.((((((((((((((((((((....))..))))))))).))))))))).). ( -53.30) >DroPse_CAF1 2252 103 - 1 CAGCGGCUGG------CAGCAU-GGGCUUGUCGUUGCACCAGCAACGUGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGUGCUCGACGCUCCCGCUCGGCCCACUACGAGUACCGGCU ....(((((.------((((((-(((.....((((((....)))))).....))))).))))(((((((((((.((((.((....))))))..)))).)))))))))))) ( -43.80) >DroEre_CAF1 3403 92 - 1 --GCGGCU----------------GGCCUGGCGCUGCACCAGCAGCGGGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGAGCCCGGCGAUCUCGAUCGGCGCACUAUGAGUACCGCUU --((((..----------------((.....((((((....)))))).....))..)))).((((((((((.((((((((....)).)))).)).)).)))))))).... ( -40.40) >DroYak_CAF1 3422 92 - 1 --GCAGCU----------------GGCCUGGCGCUGCACCAGCAGCGGGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGUGCACGGCGUUCUCGAUCGGCGCACUAUGAGUACCGCUU --..(((.----------------.....((((((((....)))))((....))....)))(((((((((((((.(((((....)).)))..))))).))))))))))). ( -40.00) >DroPer_CAF1 2464 103 - 1 CAGCGGCUGG------CAGCAU-GGGCUUAUCGCUGCACCAGCAACGUGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGUGCUCGACGCUCCCGCUCGGCCCACUACGAGUACCGGCU ..(..(((((------((((..-.........)))))..))))..)............(((((((((((((((.((((.((....))))))..)))).))))))))))). ( -42.20) >consensus __GCGGCU________________GGCCUGGCGCUGCACCAGCAGCGGGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGUGCUCGGCGAUCUCGAUCGGCGCACUACGAGUACCGCCU .............................((((((((....)))))...............(((((((((((((((((((....)).)))).))))).))))))))))). (-29.79 = -29.77 + -0.02)
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