Locus 2623

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 7,005,981 – 7,006,159
Length 178
Max. P 0.999655
window4294 window4295 window4296 window4297 window4298

overview

Window 4

Location 7,005,981 – 7,006,095
Length 114
Sequences 4
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.65
Mean single sequence MFE -34.53
Consensus MFE -32.70
Energy contribution -33.20
Covariance contribution 0.50
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.63
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.590248
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7005981 114 + 22224390
UUUGUGUGUGCCCGGAUGUGGUCGUUAGAUUAAUGCGCUUUGGCAACUUGCCAGUACAUAAAAUCUAUGUAUGAGCACCGAAAUACGAGUACGUGUAUGUGUAUGCGCGAGUGU
(((((((((((.((.(((((.((((........(((....((((.....))))(((((((.....)))))))..))).......)))).)))))...)).)))))))))))... ( -34.66)
>DroSec_CAF1 7233 114 + 1
UUUGUGUGUGCCCGGAUGUGGUCGUUAGAUUAAUGCGCUUUGGCAACUUGCCAGUACAUAAAAUCUAUGUAUGAGCACCGAAAUACGAGUACGUGUAUGUGUAUGCGCGAGUGU
(((((((((((.((.(((((.((((........(((....((((.....))))(((((((.....)))))))..))).......)))).)))))...)).)))))))))))... ( -34.66)
>DroEre_CAF1 13029 110 + 1
UUUGUGUGUGCCCGGAUGUGGUCGUUAGAUUAAUGCGCUUUGGCAACUUGCCAGUACAUAAAAUCUAUGUAUGAGCACCGAAAUACGAGUACGUG----UGUAUGCGCGAGUGU
(((((((((((.(((...(((((....)))))....((((((((.....))))(((((((.....))))))))))).)))..(((((....))))----))))))))))))... ( -34.40)
>DroYak_CAF1 21423 110 + 1
UUUGUGUGUGCCCGGAUGUGGUCGUUAGAUUAAUGCGCUUUGGCAACUUGCCAGUACAUAAAAUCUAUGUAUGAGCACCGAAAUACGAGUACGUG----UGUAUGCGCGAGUGU
(((((((((((.(((...(((((....)))))....((((((((.....))))(((((((.....))))))))))).)))..(((((....))))----))))))))))))... ( -34.40)
>consensus
UUUGUGUGUGCCCGGAUGUGGUCGUUAGAUUAAUGCGCUUUGGCAACUUGCCAGUACAUAAAAUCUAUGUAUGAGCACCGAAAUACGAGUACGUG____UGUAUGCGCGAGUGU
(((((((((((.(((...(((((....)))))....((((((((.....))))(((((((.....))))))))))).)))..(((((....)))))....)))))))))))... (-32.70 = -33.20 +   0.50)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 7,006,021 – 7,006,135
Length 114
Sequences 4
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.81
Mean single sequence MFE -36.22
Consensus MFE -33.33
Energy contribution -34.82
Covariance contribution 1.50
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -4.15
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 1.57
SVM RNA-class probability 0.964814
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7006021 114 + 22224390
UGGCAACUUGCCAGUACAUAAAAUCUAUGUAUGAGCACCGAAAUACGAGUACGUGUAUGUGUAUGCGCGAGUGUCCUUACAUACACAUACACGUAUGUAUCCCUAUCGCCAUAC
((((....(((..(((((((.....)))))))..)))..(..((((..(((((((((((((((((...(((....))).)))))))))))))))))))))..)....))))... ( -41.50)
>DroSec_CAF1 7273 110 + 1
UGGCAACUUGCCAGUACAUAAAAUCUAUGUAUGAGCACCGAAAUACGAGUACGUGUAUGUGUAUGCGCGAGUGUCCUUACAUACA----CACGUAUGUAUCCCUAUCGCCAUAC
