Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,984,449 – 7,984,558 |
Length | 109 |
Max. P | 0.553788 |
Location | 7,984,449 – 7,984,558 |
---|---|
Length | 109 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.61 |
Mean single sequence MFE | -43.88 |
Consensus MFE | -26.00 |
Energy contribution | -26.12 |
Covariance contribution | 0.12 |
Combinations/Pair | 1.42 |
Mean z-score | -1.53 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.553788 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 7984449 109 - 22224390 CCUGCUGGAUCGAACUCCAUCUGAACGGGCCGCUCCAGUGGCUGGAUCGCGUGCUCACACAGAUGGGUUCGCCACGGCUGCCGUGCAGCUCCAUGUCAUAAGCGCACGG----------- ...((((...(((((.(((((((...((((((((((((...)))))..))).))))...))))))))))))...))))..((((((.(((..........)))))))))----------- ( -50.30) >DroPse_CAF1 6376 120 - 1 CCUGCUGGAUUGAGCUGCAUCUGAAUGGCCCACUCCAGUGGCUGGAUCGCGUUCUUACUCAAAUGGGAUCGCCGCGACUGCCCUGCAGCUCCAUGUCGUAGGCAGCCACCAAAUAACACA .(((((.(((.((((((((.......(((((((....))))...((((.((((........)))).)))))))((....))..))))))))...)))...)))))............... ( -39.30) >DroEre_CAF1 6706 109 - 1 CCUGUUGGAUCGAACUCCAUCUGAACGGGCCGCUCCAGUGGCUGGACCGCGUGCUCACGCAGAUGGGUUCGCCUCGGCUGCCGUGCAGCUCCAUGUCAUAAGCGCACGG----------- ...(((((..(((((.(((((((...((((((((((((...)))))..))).))))...))))))))))))..)))))..((((((.(((..........)))))))))----------- ( -49.50) >DroWil_CAF1 8757 106 - 1 CAUGCUGGAUUGAAUUGCAUUUGAAUGGUCCGCUGCAGUGGCUAGAUCGAGUCCUAACCCAAAUGGGUUCACCGCGUCUGCCAUGCAGUUCCAUGUCGUAAAUGGA-------------- .................((((((.((((...((((((.((((.((((((.((...(((((....))))).)))).)))))))))))))).))))....))))))..-------------- ( -34.90) >DroAna_CAF1 5839 109 - 1 CCUGCUGGAUCGAGCUGCACCUGAACGGGCCGCUCCAGUGGCUGGAUCGCGUCCUCACCCAGAUGGGAUCGCCGCGGCUGCCGUGCAGCUCCAUGUCCUAAAGGGGUGG----------- (((...((((.((((((((((.....)(((.(((...(((((..((((.((((........)))).)))))))))))).))))))))))))...))))...))).....----------- ( -49.00) >DroPer_CAF1 6602 119 - 1 CCUGCUGGAUUGAGCUGCAUCUGAAUGGCCCACUCCAGUGGCUGGAUCGCGUUCUCACCCAAAUGGGAUCGCCGCGACUGCCCUGCAGCUCCAUGUCGUAGGCAGCCACCAAAUAACAC- .(((((.(((.((((((((.......((((.((....))))))((.(((((......(((....))).....)))))...)).))))))))...)))...)))))..............- ( -40.30) >consensus CCUGCUGGAUCGAACUGCAUCUGAACGGGCCGCUCCAGUGGCUGGAUCGCGUCCUCACCCAAAUGGGAUCGCCGCGGCUGCCGUGCAGCUCCAUGUCGUAAGCGGACGG___________ ..((((.(((.(((((((((.....(((.((((....)))))))....(((.(((((......))))).)))..........)))))))))...)))...))))................ (-26.00 = -26.12 + 0.12)
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