Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,895,966 – 7,896,081 |
Length | 115 |
Max. P | 0.989491 |
Location | 7,895,966 – 7,896,081 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 85.60 |
Mean single sequence MFE | -27.28 |
Consensus MFE | -16.23 |
Energy contribution | -16.39 |
Covariance contribution | 0.16 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -3.44 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 1.18 |
SVM RNA-class probability | 0.926749 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 7895966 115 + 22224390 AUUAGCGAUGUUACAAAAAUCUCUUGAG---AAUCAAAACCCAAUAUCA-AA-AAGGUUUUUUGCGAUCAUACCAUAUGAUAAAAUUUGUAGGCUUUAGAGAUUUCUGUAACACAUCGGC .....((((((((((.((((((((.(((---....((((((........-..-..))))))(((((((((((...)))))......)))))).))).)))))))).))))..)))))).. ( -27.10) >DroSec_CAF1 6661 111 + 1 AUUAGCGAUGUUACAAAAAUCUCUUGAG---UAACAAAACCCAAUAUCA-AA-AAGGUUCGUU---AUCAUA-CAUAUGAUAAAAUUUGUAGGCUUUAGAGAUUUCUGUAACACAUCGGC .....((((((((((.((((((((.(((---(.((((((((........-..-..)))...((---(((((.-...)))))))..)))))..)))).)))))))).))))..)))))).. ( -30.90) >DroSim_CAF1 6564 112 + 1 AUUAGCGAUGUUACAAAAAUCUCUUGAG---UAACAAAACCCAAUAUCAGAA-AAGGUUCGUU---AUCAUA-AAUAUGAUAAAAUUUGUAGGCUUUAGAGAUUUCUGUAACACAUCGGC .....((((((((((.((((((((.(((---(.(((((...........(((-....))).((---(((((.-...)))))))..)))))..)))).)))))))).))))..)))))).. ( -31.10) >DroEre_CAF1 6383 105 + 1 AUUAGCGAUGUUAUAAAAAUCUCUUGAG---AAUCAAAACCCAAUAUCA-AAAAUGUGUUGUU---AUCACA---UAA---GGAAUUUGUAA--UUUAGAGAUUUCUGUAACACAUCGGC .....((((((((((.((((((((.((.---...((((..((.......-...(((((.....---..))))---)..---))..))))...--)).)))))))).))))..)))))).. ( -21.90) >DroYak_CAF1 6564 107 + 1 AUUAGCGAUGUUAUAAAAAUCUCUUGAGUAUAAUCAAAAGCCAAUAUCA-AA-AGGUAUUGUU---AUCACA---UGU---GGAAUUUGUAA--UUUAGAGAUUUCUGUAACACAUCGGC .....((((((((((.((((((((....(((((........(((((((.-..-.)))))))..---.(((..---..)---))...))))).--...)))))))).))))..)))))).. ( -25.40) >consensus AUUAGCGAUGUUACAAAAAUCUCUUGAG___AAUCAAAACCCAAUAUCA_AA_AAGGUUUGUU___AUCAUA__AUAUGAUAAAAUUUGUAGGCUUUAGAGAUUUCUGUAACACAUCGGC .....((((((((((.((((((((.(((......((((...............................................))))....))).)))))))).))))..)))))).. (-16.23 = -16.39 + 0.16)
Location | 7,895,966 – 7,896,081 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 85.60 |
Mean single sequence MFE | -27.90 |
Consensus MFE | -19.50 |
Energy contribution | -20.54 |
Covariance contribution | 1.04 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -3.44 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 2.17 |
SVM RNA-class probability | 0.989491 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 7895966 115 - 22224390 GCCGAUGUGUUACAGAAAUCUCUAAAGCCUACAAAUUUUAUCAUAUGGUAUGAUCGCAAAAAACCUU-UU-UGAUAUUGGGUUUUGAUU---CUCAAGAGAUUUUUGUAACAUCGCUAAU ((.(((((..(((((((((((((((((((((.......(((((...(((.............)))..-..-))))).))))))))(...---..).)))))))))))))))))))).... ( -30.52) >DroSec_CAF1 6661 111 - 1 GCCGAUGUGUUACAGAAAUCUCUAAAGCCUACAAAUUUUAUCAUAUG-UAUGAU---AACGAACCUU-UU-UGAUAUUGGGUUUUGUUA---CUCAAGAGAUUUUUGUAACAUCGCUAAU ((.(((((..(((((((((((((..((...(((....(((((((...-.)))))---)).((((((.-.(-....)..)))))))))..---))..)))))))))))))))))))).... ( -32.40) >DroSim_CAF1 6564 112 - 1 GCCGAUGUGUUACAGAAAUCUCUAAAGCCUACAAAUUUUAUCAUAUU-UAUGAU---AACGAACCUU-UUCUGAUAUUGGGUUUUGUUA---CUCAAGAGAUUUUUGUAACAUCGCUAAU ((.(((((..(((((((((((((..((...(((....(((((((...-.)))))---)).((((((.-..........)))))))))..---))..)))))))))))))))))))).... ( -32.20) >DroEre_CAF1 6383 105 - 1 GCCGAUGUGUUACAGAAAUCUCUAAA--UUACAAAUUCC---UUA---UGUGAU---AACAACACAUUUU-UGAUAUUGGGUUUUGAUU---CUCAAGAGAUUUUUAUAACAUCGCUAAU ((.(((((.....((((((((((...--...((((....---..(---((((..---.....))))).))-))....((((........---))))))))))))))...))))))).... ( -22.70) >DroYak_CAF1 6564 107 - 1 GCCGAUGUGUUACAGAAAUCUCUAAA--UUACAAAUUCC---ACA---UGUGAU---AACAAUACCU-UU-UGAUAUUGGCUUUUGAUUAUACUCAAGAGAUUUUUAUAACAUCGCUAAU ((.(((((.....((((((((((..(--(((((......---...---))))))---..(((((.(.-..-.).))))).................))))))))))...))))))).... ( -21.70) >consensus GCCGAUGUGUUACAGAAAUCUCUAAAGCCUACAAAUUUUAUCAUAU__UAUGAU___AACAAACCUU_UU_UGAUAUUGGGUUUUGAUU___CUCAAGAGAUUUUUGUAACAUCGCUAAU ((.(((((..(((((((((((((.....................................((((((............))))))((........)))))))))))))))))))))).... (-19.50 = -20.54 + 1.04)
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