((((....(((..(((((((.....)))))))..)))..(..((((..((((((((.((((((.((....)).....)))))).)----)))))))))))..)....))))... ( -33.80)
>DroEre_CAF1 13069 106 + 1
UGGCAACUUGCCAGUACAUAAAAUCUAUGUAUGAGCACCGAAAUACGAGUACGUG----UGUAUGCGCGAGUGUCCUUACAUACA----CACGUAUGUAUCCCUAUCGCCAUAC
((((....(((..(((((((.....)))))))..)))..(..((((..(((((((----((((((...(((....))).))))))----)))))))))))..)....))))... ( -34.80)
>DroYak_CAF1 21463 106 + 1
UGGCAACUUGCCAGUACAUAAAAUCUAUGUAUGAGCACCGAAAUACGAGUACGUG----UGUAUGCGCGAGUGUCCUUACAUACA----CACGUAUGUAUCCCUAUCGCCAUAC
((((....(((..(((((((.....)))))))..)))..(..((((..(((((((----((((((...(((....))).))))))----)))))))))))..)....))))... ( -34.80)
>consensus
UGGCAACUUGCCAGUACAUAAAAUCUAUGUAUGAGCACCGAAAUACGAGUACGUG____UGUAUGCGCGAGUGUCCUUACAUACA____CACGUAUGUAUCCCUAUCGCCAUAC
((((....(((..(((((((.....)))))))..)))..(..((((..(((((((((((((((((...(((....))).)))))))))))))))))))))..)....))))... (-33.33 = -34.82 +   1.50)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 7,006,021 – 7,006,135
Length 114
Sequences 4
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.81
Mean single sequence MFE -42.72
Consensus MFE -41.12
Energy contribution -42.62
Covariance contribution 1.50
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -4.86
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 1.40
SVM RNA-class probability 0.949938
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7006021 114 - 22224390
GUAUGGCGAUAGGGAUACAUACGUGUAUGUGUAUGUAAGGACACUCGCGCAUACACAUACACGUACUCGUAUUUCGGUGCUCAUACAUAGAUUUUAUGUACUGGCAAGUUGCCA
...(((((((.(..((((.(((((((((((((((((..((....))..)))))))))))))))))...))))..)..((((..(((((((...)))))))..)))).))))))) ( -49.30)
>DroSec_CAF1 7273 110 - 1
GUAUGGCGAUAGGGAUACAUACGUG----UGUAUGUAAGGACACUCGCGCAUACACAUACACGUACUCGUAUUUCGGUGCUCAUACAUAGAUUUUAUGUACUGGCAAGUUGCCA
...(((((((.(..((((.((((((----(((((((..((....))..))))))....)))))))...))))..)..((((..(((((((...)))))))..)))).))))))) ( -36.40)
>DroEre_CAF1 13069 106 - 1
GUAUGGCGAUAGGGAUACAUACGUG----UGUAUGUAAGGACACUCGCGCAUACA----CACGUACUCGUAUUUCGGUGCUCAUACAUAGAUUUUAUGUACUGGCAAGUUGCCA
...(((((((.(..((((.((((((----(((((((..((....))..)))))))----))))))...))))..)..((((..(((((((...)))))))..)))).))))))) ( -42.60)
>DroYak_CAF1 21463 106 - 1
GUAUGGCGAUAGGGAUACAUACGUG----UGUAUGUAAGGACACUCGCGCAUACA----CACGUACUCGUAUUUCGGUGCUCAUACAUAGAUUUUAUGUACUGGCAAGUUGCCA
...(((((((.(..((((.((((((----(((((((..((....))..)))))))----))))))...))))..)..((((..(((((((...)))))))..)))).))))))) ( -42.60)
>consensus
GUAUGGCGAUAGGGAUACAUACGUG____UGUAUGUAAGGACACUCGCGCAUACA____CACGUACUCGUAUUUCGGUGCUCAUACAUAGAUUUUAUGUACUGGCAAGUUGCCA
...(((((((.(..((((.(((((((((((((((((..((....))..)))))))))))))))))...))))..)..((((..(((((((...)))))))..)))).))))))) (-41.12 = -42.62 +   1.50)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 7

