Locus 2787

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	7,476,335 – 7,476,517
Length	182
Max. P	0.989774

overview

Window 5

Location	7,476,335 – 7,476,437
Length	102
Sequences	4
Columns	110
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.09
Mean single sequence MFE	-27.83
Consensus MFE	-20.15
Energy contribution	-20.90
Covariance contribution	0.75
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.84
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	0.20
SVM RNA-class probability	0.629110
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7476335 102 - 22224390
UUAUGGUAGGGCUAUACGGCCAUCAUAUAGUGAUUUGUAAGAAAUCGGCCAGAUAUACGUGCAGAUAU--------AUAUUAGGCGAUGUGACUAUGUGGCACUCUGAUU
(((.(((..((((....)))).((((((((((((((.....))))).(((.((((((..(....)..)--------))))).)))......))))))))).))).))).. ( -25.60)
>DroSec_CAF1 9561 90 - 1
UUAUGGUAGGGCUAUACGGCCAUCAUAUAGUGAUUUGUAAGAAAUCGGCCAGA------------UAU--------AUAUUAGGCGAUGUGACUAUGUGGCACUCUGAUU
(((.(((..((((....)))).((((((((((((((.....))))).(((.((------------(..--------..))).)))......))))))))).))).))).. ( -21.80)
>DroSim_CAF1 9099 102 - 1
UUAUGGUAGGGCUAUACGGCCAUCAUAUAGUGAUUUGUAAGAAAUCGGCCAGAUAUACGUGCAGAUAU--------AUAUUAGGCGAUGUGACUAUGUGGCACGCUGAUU
.(((((.....)))))((((..((((((((((((((.....))))).(((.((((((..(....)..)--------))))).)))......)))))))))...))))... ( -27.00)
>DroEre_CAF1 10272 110 - 1
UUAUGGUAGGGCUAUACGGCCAUCAUAUAGUGAUUUGUAAGAAAUCGGCCAGAUAUACGUGCAGAUAUAUGUAUGUAUAUUAGGCGAUGUGACUAUGUGGCACUCUGAUU
(((.(((..((((....)))).((((((((((((((.....))))).(((.((((((((((((......)))))))))))).)))......))))))))).))).))).. ( -36.90)
>consensus
UUAUGGUAGGGCUAUACGGCCAUCAUAUAGUGAUUUGUAAGAAAUCGGCCAGAUAUACGUGCAGAUAU________AUAUUAGGCGAUGUGACUAUGUGGCACUCUGAUU
......((((((((((..((((((......((((((.....))))))(((.(((((....................))))).))))))).).)..)))))).).)))... (-20.15 = -20.90 +   0.75)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	7,476,369 – 7,476,477
Length	108
Sequences	4
Columns	110
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.58
Mean single sequence MFE	-17.30
Consensus MFE	-16.30
Energy contribution	-16.30
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.95
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	1.39
SVM RNA-class probability	0.949237
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7476369 108 + 22224390
--AUAUCUGCACGUAUAUCUGGCCGAUUUCUUACAAAUCACUAUAUGAUGGCCGUAUAGCCCUACCAUAAAUCUUUCAACAUGUUUAGCCAACAACUAAACAAUUUAUGA
--.............(((.((((((((((.....))))).(.....)..))))).))).......(((((((.........(((((((.......)))))))))))))). ( -17.30)
>DroSec_CAF1 9595 96 + 1
--AUA------------UCUGGCCGAUUUCUUACAAAUCACUAUAUGAUGGCCGUAUAGCCCUACCAUAAAUCUUUCAACAUGUUUAGCCAACAACUAAACAAUUUAUGA
--.((------------(.((((((((((.....))))).(.....)..))))).))).......(((((((.........(((((((.......)))))))))))))). ( -17.30)
>DroSim_CAF1 9133 108 + 1
--AUAUCUGCACGUAUAUCUGGCCGAUUUCUUACAAAUCACUAUAUGAUGGCCGUAUAGCCCUACCAUAAAUCUUUCAACAUGUUUAGCCAACAACUAAACAAUUUAUGA
--.............(((.((((((((((.....))))).(.....)..))))).))).......(((((((.........(((((((.......)))))))))))))). ( -17.30)
>DroEre_CAF1 10312 110 + 1
AUAUAUCUGCACGUAUAUCUGGCCGAUUUCUUACAAAUCACUAUAUGAUGGCCGUAUAGCCCUACCAUAAAUCUUUCAACAUGUUUAGCCAACAACUAAACAAUUUAUGA
...............(((.((((((((((.....))))).(.....)..))))).))).......(((((((.........(((((((.......)))))))))))))). ( -17.30)
>consensus
__AUAUCUGCACGUAUAUCUGGCCGAUUUCUUACAAAUCACUAUAUGAUGGCCGUAUAGCCCUACCAUAAAUCUUUCAACAUGUUUAGCCAACAACUAAACAAUUUAUGA
....................(((((((((.....))))).(.....)..))))............(((((((.........(((((((.......)))))))))))))). (-16.30 = -16.30 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	7,476,397 – 7,476,517
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.33
Mean single sequence MFE	-24.90
Consensus MFE	-25.06
Energy contribution	-24.74
Covariance contribution	-0.32
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.71
Structure conservation index	1.01
SVM decision value	2.18
