Locus 2900

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 7,767,036 – 7,767,203
Length 167
Max. P 0.999912
window4747 window4748 window4749

overview

Window 7

Location 7,767,036 – 7,767,153
Length 117
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.75
Mean single sequence MFE -39.13
Consensus MFE -33.32
Energy contribution -33.00
Covariance contribution -0.32
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.29
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.01
SVM RNA-class probability 0.539769
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7767036 117 + 22224390
--GCUAUUGAUGUUGUGGGCCUUCUUAUCGCCUCCACGGCGGAUCUAUGUAUACCAAUCGGAUCGGAAGGCUGCACC-UAUGUAUACACAUGCAGUCGCACUUCCGAUCCGGGCAACUGG
--.........(((((((.........(((((.....)))))...........))..((((((((((((((((((..-..(((....)))))))))....)))))))))))))))))... ( -39.75)
>DroSec_CAF1 1134 113 + 1
--GCUAUUGAUGUUGUGGGCUUUCUUAUCGCCUCCCCGGCGGAUCUAUGUACACCAAUCGGAUCGGAUGGCUGCA-----UGUAUACACAUGCAGUCGCACUUCCGAUCCGGGCAACUGG
--(((...(((...(((..(.......(((((.....)))))......)..)))..)))((((((((((((((((-----(((....)))))))))))....)))))))).)))...... ( -45.72)
>DroSim_CAF1 1134 117 + 1
--GCUAUUGAUGUUGUGGGCUUUCUUAUCGCCUCCCCGGCGGAUCUAUGUACACCAAUCGGAUCGGAUGGCUGCACC-UAUGUAUACACAUGUAGUCGCACUUCCGAUCCGGGCAACUGG
--(((...(((...(((..(.......(((((.....)))))......)..)))..)))((((((((.((.(((..(-(((((......))))))..))))))))))))).)))...... ( -38.22)
>DroEre_CAF1 1171 113 + 1
--GCUAUUGAUGUUGUGGGCUUUCUUAUCGCCUCCCCGGCGGAUCUAUGUAUACCUAUUGGAUCGGGAGGCUGCAGC-----UAUACACAUACAGUCGCACUUCCGAUCUGGGCAACUGG
--(((......((((..(.((..(....((((.....))))((((((...........)))))))..)).)..))))-----..........((((((......))).))))))...... ( -34.60)
>DroYak_CAF1 1142 116 + 1
CAGCUAUUGAUGUUGUGGGCUUUCUUAUCGCCUCCCCGGCGGAUCUA----UAGCUAUCGGAUCGGGAGGCUGCACCCUACAUAUACACAUGCAGUCGCACUUCGGAUCCGGGCAACUGG
...........(((((.((((......(((((.....))))).....----.)))).(((((((.((((((((((...............))))))....)))).))))))))))))... ( -37.36)
>consensus
__GCUAUUGAUGUUGUGGGCUUUCUUAUCGCCUCCCCGGCGGAUCUAUGUAUACCAAUCGGAUCGGAAGGCUGCACC_UAUGUAUACACAUGCAGUCGCACUUCCGAUCCGGGCAACUGG
...........(((((...........(((((.....)))))...............((((((((((.(((((((...............))))))).....)))))))))))))))... (-33.32 = -33.00 +  -0.32)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 7,767,074 – 7,767,183
Length 109
Sequences 5
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.38
Mean single sequence MFE -36.23
Consensus MFE -31.92
Energy contribution -31.60
Covariance contribution -0.32
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -1.39
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 0.52
SVM RNA-class probability 0.768104
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7767074 109 + 22224390
GGAUCUAUGUAUACCAAUCGGAUCGGAAGGCUGCACC-UAUGUAUACACAUGCAGUCGCACUUCCGAUCCGGGCAACUGGCGGUCGGAAUGUGUGGGCGUUUCAAUAAAG
.((((............((((((((((((((((((..-..(((....)))))))))....))))))))))))((.....))))))(((((((....)))))))....... ( -37.80)
>DroSec_CAF1 1172 105 + 1
GGAUCUAUGUACACCAAUCGGAUCGGAUGGCUGCA-----UGUAUACACAUGCAGUCGCACUUCCGAUCCGGGCAACUGGCGGUCGGAAUGUGUGGGCGUUUCAAUAAAG
