Locus 2808

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 7,491,226 – 7,491,432
Length 206
Max. P 0.982680
window4605 window4606 window4607 window4608 window4609 window4610

overview

Window 5

Location 7,491,226 – 7,491,333
Length 107
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.82
Mean single sequence MFE -40.58
Consensus MFE -26.86
Energy contribution -26.46
Covariance contribution -0.40
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.63
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 1.92
SVM RNA-class probability 0.982680
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7491226 107 + 22224390
-----UUUUG--------GAAAGCGACAGCGACAAGCUGCUGAACAGCUCCAUUGUUGCAGCGGCCAUAACGCUGCAGCAGCAGAACGGCAGCAAUCUGCUGGCCAACACAAAUACGCCG
-----..(((--------(..((((..(((.....)))((((....(.((..(((((((((((.......)))))))))))..)).)..))))....))))..))))............. ( -38.00)
>DroVir_CAF1 77893 117 + 1
GAAGCCACUGGCAACAGCGAAAGCGACAGCGACAAGCUGCUGAAUAGCUCGAUUGUUGCAGCGGCCAUAACGCUGCA---ACAGAACGGCGGCAAUCUGCUGGCCAACACAAACACACCG
........((((....((....))..(((((....((((((((.....))..(((((((((((.......)))))))---))))...))))))....))))))))).............. ( -44.70)
>DroGri_CAF1 72283 117 + 1
GAAGCCACUGGAAACAGCGAAAGUGAGAGCGACAAGCUGCUGAAUAGCUCGAUUGUUGCAGCGGCCAUAACGCUGCA---ACAGAACGGCGGCAAUCUGCUAGCCAACACAAAUACACCG
.....(.(((....))).)...(((.((((..((......))....))))..(((((((((((.......)))))))---))))...((((((.....))).)))..))).......... ( -40.10)
>DroMoj_CAF1 58053 117 + 1
GAAGCCACUGGAGGAAGCGAGGGCGAGAGCGACAAGCUGUUGAAUAGCUCGAUUGUUGCAGCGGCCAUAACGCUGCA---ACAGAACGGCGGCAAUCUGCUGGCCAACACAAAUACACCG
...(((.((.(......).)))))(((..((((.....)))).....)))..(((((((((((.......)))))))---))))...((((((.....))).)))............... ( -39.60)
>DroPer_CAF1 42736 101 + 1
GA-GGAUCUG--------GAUC-------UGGCCAUCAGCUGAAUAGCUCCAUUGUUGCAGCGGCCAUCACGCUGCA---GCAGAACGGCGGCAAUCUGCUGGCCAACACCAAUACGCCG
..-((...((--------(...-------((((((.(((.((....(((...(((((((((((.......)))))))---))))...)))..))..))).))))))...))).....)). ( -40.50)
>consensus
GAAGCCACUGG____AGCGAAAGCGACAGCGACAAGCUGCUGAAUAGCUCGAUUGUUGCAGCGGCCAUAACGCUGCA___ACAGAACGGCGGCAAUCUGCUGGCCAACACAAAUACACCG
.......(((..................(((((((...(((....)))....))))))).(((((......))))).....)))...((((((.....))).)))............... (-26.86 = -26.46 +  -0.40)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 7,491,253 – 7,491,373
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.75
Mean single sequence MFE -45.35
Consensus MFE -29.59
Energy contribution -29.84
Covariance contribution 0.25
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -3.14
Structure conservation index 0.65
SVM decision value -0.06
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7491253 120 + 22224390
UGAACAGCUCCAUUGUUGCAGCGGCCAUAACGCUGCAGCAGCAGAACGGCAGCAAUCUGCUGGCCAACACAAAUACGCCGUCGCCCUCGCCGCCGUUGCUCAGCGCCGAGCAGCAGCAGC
.((...((((..(((((((((((.......)))))))))))..))..((((((.....))).)))...........))..))......((.((.(((((((......))))))).)).)) ( -45.60)
>DroVir_CAF1 77933 117 + 1
UGAAUAGCUCGAUUGUUGCAGCGGCCAUAACGCUGCA---ACAGAACGGCGGCAAUCUGCUGGCCAACACAAACACACCGUCGCCAUCGCCGCCGUUGCUGAGCGCUGAGCAGCAGCAAC
......(((((.(((((((((((.......)))))))---))))(((((((((.....(.((((..((...........)).)))).))))))))))..)))))((((.....))))... ( -50.40)
