Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,796,317 – 7,796,412 |
Length | 95 |
Max. P | 0.522358 |
Location | 7,796,317 – 7,796,412 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 6 |
Columns | 97 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.46 |
Mean single sequence MFE | -39.68 |
Consensus MFE | -21.81 |
Energy contribution | -21.73 |
Covariance contribution | -0.08 |
Combinations/Pair | 1.37 |
Mean z-score | -2.07 |
Structure conservation index | 0.55 |
SVM decision value | -0.02 |
SVM RNA-class probability | 0.522358 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 7796317 95 - 22224390 --GCUGCUGGUACUGGGUAUGCAGUCGCGUCGCAAGUGAACUAGGUCAUUUGUCUGGCUCAGCACCAGGGCCAUGGCCUUUCCUAGCUGCGAGGAGC --(((.((.((((((((..((((((((....((((((((......)))))))).)))))..)))..(((((....))))).))))).))).)).))) ( -34.90) >DroVir_CAF1 16635 97 - 1 CUGGCGCUGGUGCUGGGUAUGCUGUCACGUCGCAGAUGCGACAGGCGAUUCGUUUGAUUCAAAACCAAAGCCAUGGCCUUGCCCAGCUCCGCGCAGC ...((((.((.((((((((.(((((...(((((....))))).(((.....((((......))))....))))))))..)))))))).))))))... ( -46.00) >DroSec_CAF1 14074 95 - 1 --GCUGCUUGUACUGGGUAUGCAGUCGCGUCGCAAGUGAGCUAGCUCACUUGUCUGGCUCAGCACCAGGGCCAUGGCCUUUCCCAGCUGCGAGGAGC --(((.(((((((((((..((((((((....(((((((((....))))))))).)))))..)))..(((((....))))).))))).)))))).))) ( -45.20) >DroEre_CAF1 17474 95 - 1 --ACUGCUGGUACUGGGUAUGCAAUCGCGUCGCAAAUGCGCCAGCUCAUUUGUCUGGCUUAGCACCAGGGCCAUGGCCUUUCCCAGCUGCGAGGAGC --.((.((.((((((((..(((....((((.....))))((((((......).)))))...)))..(((((....))))).))))).))).)).)). ( -37.00) >DroYak_CAF1 16974 95 - 1 --GCUGCUGGUACUGGGUAUGCAAUCGCGUCGCAAGUGCGCCAGCUCAUUUGUCUGGCUUAGCACCAGGGCCAUGGCCUUUCCCAGCUGCGAGGCGC --((.(((((..((((...(((....(((.(....))))((((((......).)))))...)))))))(((....)))....))))).))....... ( -39.20) >DroAna_CAF1 15475 95 - 1 --ACUGCUCGUGCUGGGUAUGCUAUCACGUCGCAAGUGGACUAGCUUGUUUGUCUGUUCCAAGACCAGAGUCAUGGCCUUGCCCAACUGCGAGGAGU --(((.((((((.((((((.(((((.((.((((((((......))))))..((((......))))..)))).)))))..)))))).).))))).))) ( -35.80) >consensus __GCUGCUGGUACUGGGUAUGCAAUCGCGUCGCAAGUGCGCCAGCUCAUUUGUCUGGCUCAGCACCAGGGCCAUGGCCUUUCCCAGCUGCGAGGAGC ..(((.((.((((((((...((.((.((...(((((((........)))))))((((.......)))).)).)).))....))))).))).)).))) (-21.81 = -21.73 + -0.08)
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