Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,045,703 – 7,045,822 |
Length | 119 |
Max. P | 0.876657 |
Location | 7,045,703 – 7,045,822 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 6 |
Columns | 119 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 85.77 |
Mean single sequence MFE | -47.00 |
Consensus MFE | -38.65 |
Energy contribution | -39.87 |
Covariance contribution | 1.21 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -2.48 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 0.90 |
SVM RNA-class probability | 0.876657 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 7045703 119 - 22224390 GUUUCCAUUUCCAGUUUCAGUCGCCGUCUGAUUCUCAGACUCGCCGCAGCGGAAGUAACUCGCUGAGCGCUGUUGUGGCUGAUUAUGCUGCCAGUGGCAGUAGGGAAAAGGGCUCACAA (..(((.(((((....((((((((.(((((.....))))).(((..((((((.......)))))).))).....))))))))...(((((((...))))))).))))).)))..).... ( -47.10) >DroSec_CAF1 37111 119 - 1 GUUUCCAUUUCCAGUUUCAGUCGCCGUCUGAUUCUCAGACUCGCCGCAGCGGAAGUAACUCGCUGAGCGCUGUUGUGGCUGAUUAUGCUGCCAGUGGCAGUAGGGAAAAGGGCUCACAA (..(((.(((((....((((((((.(((((.....))))).(((..((((((.......)))))).))).....))))))))...(((((((...))))))).))))).)))..).... ( -47.10) >DroSim_CAF1 37355 119 - 1 GCUUCCAUUUCCAGAUUCAGUCGCCGUCUGAUUCUCAGACUCGCCGCAGCGGAAGUAACUCGCUGAGCGCUGUUGUGGCUGAUUAUGCUGCCAGUGGCAGUAGGGAAAAGGGCUCACAA ((..((.(((((....((((((((.(((((.....))))).(((..((((((.......)))))).))).....))))))))...(((((((...))))))).))))).))))...... ( -46.50) >DroEre_CAF1 37388 119 - 1 GUUUCCAUUUCCAGUUUCAGUCGCCGUCUGAUUCUCAGACUCGCCGCAGCGGAAGUAACUCGCUGAGCGCUGUUGUGGCUGAUUAUGCUGCCAGUGGCAGUAGGGAAAAGGGCUCACAA (..(((.(((((....((((((((.(((((.....))))).(((..((((((.......)))))).))).....))))))))...(((((((...))))))).))))).)))..).... ( -47.10) >DroYak_CAF1 36118 119 - 1 GUUUCCAUUUCCAGUUUCAGUCGCCGUCUGAUUCUCAGACUCGCCGCAGCGGAAGUAACUCGCUGAGCGCUGUUGUGGCUGAUUAUGCUGCCAGUGGCAGUAGGGAAAAGGGCUCACAA (..(((.(((((....((((((((.(((((.....))))).(((..((((((.......)))))).))).....))))))))...(((((((...))))))).))))).)))..).... ( -47.10) >DroMoj_CAF1 124810 97 - 1 ----------GGAAUUUCGGGCGGGGG-------CUGCGCCCGUUGCAGCGGAAGCAACUUGCUGCGCGCUGUUGUGGCUGAUUAUGCUGCCAGUGGCAGGAGCUGC--UGGCAGA--- ----------........(((((....-------...)))))((..((((((..(((......)))...))))))..))........(((((((..((....))..)--)))))).--- ( -47.10) >consensus GUUUCCAUUUCCAGUUUCAGUCGCCGUCUGAUUCUCAGACUCGCCGCAGCGGAAGUAACUCGCUGAGCGCUGUUGUGGCUGAUUAUGCUGCCAGUGGCAGUAGGGAAAAGGGCUCACAA ...(((.(((((....((((((((.(((((.....))))).....((((((..(((.....)))...)))))).))))))))...(((((((...))))))).))))).)))....... (-38.65 = -39.87 + 1.21)
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