Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,482,568 – 7,482,680 |
Length | 112 |
Max. P | 0.993553 |
Location | 7,482,568 – 7,482,680 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 4 |
Columns | 114 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.19 |
Mean single sequence MFE | -24.40 |
Consensus MFE | -15.81 |
Energy contribution | -16.38 |
Covariance contribution | 0.56 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -3.56 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 2.41 |
SVM RNA-class probability | 0.993553 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 7482568 112 - 22224390 ACACAAAUAUGCAUAUGCGAUAUAUUUGCAUAUAUUUUUAUACAGAUAAAAAA--AUAUGUAGGCCAUCGACACGGUAUCAUAGAUAUCAAUGUGUAACAUCAAAUUAUGCAAA .........((((((..((((...(((((((((.(((((((....))))))).--)))))))))..))))((((((((((...))))))...))))..........)))))).. ( -25.20) >DroSec_CAF1 15674 112 - 1 ACACAAAUAUGCAUAUGCGAUAUAUUUGCAUAUGUUUUUAUACAGAUAAAAAA--AUAUGUAGGUCAUCGACACGGUAUUAUAGCUAUCAACAUGUAACAUCUAAUUAUGCAAA .........((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).--)))))))))).)))).)).(((.(((((..........))))).)))....)))))).. ( -23.30) >DroSim_CAF1 17349 112 - 1 ACACAAAUAUGCAUAUGCGAUAUAUUUGCAUAUAUUUUUAUACAGAUAAAAAA--AUAUGUAGGUCAUCGACAAGGUAUUAUAGCUAUCAACAUGUAACAUCUAAUUAUGCAAA .........((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).--)))))))))).)))).))((((.(((((..........))))).))))...)))))).. ( -24.70) >DroEre_CAF1 16696 93 - 1 UCGCAAAAAUGCAUAUGCGAUAUAUUUGCAUAUAUUUUUAUGCAGAUAAAGAAAUAUAUGUAGGUCAUCGAUUG--------------------GUAACAUCCAAUUA-GCAAA ..(((....)))...((((((..((((((((((((((((..........)))))))))))))))).)))(((((--------------------(......)))))).-))).. ( -24.40) >consensus ACACAAAUAUGCAUAUGCGAUAUAUUUGCAUAUAUUUUUAUACAGAUAAAAAA__AUAUGUAGGUCAUCGACACGGUAUUAUAGCUAUCAACAUGUAACAUCUAAUUAUGCAAA .........((((((..((((..((((((((((.(((((((....)))))))...)))))))))).))))....((((.......)))).................)))))).. (-15.81 = -16.38 + 0.56)
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