Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 936,988 – 937,098 |
Length | 110 |
Max. P | 0.784441 |
Location | 936,988 – 937,098 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 5 |
Columns | 116 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 91.07 |
Mean single sequence MFE | -30.14 |
Consensus MFE | -22.42 |
Energy contribution | -23.22 |
Covariance contribution | 0.80 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -2.06 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | 0.57 |
SVM RNA-class probability | 0.784441 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 936988 110 + 22224390 AUUCCAGGUACGAUCGAUCAUAGCUCGUUUGGA------UUUUUCCAGCCGGCUGAUUGAUUUAUGUAUGCGAGCGAUGAAGACAAAUUUUAAAGUUGCUCAUUAGCAUGCUAUUU .......(((.(((((((((..((.((.(((((------....))))).))))))))))))))))(((((((((((((.((((....))))...)))))))....))))))..... ( -33.10) >DroSec_CAF1 20095 110 + 1 AUUCCAGGUACGAUCGAUCAUAGCUCGUUUGGA------UUUUUCCAGCCGGCUGAUUGAUUUAUGUAUGCGAGCGAUGAAGACAAACUUUAAAGUUGCUCAUUAGCAUGCUAUUU .......(((.(((((((((..((.((.(((((------....))))).))))))))))))))))(((((((((((((((((.....))))...)))))))....))))))..... ( -33.30) >DroSim_CAF1 16142 110 + 1 AUUCCAGGUACGAUCGAUCAUAGCUCGUUUGGA------UUUUUCCAGCCGGCUGAUUGAUUUAUGUAUGCGAGCGAUGAAGACAAACUUUAAAGUUGCUCAUUAGCAUGCUAUUU .......(((.(((((((((..((.((.(((((------....))))).))))))))))))))))(((((((((((((((((.....))))...)))))))....))))))..... ( -33.30) >DroEre_CAF1 28299 106 + 1 AUUCCAGGUGCGAUCGAUCAUAACUCGUUUGGA------UUUUUCCAGCCGGCUGAUUGAUUUAUGUAUGUG----AGGAAGACAAACUUAAAAGUUGCUCAUUAGCAUGCUAUUU .(((((.(((((((((((((....(((.(((((------....))))).))).)))))))))...)))).))----.))).............(((((((....)))).))).... ( -25.60) >DroYak_CAF1 21586 112 + 1 AUUCCAGGUGCGAUCGAUCAUAACUCGUUUGGAGCCUCGUUUUUCCAGCCACCUGAUUGAUUUAUGCAUGUG----UUGAAGACAAACUCAAAAGUUGCUCAUUAGCAUGCUAUUU ....(((((((...(((.......)))..(((((........)))))).))))))..........((((((.----.(((.(...((((....)))).))))...))))))..... ( -25.40) >consensus AUUCCAGGUACGAUCGAUCAUAGCUCGUUUGGA______UUUUUCCAGCCGGCUGAUUGAUUUAUGUAUGCGAGCGAUGAAGACAAACUUUAAAGUUGCUCAUUAGCAUGCUAUUU .......(((.(((((((((..((.((.(((((..........))))).))))))))))))))))((((((....(((((.(...((((....)))).)))))).))))))..... (-22.42 = -23.22 + 0.80)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:40:38 2006