.((((............((((((((((((((((((-----(((....)))))))))))....))))))))))((.....))))))(((((((....)))))))....... ( -42.90)
>DroSim_CAF1 1172 109 + 1
GGAUCUAUGUACACCAAUCGGAUCGGAUGGCUGCACC-UAUGUAUACACAUGUAGUCGCACUUCCGAUCCGGGCAACUGGCGGUCGGAAUGUGUGGGCGUUUCAAUAAAG
.((((............((((((((((.((.(((..(-(((((......))))))..)))))))))))))))((.....))))))(((((((....)))))))....... ( -35.40)
>DroEre_CAF1 1209 105 + 1
GGAUCUAUGUAUACCUAUUGGAUCGGGAGGCUGCAGC-----UAUACACAUACAGUCGCACUUCCGAUCUGGGCAACUGGCGGUCGGAAUGUGUGGGCGUUUCAAUAAAG
.((((((...........))))))(..(.(((...((-----(.((....)).)))(((((((((((((..(....)..)..))))))).)))))))).)..)....... ( -32.70)
>DroYak_CAF1 1182 106 + 1
GGAUCUA----UAGCUAUCGGAUCGGGAGGCUGCACCCUACAUAUACACAUGCAGUCGCACUUCGGAUCCGGGCAACUGGCGGUCGGAAUGUGUGGGCGUUUCAAUAAAG
.((((..----(((...(((((((.((((((((((...............))))))....)))).)))))))....)))..))))(((((((....)))))))....... ( -32.36)
>consensus
GGAUCUAUGUAUACCAAUCGGAUCGGAAGGCUGCACC_UAUGUAUACACAUGCAGUCGCACUUCCGAUCCGGGCAACUGGCGGUCGGAAUGUGUGGGCGUUUCAAUAAAG
.((((............((((((((((.(((((((...............))))))).....))))))))))((.....))))))(((((((....)))))))....... (-31.92 = -31.60 +  -0.32)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 7,767,113 – 7,767,203
Length 90
Sequences 5
Columns 98
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.00
Mean single sequence MFE -31.18
Consensus MFE -29.08
Energy contribution -29.60
Covariance contribution 0.52
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.57
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 4.51
SVM RNA-class probability 0.999912
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7767113 90 + 22224390
UGUAUACACAUGCAGUCGCACUUCCGAUCCGGGCAACUGGCGGUCGGAAUGUGUGGGCGUUUCAAUAAAGAAGUAUUAUGGGAAAUGUGA--------
(((((....))))).(((((((((((((((((....))))..))))))).))))))(((((((.((((.......))))..)))))))..-------- ( -32.40)
>DroSec_CAF1 1207 98 + 1
UGUAUACACAUGCAGUCGCACUUCCGAUCCGGGCAACUGGCGGUCGGAAUGUGUGGGCGUUUCAAUAAAGAAGUAUUAUGGGAAAUGUGAUUGGAACA
..........(.((((((((((((((((((((....))))..))))))).))))..(((((((.((((.......))))..)))))))))))).)... ( -33.00)
>DroSim_CAF1 1211 98 + 1
UGUAUACACAUGUAGUCGCACUUCCGAUCCGGGCAACUGGCGGUCGGAAUGUGUGGGCGUUUCAAUAAAGAAGUAUUAUGGGAAAUGUGAUUGGAACA
..........(.((((((((((((((((((((....))))..))))))).))))..(((((((.((((.......))))..)))))))))))).)... ( -31.30)
>DroEre_CAF1 1246 93 + 1
--UAUACACAUACAGUCGCACUUCCGAUCUGGGCAACUGGCGGUCGGAAUGUGUGGGCGUUUCAAUAAAGAAGUAUUAUGGGAAAUGUGAUUGGA---
--..........(((((((((((((((((..(....)..)..))))))).))))..(((((((.((((.......))))..))))))))))))..--- ( -30.60)
>DroYak_CAF1 1218 95 + 1
CAUAUACACAUGCAGUCGCACUUCGGAUCCGGGCAACUGGCGGUCGGAAUGUGUGGGCGUUUCAAUAAAGAAGUAUUAUGGGAAAUGUGAUUGGA---
............((((((((((((.(((((((....))))..))).))).))))..(((((((.((((.......))))..))))))))))))..--- ( -28.60)
>consensus
UGUAUACACAUGCAGUCGCACUUCCGAUCCGGGCAACUGGCGGUCGGAAUGUGUGGGCGUUUCAAUAAAGAAGUAUUAUGGGAAAUGUGAUUGGA___
............((((((((((((((((((((....))))..))))))).))))..(((((((.((((.......))))..))))))))))))..... (-29.08 = -29.60 +   0.52)

alignment

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