Locus 2717

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 7,293,924 – 7,294,060
Length 136
Max. P 0.999984
window4446 window4447 window4448 window4449

overview

Window 6

Location 7,293,924 – 7,294,033
Length 109
Sequences 3
Columns 109
Reading direction forward
Mean pairwise identity 63.55
Mean single sequence MFE -20.70
Consensus MFE -9.67
Energy contribution -11.57
Covariance contribution 1.90
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -2.95
Structure conservation index 0.47
SVM decision value 3.70
SVM RNA-class probability 0.999540
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7293924 109 + 22224390
AAUUAAAAAUAUGUAUAAAAACACAUACACACACACACACUCAUUCAUACGCAUCUGCAUAUGUGUGCUUUAUAUACAGCAAACACUUAGAUGCAUAAACGCUUUUAUA
...(((((.(((((........))))).......................(((((((....(((.((((........)))).)))..)))))))........))))).. ( -16.20)
>DroEre_CAF1 54321 102 + 1
AAUUAAAAAUAUGUAUAAAAACAC------ACACACACACUCAUUCAUCCGCAUCUGCAUGUGUGUGCUUCACAUACAGCACACACUUGGACGCAUAAGCGCU-UUAUA
.............((((((.....------.................(((((....))..(((((((((........)))))))))..)))(((....))).)-))))) ( -22.40)
>DroAna_CAF1 48241 88 + 1
AAUUAAAAAUAUUUACAAAACCGU------GC----CUGUGUGUGCUGCGAGAUCUGCAUAUGUGCGCU------ACAGGGCGGCUUAAUAUGCAG-----AUUUUAUA
......................(.------.(----......)..)...(((((((((((((..(((((------....))).))...))))))))-----)))))... ( -23.50)
>consensus
AAUUAAAAAUAUGUAUAAAAACAC______ACACACACACUCAUUCAUCCGCAUCUGCAUAUGUGUGCUU_A_AUACAGCACACACUUAGAUGCAUAA_CGCUUUUAUA
..................................................((((((....(((((((((........)))))))))..))))))............... ( -9.67 = -11.57 +   1.90)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 7

Location 7,293,924 – 7,294,033
Length 109
Sequences 3
Columns 109
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 63.55
Mean single sequence MFE -28.93
Consensus MFE -14.52
Energy contribution -14.53
Covariance contribution 0.01
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -3.50
Structure conservation index 0.50
SVM decision value 5.34
SVM RNA-class probability 0.999984
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7293924 109 - 22224390
UAUAAAAGCGUUUAUGCAUCUAAGUGUUUGCUGUAUAUAAAGCACACAUAUGCAGAUGCGUAUGAAUGAGUGUGUGUGUGUGUAUGUGUUUUUAUACAUAUUUUUAAUU
((((....(((((((((((((..((((.((((........)))).))))....))))))))..)))))....)))).(((((((((......)))))))))........ ( -27.80)
>DroEre_CAF1 54321 102 - 1
UAUAA-AGCGCUUAUGCGUCCAAGUGUGUGCUGUAUGUGAAGCACACACAUGCAGAUGCGGAUGAAUGAGUGUGUGUGU------GUGUUUUUAUACAUAUUUUUAAUU
.....-.((((((((.(((((..(((((((((........)))))))))..((....))))))).))))))))((((((------(((....)))))))))........ ( -41.40)
>DroAna_CAF1 48241 88 - 1
UAUAAAAU-----CUGCAUAUUAAGCCGCCCUGU------AGCGCACAUAUGCAGAUCUCGCAGCACACACAG----GC------ACGGUUUUGUAAAUAUUUUUAAUU
((((((((-----((((((((...((.((.....------.))))..)))))))))..(((..((........----))------.))))))))))............. ( -17.60)
>consensus
UAUAAAAGCG_UUAUGCAUCUAAGUGUGUGCUGUAU_U_AAGCACACAUAUGCAGAUGCGGAUGAAUGAGUGUGUGUGU______GUGUUUUUAUACAUAUUUUUAAUU
(((((((((.....(((((....(((((((((........))))))))))))))...(((..........)))..............)))))))))............. (-14.52 = -14.53 +   0.01)