SVM RNA-class probability	0.989774
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7476397 120 + 22224390
UUACAAAUCACUAUAUGAUGGCCGUAUAGCCCUACCAUAAAUCUUUCAACAUGUUUAGCCAACAACUAAACAAUUUAUGACGAUUGUCUCCGCCAUGCGGGCGAAUCUUUUUGUAAGUAU
(((((((((.(((((((.....)))))))......(((((((.........(((((((.......))))))))))))))..)))).....((((.....))))........))))).... ( -24.40)
>DroSec_CAF1 9611 120 + 1
UUACAAAUCACUAUAUGAUGGCCGUAUAGCCCUACCAUAAAUCUUUCAACAUGUUUAGCCAACAACUAAACAAUUUAUGACGAUUGUCUCCGCCAUGCGGGCGAAUCUUUCUGUAAGUAU
(((((((((.(((((((.....)))))))......(((((((.........(((((((.......))))))))))))))..)))).....((((.....))))........))))).... ( -24.30)
>DroSim_CAF1 9161 120 + 1
UUACAAAUCACUAUAUGAUGGCCGUAUAGCCCUACCAUAAAUCUUUCAACAUGUUUAGCCAACAACUAAACAAUUUAUGACGAUUGUCUCCGCCAUGCGGGCGAAUCUUUCUGUAAGUAU
(((((((((.(((((((.....)))))))......(((((((.........(((((((.......))))))))))))))..)))).....((((.....))))........))))).... ( -24.30)
>DroEre_CAF1 10342 120 + 1
UUACAAAUCACUAUAUGAUGGCCGUAUAGCCCUACCAUAAAUCUUUCAACAUGUUUAGCCAACAACUAAACAAUUUAUGACGAUUGUCCCCGCCAUGCGGGCGAAUCUUUCUGUAAGUAU
(((((((((.(((((((.....)))))))......(((((((.........(((((((.......))))))))))))))..)))).(((((((...))))).)).......))))).... ( -27.10)
>DroYak_CAF1 13644 120 + 1
UUACAAAUCACUAUAUGAUGGCCGUAUAGCCCUACCAUAAAUCUUUCAACAUGUUUAGCCAACAACUAAACAAUUUAUGACGAUUGUCUCCGCCAUGCGGGCGAAUCUCUCUGUGAGUGU
(((((((((.(((((((.....)))))))......(((((((.........(((((((.......))))))))))))))..)))).....((((.....))))........))))).... ( -24.40)
>consensus
UUACAAAUCACUAUAUGAUGGCCGUAUAGCCCUACCAUAAAUCUUUCAACAUGUUUAGCCAACAACUAAACAAUUUAUGACGAUUGUCUCCGCCAUGCGGGCGAAUCUUUCUGUAAGUAU
(((((((((.(((((((.....)))))))......(((((((.........(((((((.......))))))))))))))..)))).(((((((...))))).)).......))))).... (-25.06 = -24.74 +  -0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	7,476,397 – 7,476,517
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	98.33
Mean single sequence MFE	-30.16
Consensus MFE	-29.20
Energy contribution	-29.08
Covariance contribution	-0.12
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.23
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	0.29
SVM RNA-class probability	0.671979
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7476397 120 - 22224390
AUACUUACAAAAAGAUUCGCCCGCAUGGCGGAGACAAUCGUCAUAAAUUGUUUAGUUGUUGGCUAAACAUGUUGAAAGAUUUAUGGUAGGGCUAUACGGCCAUCAUAUAGUGAUUUGUAA
.....((((((....((((((.....)))))).((((((.(((.....((((((((.....))))))))...)))..))))((((((..((((....))))))))))..))..)))))). ( -29.60)
>DroSec_CAF1 9611 120 - 1
AUACUUACAGAAAGAUUCGCCCGCAUGGCGGAGACAAUCGUCAUAAAUUGUUUAGUUGUUGGCUAAACAUGUUGAAAGAUUUAUGGUAGGGCUAUACGGCCAUCAUAUAGUGAUUUGUAA
.....((((((....((((((.....)))))).((((((.(((.....((((((((.....))))))))...)))..))))((((((..((((....))))))))))..))..)))))). ( -29.70)
>DroSim_CAF1 9161 120 - 1
AUACUUACAGAAAGAUUCGCCCGCAUGGCGGAGACAAUCGUCAUAAAUUGUUUAGUUGUUGGCUAAACAUGUUGAAAGAUUUAUGGUAGGGCUAUACGGCCAUCAUAUAGUGAUUUGUAA
.....((((((....((((((.....)))))).((((((.(((.....((((((((.....))))))))...)))..))))((((((..((((....))))))))))..))..)))))). ( -29.70)
>DroEre_CAF1 10342 120 - 1
AUACUUACAGAAAGAUUCGCCCGCAUGGCGGGGACAAUCGUCAUAAAUUGUUUAGUUGUUGGCUAAACAUGUUGAAAGAUUUAUGGUAGGGCUAUACGGCCAUCAUAUAGUGAUUUGUAA
.....((((((..(((((.(((((...)))))))..))).((((....((((((((.....))))))))............((((((..((((....))))))))))..)))))))))). ( -31.50)
>DroYak_CAF1 13644 120 - 1
ACACUCACAGAGAGAUUCGCCCGCAUGGCGGAGACAAUCGUCAUAAAUUGUUUAGUUGUUGGCUAAACAUGUUGAAAGAUUUAUGGUAGGGCUAUACGGCCAUCAUAUAGUGAUUUGUAA
(((.((((.((....((((((.....)))))).....)).(((.....((((((((.....))))))))...)))......((((((..((((....))))))))))..))))..))).. ( -30.30)
>consensus
AUACUUACAGAAAGAUUCGCCCGCAUGGCGGAGACAAUCGUCAUAAAUUGUUUAGUUGUUGGCUAAACAUGUUGAAAGAUUUAUGGUAGGGCUAUACGGCCAUCAUAUAGUGAUUUGUAA
....(((((((....((((((.....)))))).((((((.(((.....((((((((.....))))))))...)))..))))((((((..((((....))))))))))..))..))))))) (-29.20 = -29.08 +  -0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

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