>DroGri_CAF1 72323 117 + 1
UGAAUAGCUCGAUUGUUGCAGCGGCCAUAACGCUGCA---ACAGAACGGCGGCAAUCUGCUAGCCAACACAAAUACACCGUCGCCAUCGCCGCCGUUGCUGAGUGCCGAGCAGCAGCAAC
......(((((.(((((((((((.......)))))))---))))(((((((((.....((......................))....)))))))))((.....)))))))......... ( -44.05)
>DroWil_CAF1 4 94 + 1
--------------------------AUAACGCUGCAACAACAGAACGGCGGCAAUCUGCUGGCCAAUACCAACACACCAUCGCCAUCGCCGCCGUUGCUGAGCGCCGAGCAGCAGCAAC
--------------------------.....(((((.....((((((((((((.....(.((((..................)))).)))))))))).))).((.....)).)))))... ( -35.37)
>DroMoj_CAF1 58093 117 + 1
UGAAUAGCUCGAUUGUUGCAGCGGCCAUAACGCUGCA---ACAGAACGGCGGCAAUCUGCUGGCCAACACAAAUACACCGUCGCCAUCGCCGCCGUUGCUCAGCGCCGAGCAGCAGCAAC
......(((...(((((((((((.......)))))))---))))...((((((.....(.((((..((...........)).)))).)))))))(((((((......))))))))))... ( -47.50)
>DroPer_CAF1 42760 117 + 1
UGAAUAGCUCCAUUGUUGCAGCGGCCAUCACGCUGCA---GCAGAACGGCGGCAAUCUGCUGGCCAACACCAAUACGCCGUCGCCCUCGCCGCCGUUGCUCAGCGCCGAGCAGCAGCAAC
......(((...(((((((((((.......)))))))---))))...((((((.....((((((............))))..))....))))))(((((((......))))))))))... ( -49.20)
>consensus
UGAAUAGCUCGAUUGUUGCAGCGGCCAUAACGCUGCA___ACAGAACGGCGGCAAUCUGCUGGCCAACACAAAUACACCGUCGCCAUCGCCGCCGUUGCUCAGCGCCGAGCAGCAGCAAC
....((((......)))).............(((((........(((((((((.....(((((..............)))..))....)))))))))(((........))).)))))... (-29.59 = -29.84 +   0.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 7,491,253 – 7,491,373
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.75
Mean single sequence MFE -52.75
Consensus MFE -38.83
Energy contribution -39.75
Covariance contribution 0.92
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -2.75
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.663850
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7491253 120 - 22224390
GCUGCUGCUGCUCGGCGCUGAGCAACGGCGGCGAGGGCGACGGCGUAUUUGUGUUGGCCAGCAGAUUGCUGCCGUUCUGCUGCUGCAGCGUUAUGGCCGCUGCAACAAUGGAGCUGUUCA
(((((((.((((((....)))))).)))))))..(((((.(((((.((((((........))))))))))).)(((((..((.(((((((.......))))))).))..))))).)))). ( -54.60)
>DroVir_CAF1 77933 117 - 1
GUUGCUGCUGCUCAGCGCUCAGCAACGGCGGCGAUGGCGACGGUGUGUUUGUGUUGGCCAGCAGAUUGCCGCCGUUCUGU---UGCAGCGUUAUGGCCGCUGCAACAAUCGAGCUAUUCA
(((((((..((.....)).)))))))(((((((((.((..(((..(....)..)))....))..)))))))))(((((((---(((((((.......))))))))))...))))...... ( -53.00)
>DroGri_CAF1 72323 117 - 1
GUUGCUGCUGCUCGGCACUCAGCAACGGCGGCGAUGGCGACGGUGUAUUUGUGUUGGCUAGCAGAUUGCCGCCGUUCUGU---UGCAGCGUUAUGGCCGCUGCAACAAUCGAGCUAUUCA
(((((((.(((...)))..)))))))(((((((((.((..(((..(....)..)))....))..)))))))))(((((((---(((((((.......))))))))))...))))...... ( -51.90)
>DroWil_CAF1 4 94 - 1
GUUGCUGCUGCUCGGCGCUCAGCAACGGCGGCGAUGGCGAUGGUGUGUUGGUAUUGGCCAGCAGAUUGCCGCCGUUCUGUUGUUGCAGCGUUAU--------------------------
...((....))..((((((..((((((((((.(((((((..(((.(((((((....))))))).)))..)))))))))))))))))))))))..-------------------------- ( -46.60)
>DroMoj_CAF1 58093 117 - 1
GUUGCUGCUGCUCGGCGCUGAGCAACGGCGGCGAUGGCGACGGUGUAUUUGUGUUGGCCAGCAGAUUGCCGCCGUUCUGU---UGCAGCGUUAUGGCCGCUGCAACAAUCGAGCUAUUCA
(((((((.((((((....)))))).)))))))(((((((((((((.((((((........))))))...))))))).(((---(((((((.......)))))))))).....)))))).. ( -54.20)
>DroPer_CAF1 42760 117 - 1
