Locus 2792

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 7,480,132 – 7,480,280
Length 148
Max. P 0.985652
window4572 window4573 window4574 window4575

overview

Window 2

Location 7,480,132 – 7,480,240
Length 108
Sequences 4
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.25
Mean single sequence MFE -43.21
Consensus MFE -34.62
Energy contribution -34.44
Covariance contribution -0.19
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.98
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 1.33
SVM RNA-class probability 0.942899
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7480132 108 + 22224390
GCACGUGGCCAGUUUAUCACUGUAUGGGUUAAUAUCUGUGUGCGUCUG------------UGUCUGUGUGAUGUGCAAAUGAUACACUCGCUCACACACAGCCAGAGACGCACAGUCACC
....(((((((((.....)))).((((((....))))))((((((((.------------((.(((((((.((.((.............)).))))))))).)).)))))))).))))). ( -41.22)
>DroSec_CAF1 13275 108 + 1
GCACGUGGCCAGUUUGUCACUGUAUGGGUUAAUAUCUGUGUGCGUCUG------------UGUCUGUGUGAUGUGCAAAUGAUACACUCGCUCACACACAGUCAGAGACGCACAGUCACC
....(((((((((.....)))).((((((....))))))((((((((.------------((.(((((((.((.((.............)).))))))))).)).)))))))).))))). ( -42.32)
>DroSim_CAF1 13752 108 + 1
GCACGUGGCCAGUUUGUCACUGUAUGGGUUAAUAUCUGUGUGCGUCUG------------UGUCUGUGUGAUGUGCAAAUGAUACACUCGCUCACACACAGCCAGAGACGCACAGUCACC
....(((((((((.....)))).((((((....))))))((((((((.------------((.(((((((.((.((.............)).))))))))).)).)))))))).))))). ( -41.22)
>DroEre_CAF1 14168 120 + 1
GCACGUGGCCAGUUUGUCGCUGUAUGGGUUAGUAUCUGUGUGCGUCUGCGUCUGUGCGCGUGUCUGUGUGAUGUGCAAAUGAUACACGCGCUCACACACAGGCAGAGACGCACAGUCACC
....(((((((((.....)))).((((((....))))))((((((((((((....)))).((((((((((..((((...........))))...)))))))))).)))))))).))))). ( -48.10)
>consensus
GCACGUGGCCAGUUUGUCACUGUAUGGGUUAAUAUCUGUGUGCGUCUG____________UGUCUGUGUGAUGUGCAAAUGAUACACUCGCUCACACACAGCCAGAGACGCACAGUCACC
....(((((((((.....)))).((((((....))))))((((((((.............((.(((((((.((.((.............)).))))))))).)).)))))))).))))). (-34.62 = -34.44 +  -0.19)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 3

