Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,800,054 – 7,800,187 |
Length | 133 |
Max. P | 0.941420 |
Location | 7,800,054 – 7,800,164 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 6 |
Columns | 110 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.03 |
Mean single sequence MFE | -38.64 |
Consensus MFE | -20.80 |
Energy contribution | -21.08 |
Covariance contribution | 0.28 |
Combinations/Pair | 1.28 |
Mean z-score | -1.69 |
Structure conservation index | 0.54 |
SVM decision value | 0.09 |
SVM RNA-class probability | 0.577810 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 7800054 110 - 22224390 GUUGAACAUUACGGUGUCCAUUCUGUCCACCGUUAACAAUCCGCAUGUUCCAUCUGUGGCAUUCGCCACCAUGUGUGAUGAGGAGGAGUGCCCCACGUUCGACCUGCCCA (((((((...((((((..(.....)..)))))).....(((((((((........(((((....))))))))))).)))..((.((....))))..)))))))....... ( -36.00) >DroVir_CAF1 4007 98 - 1 GCUCUGCAUGACGGUG------CUCUCGGAUGUGGUGCAUCCGCACGAGUCUGAGGUGGCGUUUGCCGUUAUGCGCGAGAA---GG---CGACCAAAUUUAAGCUGCCGC .(((((((((((((((------(((((((((...((((....))))..)))))))..)))....))))))))))).)))..---((---((.............)))).. ( -40.12) >DroSec_CAF1 3043 110 - 1 GUUCAACAUUACGGUGGCCAUUCUGUCCACCGUAAACAAUCCGCAUGAUCCAUCUGUGGCGUUCGCCACCAUGGGCGAUGACGAGGAUUGCCCCGAAUUCGAGCUGCCCA ((((....(((((((((.(.....).))))))))).((((((.(((..(((((..(((((....))))).)))))..)))....))))))..........))))...... ( -41.50) >DroSim_CAF1 3557 110 - 1 GUUCAACAUUACGGUGGCCAUUCUGUCCACCGUAAACAAUCCGCAUGAUCCAUCUGUGGCGUUCGCCACCAUGGGCGAUGACGAGGAGUGCCCCAAAUUCGAGCUGCCCA ((((....(((((((((.(.....).))))))))).((.(((.(((..(((((..(((((....))))).)))))..)))....))).))..........))))...... ( -37.80) >DroEre_CAF1 3017 107 - 1 GCGCAACCUAACGGUGGCCAUUCUGUCCACCGUCAACAAUCCGCAUGUUCCCUCGGUGGCACUCGCCACCAUGGGCGAUGA---GGAGUGCCCCAAGUUCGAGCUGCCCA ((((......(((((((.(.....).)))))))......(((.(((...(((..((((((....))))))..)))..))).---)))))))....(((....)))..... ( -39.30) >DroYak_CAF1 3558 107 - 1 GCGCAACCUGACGGUGGCCUUACUGUCCACCGUAAACCAUCCGCAUGUUCCCGCCGUGGCAUUCGCCACCAUGGGCGAUGA---GGAGUGCCCCAAGUUCGAGCUGCCCA ((((......(((((((.(.....).)))))))......(((.(((...((((..(((((....)))))..))))..))).---)))))))....(((....)))..... ( -37.10) >consensus GCUCAACAUUACGGUGGCCAUUCUGUCCACCGUAAACAAUCCGCAUGAUCCAUCUGUGGCAUUCGCCACCAUGGGCGAUGA___GGAGUGCCCCAAAUUCGAGCUGCCCA ((........(((((((.(.....).))))))).........))...........(((((....)))))...(((((.(((...((......))....)))...))))). (-20.80 = -21.08 + 0.28)
Location | 7,800,088 – 7,800,187 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 102 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.47 |
Mean single sequence MFE | -39.75 |
Consensus MFE | -23.00 |
Energy contribution | -24.78 |
Covariance contribution | 1.78 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -2.38 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | 1.32 |
SVM RNA-class probability | 0.941420 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 7800088 99 + 22224390 ACACAUGGUGGCGAAUGCCACAGAUGGAACAUGCGGAUUGUUAACGGUGGACAGAAUGGACACCGUAAUGUUCAACUGGUGCGGCAUAAGCAUCAGG---AC ...(((.(((((....)))))..)))((((((((.....))..((((((..(.....)..)))))).))))))..(((((((.......))))))).---.. ( -36.20) >DroSec_CAF1 3077 99 + 1 GCCCAUGGUGGCGAACGCCACAGAUGGAUCAUGCGGAUUGUUUACGGUGGACAGAAUGGCCACCGUAAUGUUGAACUGGUGCGGCAUUAGUAUCAGG---AC ..((((.(((((....)))))..))))........(((...(((((((((.(.....).))))))))).)))...(((((((.......))))))).