Location 7,006,061 – 7,006,159
Length 98
Sequences 4
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.81
Mean single sequence MFE -28.44
Consensus MFE -23.17
Energy contribution -23.29
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -4.46
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 3.84
SVM RNA-class probability 0.999655
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7006061 98 + 22224390
AAAUACGAGUACGUGUAUGUGUAUGCGCGAGUGUCCUUACAUACACAUACACGUAUGUAUCCCUAUCGCCAUACAUCGCACACA--------------CACAGGCA--CACACA
..((((..(((((((((((((((((...(((....))).))))))))))))))))))))).......(((..............--------------....))).--...... ( -28.97)
>DroSec_CAF1 7313 94 + 1
AAAUACGAGUACGUGUAUGUGUAUGCGCGAGUGUCCUUACAUACA----CACGUAUGUAUCCCUAUCGCCAUACAUCGCACACA--------------CACAGGCA--CACACA
............((((.(((((.((.((((((((...(((((((.----...)))))))...........)))).)))).)).)--------------)))).)))--)..... ( -27.14)
>DroEre_CAF1 13109 82 + 1
AAAUACGAGUACGUG----UGUAUGCGCGAGUGUCCUUACAUACA----CACGUAUGUAUCCCUAUCGCCAUACAUCGCACAUA------------------------UACACA
............(((----((((((.((((((((...(((((((.----...)))))))...........)))).)))).))))------------------------))))). ( -26.44)
>DroYak_CAF1 21503 106 + 1
AAAUACGAGUACGUG----UGUAUGCGCGAGUGUCCUUACAUACA----CACGUAUGUAUCCCUAUCGCCAUACAUCGUGCACAGACACUCACACACACACAUAAACUUACACA
......((((..(((----(((.((.(.(((((((..(((((((.----...)))))))........(((.......).))...))))))).).)).))))))..))))..... ( -31.20)
>consensus
AAAUACGAGUACGUG____UGUAUGCGCGAGUGUCCUUACAUACA____CACGUAUGUAUCCCUAUCGCCAUACAUCGCACACA______________CACAGGCA__CACACA
............((((...((((((.((((.......(((((((........)))))))......))))))))))..))))................................. (-23.17 = -23.29 +   0.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 7,006,061 – 7,006,159
Length 98
Sequences 4
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.81
Mean single sequence MFE -37.45
Consensus MFE -24.89
Energy contribution -26.45
Covariance contribution 1.56
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -4.36
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 3.58
SVM RNA-class probability 0.999416
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7006061 98 - 22224390
UGUGUG--UGCCUGUG--------------UGUGUGCGAUGUAUGGCGAUAGGGAUACAUACGUGUAUGUGUAUGUAAGGACACUCGCGCAUACACAUACACGUACUCGUAUUU
.(((((--(.(((((.--------------(((((((...)))).)))))))).))))))((((((((((((((((..((....))..)))))))))))))))).......... ( -38.70)
>DroSec_CAF1 7313 94 - 1
UGUGUG--UGCCUGUG--------------UGUGUGCGAUGUAUGGCGAUAGGGAUACAUACGUG----UGUAUGUAAGGACACUCGCGCAUACACAUACACGUACUCGUAUUU
.(((((--((..((((--------------(((((((((.(((((............)))))(((----(.(......).)))))))))))))))))..)))))))........ ( -35.60)
>DroEre_CAF1 13109 82 - 1
UGUGUA------------------------UAUGUGCGAUGUAUGGCGAUAGGGAUACAUACGUG----UGUAUGUAAGGACACUCGCGCAUACA----CACGUACUCGUAUUU
......------------------------...(((((((((((..(....)..)))))((((((----(((((((..((....))..)))))))----)))))).)))))).. ( -27.10)
>DroYak_CAF1 21503 106 - 1
UGUGUAAGUUUAUGUGUGUGUGUGAGUGUCUGUGCACGAUGUAUGGCGAUAGGGAUACAUACGUG----UGUAUGUAAGGACACUCGCGCAUACA----CACGUACUCGUAUUU
.(((..(((...(((((((((((((((((((((((((.(((((((............))))))))----)))))....)))))))))))))))))----))...)))..))).. ( -48.40)
>consensus
UGUGUA__UGCCUGUG______________UGUGUGCGAUGUAUGGCGAUAGGGAUACAUACGUG____UGUAUGUAAGGACACUCGCGCAUACA____CACGUACUCGUAUUU
.................................(((((((((((..(....)..)))))(((((((((((((((((..((....))..))))))))))))))))).)))))).. (-24.89 = -26.45 +   1.56)

alignment

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secondary structure

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