Location 7,480,132 – 7,480,240
Length 108
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.25
Mean single sequence MFE -42.93
Consensus MFE -36.89
Energy contribution -37.39
Covariance contribution 0.50
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -3.68
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 2.01
SVM RNA-class probability 0.985652
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7480132 108 - 22224390
GGUGACUGUGCGUCUCUGGCUGUGUGUGAGCGAGUGUAUCAUUUGCACAUCACACAGACA------------CAGACGCACACAGAUAUUAACCCAUACAGUGAUAAACUGGCCACGUGC
(((...(((((((((.((.(((((((((.(((((((...))))))).)).))))))).))------------.)))))))))................((((.....)))))))...... ( -43.90)
>DroSec_CAF1 13275 108 - 1
GGUGACUGUGCGUCUCUGACUGUGUGUGAGCGAGUGUAUCAUUUGCACAUCACACAGACA------------CAGACGCACACAGAUAUUAACCCAUACAGUGACAAACUGGCCACGUGC
(((...(((((((((.((.(((((((((.(((((((...))))))).)).))))))).))------------.)))))))))................((((.....)))))))...... ( -43.50)
>DroSim_CAF1 13752 108 - 1
GGUGACUGUGCGUCUCUGGCUGUGUGUGAGCGAGUGUAUCAUUUGCACAUCACACAGACA------------CAGACGCACACAGAUAUUAACCCAUACAGUGACAAACUGGCCACGUGC
(((...(((((((((.((.(((((((((.(((((((...))))))).)).))))))).))------------.)))))))))................((((.....)))))))...... ( -43.90)
>DroEre_CAF1 14168 120 - 1
GGUGACUGUGCGUCUCUGCCUGUGUGUGAGCGCGUGUAUCAUUUGCACAUCACACAGACACGCGCACAGACGCAGACGCACACAGAUACUAACCCAUACAGCGACAAACUGGCCACGUGC
(((..(((((.((.((((((((((((((.....(((((.....))))).((.....))..)))))))))..))))).)).))))).............(((.......))))))...... ( -40.40)
>consensus
GGUGACUGUGCGUCUCUGGCUGUGUGUGAGCGAGUGUAUCAUUUGCACAUCACACAGACA____________CAGACGCACACAGAUAUUAACCCAUACAGUGACAAACUGGCCACGUGC
(((...(((((((((.((.(((((((((.(((((((...))))))).)).))))))).)).............)))))))))................((((.....)))))))...... (-36.89 = -37.39 +   0.50)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 7,480,172 – 7,480,280
Length 108
Sequences 4
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.57
Mean single sequence MFE -38.52
Consensus MFE -28.96
Energy contribution -28.96
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.44
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 0.25
SVM RNA-class probability 0.652842
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7480172 108 + 22224390
UGCGUCUG------------UGUCUGUGUGAUGUGCAAAUGAUACACUCGCUCACACACAGCCAGAGACGCACAGUCACCGCAGCAUACACAUGCAAUUGAUUUGUACUUUGGGGUCAGA
(((((((.------------((.(((((((.((.((.............)).))))))))).)).))))))).....(((.(((..((((.((.......)).))))..))).))).... ( -35.82)
>DroSec_CAF1 13315 108 + 1
UGCGUCUG------------UGUCUGUGUGAUGUGCAAAUGAUACACUCGCUCACACACAGUCAGAGACGCACAGUCACCGCAGCAUACACAUGCAAUUGAUUUGUACUUUGGGGUCAGA
(((((((.------------((.(((((((.((.((.............)).))))))))).)).))))))).....(((.(((..((((.((.......)).))))..))).))).... ( -36.92)
>DroSim_CAF1 13792 108 + 1
UGCGUCUG------------UGUCUGUGUGAUGUGCAAAUGAUACACUCGCUCACACACAGCCAGAGACGCACAGUCACCGCAGCAUACACAUGCAAUUGAUUUGUACUUUGGGGUCAGA
(((((((.------------((.(((((((.((.((.............)).))))))))).)).))))))).....(((.(((..((((.((.......)).))))..))).))).... ( -35.82)
>DroEre_CAF1 14208 120 + 1
UGCGUCUGCGUCUGUGCGCGUGUCUGUGUGAUGUGCAAAUGAUACACGCGCUCACACACAGGCAGAGACGCACAGUCACCGCAGCAUACACAUGCAAUUGAUUUGUACUUUGGGGUCAGA
((((((((((.((((((((.((((((((((..((((...........))))...))))))))))..).)))))))....))))).......))))).(((((((........))))))). ( -45.51)
>consensus
UGCGUCUG____________UGUCUGUGUGAUGUGCAAAUGAUACACUCGCUCACACACAGCCAGAGACGCACAGUCACCGCAGCAUACACAUGCAAUUGAUUUGUACUUUGGGGUCAGA
(((((((.............((.(((((((.((.((.............)).))))))))).)).))))))).....(((.(((..((((.((.......)).))))..))).))).... (-28.96 = -28.96 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 5

Location 7,480,172 – 7,480,280
Length 108
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.57
Mean single sequence MFE -39.25
Consensus MFE -33.14
Energy contribution -33.39
Covariance contribution 0.25
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.70
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 1.46
SVM RNA-class probability 0.955893
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7480172 108 - 22224390
UCUGACCCCAAAGUACAAAUCAAUUGCAUGUGUAUGCUGCGGUGACUGUGCGUCUCUGGCUGUGUGUGAGCGAGUGUAUCAUUUGCACAUCACACAGACA------------CAGACGCA
....(((.((..(((((.(((....).)).)))))..)).))).....(((((((.((.(((((((((.(((((((...))))))).)).))))))).))------------.))))))) ( -39.00)
>DroSec_CAF1 13315 108 - 1
UCUGACCCCAAAGUACAAAUCAAUUGCAUGUGUAUGCUGCGGUGACUGUGCGUCUCUGACUGUGUGUGAGCGAGUGUAUCAUUUGCACAUCACACAGACA------------CAGACGCA
....(((.((..(((((.(((....).)).)))))..)).))).....(((((((.((.(((((((((.(((((((...))))))).)).))))))).))------------.))))))) ( -38.60)
>DroSim_CAF1 13792 108 - 1
UCUGACCCCAAAGUACAAAUCAAUUGCAUGUGUAUGCUGCGGUGACUGUGCGUCUCUGGCUGUGUGUGAGCGAGUGUAUCAUUUGCACAUCACACAGACA------------CAGACGCA
....(((.((..(((((.(((....).)).)))))..)).))).....(((((((.((.(((((((((.(((((((...))))))).)).))))))).))------------.))))))) ( -39.00)
>DroEre_CAF1 14208 120 - 1
UCUGACCCCAAAGUACAAAUCAAUUGCAUGUGUAUGCUGCGGUGACUGUGCGUCUCUGCCUGUGUGUGAGCGCGUGUAUCAUUUGCACAUCACACAGACACGCGCACAGACGCAGACGCA
(((((((.((..(((((.(((....).)).)))))..)).)))..((((((((...((.(((((((((.(((.(((...))).))).)).))))))).)).))))))))...)))).... ( -40.40)
>consensus
UCUGACCCCAAAGUACAAAUCAAUUGCAUGUGUAUGCUGCGGUGACUGUGCGUCUCUGGCUGUGUGUGAGCGAGUGUAUCAUUUGCACAUCACACAGACA____________CAGACGCA
....(((.((..(((((.(((....).)).)))))..)).))).....(((((((.((.(((((((((.(((((((...))))))).)).))))))).)).............))))))) (-33.14 = -33.39 +   0.25)

alignment

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