alignment

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secondary structure

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Window 8

Location 7,293,955 – 7,294,060
Length 105
Sequences 6
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 72.57
Mean single sequence MFE -24.82
Consensus MFE -5.66
Energy contribution -7.19
Covariance contribution 1.53
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -2.62
Structure conservation index 0.23
SVM decision value 0.75
SVM RNA-class probability 0.840069
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7293955 105 + 22224390
CACACACACUCAUUCAUACGCAUCUGCAUAUGUGUGCUUUAUAUACAGCAAACACUUAGAUGCAUAAACGCUUUUAUAGAGAAUAUAUAG------UAUCUAUGGGC--ACAU
........(((((..(((((((((((....(((.((((........)))).)))..))))))).......(((.....)))........)------)))..))))).--.... ( -21.80)
>DroSec_CAF1 43787 105 + 1
CGCACACACUCAUUCAUUCGCAUCUGCAUAUGUGUGCUUUAAAUACAGCAAACACUUAGAUGCAUACACGCUUUUAUAGAGAAUAUAUAG------UAUCUAUGGGC--ACAC
...................(((((((....(((.((((........)))).)))..)))))))......(((..((((((..........------..)))))))))--.... ( -20.40)
>DroSim_CAF1 43888 105 + 1
CGCACACACUCAUUCAUUCGCAUCUGCAUAUGUGUGCUUUAUAUACAGCACACACUUAGAUGCAUAAACGCUUUUAUAGAGAAUAUAUAG------AAUCUAUGGGC--ACAC
........(((((..(((((((((((....((((((((........))))))))..))))))).......(((.....)))........)------)))..))))).--.... ( -27.60)
>DroEre_CAF1 54346 112 + 1
CACACACACUCAUUCAUCCGCAUCUGCAUGUGUGUGCUUCACAUACAGCACACACUUGGACGCAUAAGCGCU-UUAUAGAGCAUAUAUAGCAUAUAUAUCUAUGGGCUCACAC
................(((((....))..(((((((((........)))))))))..)))(((....)))..-.....((((...(((((.((....))))))).)))).... ( -30.10)
>DroYak_CAF1 70379 92 + 1
CACACACACGCAUUCAUUCUCAUCUGCAUAUGUGUGCUUUAUAUA-------------GAUGCAUAAACGCUUUUAUAGAGAUUAUAUAG------UAUCUAUGGGC--ACAC
.........(((............)))....(((((((...((((-------------((((((((....(((.....)))....))).)------)))))))))))--)))) ( -20.70)
>DroAna_CAF1 48266 87 + 1
C----CUGUGUGUGCUGCGAGAUCUGCAUAUGUGCGCU------ACAGGGCGGCUUAAUAUGCAG-----AUUUUAUAGAGCAAGUUU-C------UAUUUACGGCC----CG
.----((((((((.(((..((((((((((((..(((((------....))).))...))))))))-----))))..))).))).....-.------....)))))..----.. ( -28.30)
>consensus
CACACACACUCAUUCAUUCGCAUCUGCAUAUGUGUGCUUUAUAUACAGCACACACUUAGAUGCAUAAACGCUUUUAUAGAGAAUAUAUAG______UAUCUAUGGGC__ACAC
........................(((((..(((((((........)))..))))....))))).........(((((((..................)))))))........ ( -5.66 =  -7.19 +   1.53)

alignment

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secondary structure

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Window 9

Location 7,293,955 – 7,294,060
Length 105
Sequences 6
Columns 113
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 72.57
Mean single sequence MFE -27.30
Consensus MFE -9.78
Energy contribution -13.46
Covariance contribution 3.68
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.03
Structure conservation index 0.36
SVM decision value 0.31
SVM RNA-class probability 0.682425
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7293955 105 - 22224390
AUGU--GCCCAUAGAUA------CUAUAUAUUCUCUAUAAAAGCGUUUAUGCAUCUAAGUGUUUGCUGUAUAUAAAGCACACAUAUGCAGAUGCGUAUGAAUGAGUGUGUGUG
....--...((((.(((------((.((((.....))))....(((((((((((((..((((.((((........)))).))))....))))))))..)))))))))).)))) ( -26.30)
>DroSec_CAF1 43787 105 - 1
GUGU--GCCCAUAGAUA------CUAUAUAUUCUCUAUAAAAGCGUGUAUGCAUCUAAGUGUUUGCUGUAUUUAAAGCACACAUAUGCAGAUGCGAAUGAAUGAGUGUGUGCG
((((--((...((((((------(..((((.....))))..((((...((((......)))).)))))))))))..))))))....(((.((((..........)))).))). ( -25.40)
>DroSim_CAF1 43888 105 - 1
GUGU--GCCCAUAGAUU------CUAUAUAUUCUCUAUAAAAGCGUUUAUGCAUCUAAGUGUGUGCUGUAUAUAAAGCACACAUAUGCAGAUGCGAAUGAAUGAGUGUGUGCG
....--...((((.(((------(.((.(((((...(((((....)))))((((((..(((((((((........)))))))))....))))))))))).)))))).)))).. ( -31.10)
>DroEre_CAF1 54346 112 - 1
GUGUGAGCCCAUAGAUAUAUAUGCUAUAUAUGCUCUAUAA-AGCGCUUAUGCGUCCAAGUGUGUGCUGUAUGUGAAGCACACACAUGCAGAUGCGGAUGAAUGAGUGUGUGUG
..........((((((((((((...))))))).)))))..-.((((((((.(((((..(((((((((........)))))))))..((....))))))).))))))))..... ( -40.30)
>DroYak_CAF1 70379 92 - 1
GUGU--GCCCAUAGAUA------CUAUAUAAUCUCUAUAAAAGCGUUUAUGCAUC-------------UAUAUAAAGCACACAUAUGCAGAUGAGAAUGAAUGCGUGUGUGUG
..((--((..(((((..------((.((((.....))))..))..))))))))).-------------.........((((((((((((............)))))))))))) ( -21.00)
>DroAna_CAF1 48266 87 - 1
CG----GGCCGUAAAUA------G-AAACUUGCUCUAUAAAAU-----CUGCAUAUUAAGCCGCCCUGU------AGCGCACAUAUGCAGAUCUCGCAGCACACACAG----G
..----.((.((..(((------(-(.......)))))...((-----((((((((...((.((.....------.))))..))))))))))...)).))........----. ( -19.70)
>consensus
GUGU__GCCCAUAGAUA______CUAUAUAUUCUCUAUAAAAGCGUUUAUGCAUCUAAGUGUGUGCUGUAUAUAAAGCACACAUAUGCAGAUGCGAAUGAAUGAGUGUGUGUG
........................(((((((((.........((((...(((((....((((.((((........)))).))))))))).))))........))))))))).. ( -9.78 = -13.46 +   3.68)

alignment

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