Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,373,635 – 7,373,742 |
Length | 107 |
Max. P | 0.743373 |
Location | 7,373,635 – 7,373,742 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 5 |
Columns | 107 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 92.43 |
Mean single sequence MFE | -37.32 |
Consensus MFE | -30.02 |
Energy contribution | -31.58 |
Covariance contribution | 1.56 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -1.37 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 0.00 |
SVM RNA-class probability | 0.533582 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 7373635 107 + 22224390 ACGGAGAUCAGAUCCGGAGGAGCAGCAGUGAUCGGGACUUGGAAUACAGUCGUUGUCGGCGUAAUGGUGUCCAUUACGCCACCAUUAAAGAUUUUCUGGCGAGCCUC .((((.......))))((((.((..(((.((((..((((.(.....)))))......((((((((((...)))))))))).........))))..)))))...)))) ( -37.10) >DroSec_CAF1 122557 107 + 1 ACGGAGAUCAGAUCCGGAGGAGCAGCAGUGAUCGGGACUUGGAAUACAGUCGAUGUCGGCGUAAUGGUGUCCAUUACGCCACCAUUACAGAUUUUCUGGCCAGCCUC .((((.......))))((((.((..(((.((((..((((.(.....)))))((((..((((((((((...))))))))))..))))...))))..)))))...)))) ( -38.50) >DroSim_CAF1 122148 107 + 1 ACGGAGAUCAGAUCCGGAGGAGCAGCAGUGAUCGGGACUUGGAAUACAGUCGAUGUCGGCGUAAUGGUGUCCAUUACGCCACCAUUACAGAUUUUCUGGCCAGCCUC .((((.......))))((((.((..(((.((((..((((.(.....)))))((((..((((((((((...))))))))))..))))...))))..)))))...)))) ( -38.50) >DroEre_CAF1 133582 107 + 1 ACGGAGACCAGAUCCGCAGAAGCAGCAGUGAUCGCGACUUGGAAUACAAUCGCUGUCGGCGUAAUGGGGUCCACUAUGCCACCAUUGCAGAGUUUCUGGCGAGCCUC ..((.(.(((((..(((....)).((((((...((((.(((.....)))))))....((((((.(((...))).))))))..))))))...)..))))))...)).. ( -38.50) >DroYak_CAF1 157206 107 + 1 ACGGAGAUCAGAUCCGGAAGAGCAGCAGUGAUCGGGACUUGGAAUACAGUCGAUGUCGGCGCAAUGGUGUUCACUACGCCACCAUUGCCGAUUUUCUGGCGAGUCUC .((((.......)))).................((((((((.....(((.....(((((((...((((((.....))))))....)))))))...))).)))))))) ( -34.00) >consensus ACGGAGAUCAGAUCCGGAGGAGCAGCAGUGAUCGGGACUUGGAAUACAGUCGAUGUCGGCGUAAUGGUGUCCAUUACGCCACCAUUACAGAUUUUCUGGCGAGCCUC .((((.......))))((((.((..(((.((((..((((.(.....)))))((((..((((((((((...))))))))))..))))...))))..)))))...)))) (-30.02 = -31.58 + 1.56)
Location | 7,373,635 – 7,373,742 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 5 |
Columns | 107 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 92.43 |
Mean single sequence MFE | -35.54 |
Consensus MFE | -28.10 |
Energy contribution | -27.58 |
Covariance contribution | -0.52 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -1.66 |
Structure conservation index | 0.79 |
SVM decision value | 0.46 |
SVM RNA-class probability | 0.743373 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 7373635 107 - 22224390 GAGGCUCGCCAGAAAAUCUUUAAUGGUGGCGUAAUGGACACCAUUACGCCGACAACGACUGUAUUCCAAGUCCCGAUCACUGCUGCUCCUCCGGAUCUGAUCUCCGU ((((..((.(((...(((.....((.(((((((((((...))))))))))).))..((((........))))..)))..))).))..))))((((.......)))). ( -33.70) >DroSec_CAF1 122557 107 - 1 GAGGCUGGCCAGAAAAUCUGUAAUGGUGGCGUAAUGGACACCAUUACGCCGACAUCGACUGUAUUCCAAGUCCCGAUCACUGCUGCUCCUCCGGAUCUGAUCUCCGU ((((..((((((...(((....(((.(((((((((((...))))))))))).))).((((........))))..)))..)))..)))))))((((.......)))). ( -34.30) >DroSim_CAF1 122148 107 - 1 GAGGCUGGCCAGAAAAUCUGUAAUGGUGGCGUAAUGGACACCAUUACGCCGACAUCGACUGUAUUCCAAGUCCCGAUCACUGCUGCUCCUCCGGAUCUGAUCUCCGU ((((..((((((...(((....(((.(((((((((((...))))))))))).))).((((........))))..)))..)))..)))))))((((.......)))). ( -34.30) >DroEre_CAF1 133582 107 - 1 GAGGCUCGCCAGAAACUCUGCAAUGGUGGCAUAGUGGACCCCAUUACGCCGACAGCGAUUGUAUUCCAAGUCGCGAUCACUGCUGCUUCUGCGGAUCUGGUCUCCGU ..((...((((((...((((((..((..(((((((((...))))))....((..((((((........))))))..))..)))..))..))))))))))))..)).. ( -40.50) >DroYak_CAF1 157206 107 - 1 GAGACUCGCCAGAAAAUCGGCAAUGGUGGCGUAGUGAACACCAUUGCGCCGACAUCGACUGUAUUCCAAGUCCCGAUCACUGCUGCUCUUCCGGAUCUGAUCUCCGU (((((...((.(((...(((((.(((((((((((((.....)))))))))......((((........))))...)))).)))))...))).))....).))))... ( -34.90) >consensus GAGGCUCGCCAGAAAAUCUGUAAUGGUGGCGUAAUGGACACCAUUACGCCGACAUCGACUGUAUUCCAAGUCCCGAUCACUGCUGCUCCUCCGGAUCUGAUCUCCGU .......((((............))))(((((((((.....)))))))))......((((........))))..(((((...(((......)))...)))))..... (-28.10 = -27.58 + -0.52)
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