GUUGCUGCUGCUCGGCGCUGAGCAACGGCGGCGAGGGCGACGGCGUAUUGGUGUUGGCCAGCAGAUUGCCGCCGUUCUGC---UGCAGCGUGAUGGCCGCUGCAACAAUGGAGCUAUUCA
(((((.((.(((..((((((((((((((((((((((.(((((.(.....).))))).))......))))))))))..)))---).))))))...))).)).)))))..((((....)))) ( -56.20)
>consensus
GUUGCUGCUGCUCGGCGCUCAGCAACGGCGGCGAUGGCGACGGUGUAUUUGUGUUGGCCAGCAGAUUGCCGCCGUUCUGU___UGCAGCGUUAUGGCCGCUGCAACAAUCGAGCUAUUCA
(((((.((.(((..(((((.((.(((((((((((..((...(((..((....))..))).))...)))))))))))))((....)))))))...))).)).))))).............. (-38.83 = -39.75 +   0.92)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 7,491,293 – 7,491,403
Length 110
Sequences 5
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.16
Mean single sequence MFE -41.71
Consensus MFE -31.18
Energy contribution -31.62
Covariance contribution 0.44
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.586084
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7491293 110 + 22224390
GCAGAACGGCAGCAAUCUGCUGGCCAACACAAAUACGCCGUCGCCCUCGCCGCCGUUGCUCAGCGCCGAGCAGCAGCAGCAGUUGCAGAGCAGUUUGCAACAGAGCGGCG
...((.(((((((.....)))(.....)........))))))((((((((.((.(((((((......))))))).)).)).((((((((....)))))))).))).))). ( -46.20)
>DroVir_CAF1 77970 108 + 1
ACAGAACGGCGGCAAUCUGCUGGCCAACACAAACACACCGUCGCCAUCGCCGCCGUUGCUGAGCGCUGAGCAGCAGCAACAGUUGCAGAGCAGCCUGCAGAACGGCGU--
.......((((((.....))((((..((...........)).)))).))))((((((.(((((.((((..(.(((((....))))).)..)))))).)))))))))..-- ( -41.30)
>DroGri_CAF1 72360 108 + 1
ACAGAACGGCGGCAAUCUGCUAGCCAACACAAAUACACCGUCGCCAUCGCCGCCGUUGCUGAGUGCCGAGCAGCAGCAACAGUUGCAGAGCAGCCUGCAGAACGGCGU--
.......((((((..........................))))))..(((((..(((((((..(((...))).)))))))..((((((......))))))..))))).-- ( -37.47)
>DroMoj_CAF1 58130 110 + 1
ACAGAACGGCGGCAAUCUGCUGGCCAACACAAAUACACCGUCGCCAUCGCCGCCGUUGCUCAGCGCCGAGCAGCAGCAACAGUUGCAGAGCAGCCUGCAAAACGGCGUCG
....(((((((((.....(.((((..((...........)).)))).))))))))))((((.((.....)).(((((....))))).)))).(((........))).... ( -39.30)
>DroPer_CAF1 42797 110 + 1
GCAGAACGGCGGCAAUCUGCUGGCCAACACCAAUACGCCGUCGCCCUCGCCGCCGUUGCUCAGCGCCGAGCAGCAGCAACAGUUGCAGAGCAGCCUGCAGCAGAACGGUG
((.((.(((((((.....))(((......)))...)))))))))...((((((.(((((((......))))))).))....(((((((......))))))).....)))) ( -44.30)
>consensus
ACAGAACGGCGGCAAUCUGCUGGCCAACACAAAUACACCGUCGCCAUCGCCGCCGUUGCUCAGCGCCGAGCAGCAGCAACAGUUGCAGAGCAGCCUGCAGAACGGCGU_G
.......((((((.....))).)))......................((((((.(((((((......))))))).)).....((((((......))))))...))))... (-31.18 = -31.62 +   0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 7,491,293 – 7,491,403
Length 110
Sequences 5
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.16
Mean single sequence MFE -47.28
Consensus MFE -44.78
Energy contribution -43.66
Covariance contribution -1.12
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.27
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 0.51
SVM RNA-class probability 0.765165
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7491293 110 - 22224390
CGCCGCUCUGUUGCAAACUGCUCUGCAACUGCUGCUGCUGCUCGGCGCUGAGCAACGGCGGCGAGGGCGACGGCGUAUUUGUGUUGGCCAGCAGAUUGCUGCCGUUCUGC
((((.(((.((((((........)))))).(((((((.((((((....)))))).))))))))))))))(((((((((((((........))))).))).)))))..... ( -51.60)
>DroVir_CAF1 77970 108 - 1
