Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 884,750 – 884,961 |
Length | 211 |
Max. P | 0.969786 |
Location | 884,750 – 884,866 |
---|---|
Length | 116 |
Sequences | 6 |
Columns | 116 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 69.57 |
Mean single sequence MFE | -40.62 |
Consensus MFE | -15.68 |
Energy contribution | -15.32 |
Covariance contribution | -0.36 |
Combinations/Pair | 1.37 |
Mean z-score | -1.80 |
Structure conservation index | 0.39 |
SVM decision value | 0.23 |
SVM RNA-class probability | 0.645831 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 884750 116 - 22224390 AUAGAAUACGGCAUAUUGUCCUGGUGUAAUAGCUCUUAAAGGAGCGUCCAACUCGACAAGAAAAGUGUUACUGGGAGAGAUGCUCAGCUGACAGUCCACCAAUGGUUUGGUGUGCU .(((.....(((((.((.(((..(((.....(((((....)))))(((......)))...........)))..))).)))))))...)))..((..((((((....))))))..)) ( -35.70) >DroVir_CAF1 1018 101 - 1 AUAGAAGACAGCAUACUGCCCUGGUGUGAUAGCGCGCAGUGGUGCAUCCAGCUGUACUUCGAA-------------GGG--ACGCAGUUGGCAUUCGACCAGGGGUUUUGUGUGCU .........(((((((..(((((((.(((..((((((....))))...(((((((..(((...-------------.))--).)))))))))..)))))))))).....))))))) ( -41.40) >DroEre_CAF1 1021 116 - 1 AUAAAAUACAGCAUAUUGUCCUGGGGUAAUAGCUCUUAAAGGAGCGUCCAACUCGACAUGGAAGCUGUUACUUGGCGAGAUCUUCAGGUGGCAGACCACUAGGGGCUUGGUGUGCU .........((((((((((((((((((....(((((....))))).((((........))))..(((((((((((.(....).)))))))))))))).))))))...))))))))) ( -41.10) >DroYak_CAF1 1024 116 - 1 GUAAAACACAGCAUACUGUCCUGGGGUUAUAGCUCUUAGGGGAGCCUCCAACUCGACAUGGAAGCUGUUUUCUGGAGAGAGCCGCAGGUGGCAGCCCACCAAGGGUUUGGUGUGCU .........((((((((((((((.((((....((((.((((.(((.((((........)))).))).))))..))))..)))).))))..))(((((.....))))).)))))))) ( -43.10) >DroMoj_CAF1 1017 101 - 1 AUAGAAGACAGCGUAUUGACCUGGUGUGAUGGCGCGAAGUGGUGCAUCCAGCUGCACCUCGAA-------------UGG--CCGCAGCUGGCAGUCGACGAGAGGCUUGGUGUGCU .........(((((((..((((..((((((.((((......))))..((((((((.((.....-------------.))--..))))))))..))).)))..))).)..))))))) ( -37.60) >DroAna_CAF1 1012 116 - 1 GUAGAAGACAGCGUACUGGCCCGGCGUGAUGGCUCUCAGGGGAGCAUCUAGCUCCACCUGGAACUGAUUGGCGGGCGACAGCCUCACACAACAGUCCACCAAGGGUUUGGUGUGCU .........(((((((..((((....((.(((.((.(((((((((.....))))).))))))((((.(((..((((....))))....)))))))))).)).))).)..))))))) ( -44.80) >consensus AUAGAAGACAGCAUACUGUCCUGGUGUGAUAGCUCUUAGAGGAGCAUCCAACUCGACAUGGAA__UGUU____GG_GAGA_CCGCAGCUGGCAGUCCACCAAGGGUUUGGUGUGCU .........((((((((..(((.........((((......)))).((((........))))........................................)))...)))))))) (-15.68 = -15.32 + -0.36)
Location | 884,866 – 884,961 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 6 |
Columns | 97 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 76.86 |
Mean single sequence MFE | -34.92 |
Consensus MFE | -21.27 |
Energy contribution | -22.97 |
Covariance contribution | 1.70 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -2.27 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 1.65 |
SVM RNA-class probability | 0.969786 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 884866 95 - 22224390 AGAUUUGCGGCUUG--AGCUUGCUGCGUCUGUGCGUUUUUUUUCUUUAGGGGAUUAGCGCUGAGGAUGCGGGCCGAACCCAAACAAGCUGUGUCGUC .(((..((((((((--........((((((..(((((..((..(....)..))..)))))...))))))(((.....)))...)))))))))))... ( -37.70) >DroSec_CAF1 6920 95 - 1 AGAUUUGCGGCUUG--AGCUUGCUGCGUCUGUGCGUUUUUUUUCUUUAUGGGAUUAGCGCUGAGUAUGCGGGCCGAACCCAAGCAAGCUGUGUCGUC ......(((((...--((((((((((((((..(((((...(..(.....)..)..)))))..)).))))(((.....))).))))))))..))))). ( -36.10) >DroSim_CAF1 7078 95 - 1 AGAUUUGCGGCUUG--AGCUUGCUGCGUCUGUGCGUUUUUUUUCUUUAUGGGAUUAGCGCUGAGGAUGCGGGCCGAACCCAAGCAAGCUGUGUCGUC ......(((((...--((((((((((((((..(((((...(..(.....)..)..)))))...))))))(((.....))).))))))))..))))). ( -40.20) >DroEre_CAF1 1137 92 - 1 AGAUUUGCAGCGUG--AGCUUGCUGCGUCUGUGCGUCU---UUCUUUAGGGGAUUAGCGCUGAGGAUGCGGGCUGAGCCUAAACAAGCAGUGUCGUU .(((..(((((...--.)))((((((((((..((((..---((((....))))...))))...))))))((((...)))).....)))))))))... ( -30.70) >DroYak_CAF1 1140 92 - 1 AGAUUUGCAGCCUG--AGCUUGCUGCGUCUGUGCGUGU---UUCUUUAGUGGAUUGGCGCUGAGGAUGCGGGCUGAACCCAAACAGGCUGUGUCGCU .(((..((((((((--........((((((..((((..---.(((.....)))...))))...))))))(((.....)))...)))))))))))... ( -37.10) >DroMoj_CAF1 1118 88 - 1 ACUAUCGCUCCAUGGCCACUUGCUGCUCCAGG---------CACUGCAACGGUUCGCCAUGCAGAAUGCGGGCAGCUCCCAGGCAAGCCACAUCGUC ......(((.....(((....(((((((((..---------..(((((..((....)).)))))..)).))))))).....))).)))......... ( -27.70) >consensus AGAUUUGCGGCUUG__AGCUUGCUGCGUCUGUGCGUUU___UUCUUUAGGGGAUUAGCGCUGAGGAUGCGGGCCGAACCCAAACAAGCUGUGUCGUC ......((((((((..........((((((..((((......(((.....)))...))))...))))))(((.....)))...))))))))...... (-21.27 = -22.97 + 1.70)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:40:21 2006