Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,785,823 – 7,785,943 |
Length | 120 |
Max. P | 0.626513 |
Location | 7,785,823 – 7,785,943 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 87.83 |
Mean single sequence MFE | -34.33 |
Consensus MFE | -28.98 |
Energy contribution | -29.53 |
Covariance contribution | 0.56 |
Combinations/Pair | 1.23 |
Mean z-score | -1.71 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | 0.19 |
SVM RNA-class probability | 0.626513 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 7785823 120 + 22224390 GUCCACAUGAGCGUCCAACUCUUCUCUAACGAAAGUCUGGCCCUCAAGAUGGUCAACGAGCUGUCGCUGCUGCACGUAAUGAUUAUUAGUCUGAAGCUAAUGAUGUCCAAGAUACUCAUA (.((((.((((.(((..(((.(((......))))))..))).)))).).))).)...(((.((((((....))........(((((((((.....)))))))))......)))))))... ( -29.60) >DroVir_CAF1 4399 120 + 1 GUCCAUAUGAGCGUUCAGCUCUUCUCCAAUGAGAGUUUGGCCUUAAAAAUGGUCAACGAACUGUCGCUGCUGCAUGUGAUGAUUAUCAGUUUAAAACUGAUGAUGUCCAAGAUACUCAUA .....((((((.((((.((((((.......))))))((((((........)))))).))))((((((....)).((.(((.(((((((((.....)))))))))))))).)))))))))) ( -36.00) >DroGri_CAF1 7653 120 + 1 GUCCACAUGAGCGUUCAGCUCUUCUCCAACGAGAGCCUUGCCCUCAAAAUGGUCAAUGAGCUGUCGCUGUUGCAUGUGAUGAUUAUUAGCUUGAAGCUGAUGAUGUCCAAGAUACUCAUA (.(((..((((.((...((((((.......))))))...)).))))...))).).(((((.((((((....)).((.(((.(((((((((.....)))))))))))))).))))))))). ( -38.30) >DroWil_CAF1 2818 120 + 1 GUGCAUAUGAGCGUUCAACUCUUCUCCAACGAGAGUCUGGCCCUCAAAAUGGUCAACGAAUUGUCGCUGCUGCAUGUGAUGAUCAUUAGUUUAAAGUUAAUGAUGUCCAAGAUACUCAUA .....((((((.((((.((((((.......)))))).(((((........)))))..))))((((((....)).((.(((.((((((((.......))))))))))))).)))))))))) ( -27.60) >DroMoj_CAF1 6846 120 + 1 GUCCAUAUGAGCGUGCAGCUAUUCUCCAAUGAGAGCCUGGCCCUUAAAAUGGUCAACGAGCUGUCGCUGUUACAUGUGAUGAUAAUCAGUUUAAAACUGAUGAUGUCCAAGAUACUCAUA (((((((((((((.((((((.(((((....)))))..(((((........)))))...))))))))))....))))))..((((((((((.....))))))..))))...)))....... ( -33.60) >DroAna_CAF1 5093 120 + 1 GUGCACAUGAGCGUCCAGCUCUUCUCCAACGAGAGCCUCGCGUUGAAGAUGGUCAACGAGCUGUCGCUGCUGCAUGUGAUGAUCAUCAGUCUGAAGCUGAUGAUGUCCAAGAUACUCAUA ((((((((((((((.(((((((((((....)))))......(((((......)))))))))))..)).))).))))))...(((((((((.....)))))))))........)))..... ( -40.90) >consensus GUCCACAUGAGCGUUCAGCUCUUCUCCAACGAGAGCCUGGCCCUCAAAAUGGUCAACGAGCUGUCGCUGCUGCAUGUGAUGAUUAUCAGUUUAAAGCUGAUGAUGUCCAAGAUACUCAUA ...((((((((((..(((((((((((....)))))..(((((........)))))..)))))).))))....))))))...(((((((((.....)))))))))................ (-28.98 = -29.53 + 0.56)
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