---.. ( -36.50) >DroSim_CAF1 3591 99 + 1 GCCCAUGGUGGCGAACGCCACAGAUGGAUCAUGCGGAUUGUUUACGGUGGACAGAAUGGCCACCGUAAUGUUGAACUGGUGCGGCAUAAGCAUCAGG---AC ..((((.(((((....)))))..))))........(((...(((((((((.(.....).))))))))).)))...(((((((.......))))))).---.. ( -38.50) >DroEre_CAF1 3048 99 + 1 GCCCAUGGUGGCGAGUGCCACCGAGGGAACAUGCGGAUUGUUGACGGUGGACAGAAUGGCCACCGUUAGGUUGCGCUGGUGCGGCAUGAGCAUCAGG---AC .(((.(((((((....))))))).))).....((((....((((((((((.(.....).)))))))))).)))).(((((((.......))))))).---.. ( -46.00) >DroYak_CAF1 3589 99 + 1 GCCCAUGGUGGCGAAUGCCACGGCGGGAACAUGCGGAUGGUUUACGGUGGACAGUAAGGCCACCGUCAGGUUGCGCUGCCGCAGCAUGAGCAUGUGG---AC .(((.(.(((((....))))).).))).((((((..........((((((.(......)))))))(((.((((((....)))))).)))))))))..---.. ( -43.00) >DroAna_CAF1 3280 99 + 1 GCCCAAGGUGGCGAAGGCCACCAUCGGGACAUGGGGAUGUAAAACGGUGGACAGGAUCACAAUGGCCAGGCGGCACGGACGGG-C--AGUCACCAGGGCCAC ((((..((((((....(((.((((((..((((....))))....))))))..............(((....))).......))-)--.)))))).))))... ( -38.30) >consensus GCCCAUGGUGGCGAAUGCCACAGAUGGAACAUGCGGAUUGUUUACGGUGGACAGAAUGGCCACCGUAAGGUUGAACUGGUGCGGCAUAAGCAUCAGG___AC .(((((((((((....)))))........)))).)).......(((((((.(.....).))))))).........(((((((.......)))))))...... (-23.00 = -24.78 + 1.78)
Location | 7,800,088 – 7,800,187 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 102 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.47 |
Mean single sequence MFE | -33.38 |
Consensus MFE | -18.88 |
Energy contribution | -20.35 |
Covariance contribution | 1.47 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -2.16 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | 0.93 |
SVM RNA-class probability | 0.883936 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 7800088 99 - 22224390 GU---CCUGAUGCUUAUGCCGCACCAGUUGAACAUUACGGUGUCCAUUCUGUCCACCGUUAACAAUCCGCAUGUUCCAUCUGUGGCAUUCGCCACCAUGUGU ..---......((..((((((((...((.((((((.((((((..(.....)..))))))...........)))))).)).))))))))..)).......... ( -26.80) >DroSec_CAF1 3077 99 - 1 GU---CCUGAUACUAAUGCCGCACCAGUUCAACAUUACGGUGGCCAUUCUGUCCACCGUAAACAAUCCGCAUGAUCCAUCUGUGGCGUUCGCCACCAUGGGC ((---((.(((....((((.((....))......(((((((((.(.....).))))))))).......)))).))).....(((((....)))))...)))) ( -29.40) >DroSim_CAF1 3591 99 - 1 GU---CCUGAUGCUUAUGCCGCACCAGUUCAACAUUACGGUGGCCAUUCUGUCCACCGUAAACAAUCCGCAUGAUCCAUCUGUGGCGUUCGCCACCAUGGGC ((---((.((((.((((((.((....))......(((((((((.(.....).))))))))).......))))))..)))).(((((....)))))...)))) ( -34.00) >DroEre_CAF1 3048 99 - 1 GU---CCUGAUGCUCAUGCCGCACCAGCGCAACCUAACGGUGGCCAUUCUGUCCACCGUCAACAAUCCGCAUGUUCCCUCGGUGGCACUCGCCACCAUGGGC ((---((.((.(..((((((((....))).......(((((((.(.....).))))))).........)))))...).))((((((....))))))..)))) ( -36.30) >DroYak_CAF1 3589 99 - 1 GU---CCACAUGCUCAUGCUGCGGCAGCGCAACCUGACGGUGGCCUUACUGUCCACCGUAAACCAUCCGCAUGUUCCCGCCGUGGCAUUCGCCACCAUGGGC ..---..((((((.((.(.((((....)))).).))(((((((.(.....).))))))).........)))))).((((..(((((....)))))..)))). ( -38.00) >DroAna_CAF1 3280 99 - 1 GUGGCCCUGGUGACU--G-CCCGUCCGUGCCGCCUGGCCAUUGUGAUCCUGUCCACCGUUUUACAUCCCCAUGUCCCGAUGGUGGCCUUCGCCACCUUGGGC ((((((..((((...--(-(.(....).)))))).))))))(((((..(.(....).)..))))).........(((((.((((((....))))))))))). ( -35.80) >consensus GU___CCUGAUGCUUAUGCCGCACCAGUGCAACAUUACGGUGGCCAUUCUGUCCACCGUAAACAAUCCGCAUGUUCCAUCUGUGGCAUUCGCCACCAUGGGC ..............(((((.((....))........(((((((.(.....).))))))).........))))).((((...(((((....)))))..)))). (-18.88 = -20.35 + 1.47)
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