--ACGCCGUUCUGCAGGCUGCUCUGCAACUGUUGCUGCUGCUCAGCGCUCAGCAACGGCGGCGAUGGCGACGGUGUGUUUGUGUUGGCCAGCAGAUUGCCGCCGUUCUGU
--.(((((...((((((....)))))).(((((((((..((.....)).))))))))))))))((((((.((((.((((.((....)).)))).)))).))))))..... ( -46.90)
>DroGri_CAF1 72360 108 - 1
--ACGCCGUUCUGCAGGCUGCUCUGCAACUGUUGCUGCUGCUCGGCACUCAGCAACGGCGGCGAUGGCGACGGUGUAUUUGUGUUGGCUAGCAGAUUGCCGCCGUUCUGU
--..((((....((((.(.((...((....)).)).))))).))))...(((.((((((((((((.((..(((..(....)..)))....))..))))))))))))))). ( -44.60)
>DroMoj_CAF1 58130 110 - 1
CGACGCCGUUUUGCAGGCUGCUCUGCAACUGUUGCUGCUGCUCGGCGCUGAGCAACGGCGGCGAUGGCGACGGUGUAUUUGUGUUGGCCAGCAGAUUGCCGCCGUUCUGU
...((((((((((((((....)))))))..(((((((.((((((....)))))).))))))))))))))((((((.((((((........))))))...))))))..... ( -47.70)
>DroPer_CAF1 42797 110 - 1
CACCGUUCUGCUGCAGGCUGCUCUGCAACUGUUGCUGCUGCUCGGCGCUGAGCAACGGCGGCGAGGGCGACGGCGUAUUGGUGUUGGCCAGCAGAUUGCCGCCGUUCUGC
....((...((.((.(((...(((((...((((((((.((((((....)))))).)))))))).((.(((((.(.....).))))).)).)))))..))))).))...)) ( -45.60)
>consensus
C_ACGCCGUUCUGCAGGCUGCUCUGCAACUGUUGCUGCUGCUCGGCGCUGAGCAACGGCGGCGAUGGCGACGGUGUAUUUGUGUUGGCCAGCAGAUUGCCGCCGUUCUGU
...((((((..((((((....))))))..((((((((.((((((....)))))).))))))))))))))((((((.((((((........))))))...))))))..... (-44.78 = -43.66 +  -1.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 7,491,333 – 7,491,432
Length 99
Sequences 5
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.34
Mean single sequence MFE -44.66
Consensus MFE -34.88
Energy contribution -34.68
Covariance contribution -0.20
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.21
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 1.29
SVM RNA-class probability 0.940592
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7491333 99 + 22224390
UCGCCCUCGCCGCCGUUGCUCAGCGCCGAGCAGCAGCAGCAGUUGCAGAGCAGUUUGCAACAGAGCGGCG---GUGUUGGCGGCGCCUGCCUCAAUCCCAAG
..((((((((.((.(((((((......))))))).)).)).((((((((....)))))))).))).)))(---(..((((.(((....)))))))..))... ( -47.10)
>DroVir_CAF1 78010 93 + 1
UCGCCAUCGCCGCCGUUGCUGAGCGCUGAGCAGCAGCAACAGUUGCAGAGCAGCCUGCAGAACGGCGU---------CGGCGGCGCCUGUUUAAAUCCCAAG
.((((..((.(((((((.(((((.((((..(.(((((....))))).)..)))))).)))))))))).---------))..))))................. ( -42.10)
>DroGri_CAF1 72400 93 + 1
UCGCCAUCGCCGCCGUUGCUGAGUGCCGAGCAGCAGCAACAGUUGCAGAGCAGCCUGCAGAACGGCGU---------CGGUGGCGCUUGUUUAAAUCCCAAG
.((((((((.(((((((((((..(((...))).)))))))..((((((......))))))...)))).---------))))))))................. ( -43.00)
>DroMoj_CAF1 58170 99 + 1
UCGCCAUCGCCGCCGUUGCUCAGCGCCGAGCAGCAGCAACAGUUGCAGAGCAGCCUGCAAAACGGCGUCG---GCGUCGGCGGCGCUUGCUUGAAUCCCAAG
..((...((((((((.((((..((((((.((....)).....((((((......))))))..)))))).)---))).))))))))...))............ ( -45.00)
>DroPer_CAF1 42837 102 + 1
UCGCCCUCGCCGCCGUUGCUCAGCGCCGAGCAGCAGCAACAGUUGCAGAGCAGCCUGCAGCAGAACGGUGGUGGUGUCGGCGGCGCCUGCCUCAAUCCGAAG
(((((..((((((((((((((......))))))).......(((((((......)))))))........)))))))..)))(((....))).......)).. ( -46.10)
>consensus
UCGCCAUCGCCGCCGUUGCUCAGCGCCGAGCAGCAGCAACAGUUGCAGAGCAGCCUGCAGAACGGCGU_G___G_GUCGGCGGCGCCUGCUUAAAUCCCAAG
..((...((((((((((((((......))))))).((.....((((((......))))))....))............)))))))...))............ (-34.88 = -34.68 +  -0.20)

alignment

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