Locus 2564

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	6,886,696 – 6,886,809
Length	113
Max. P	0.940287

overview

Window 9

Location	6,886,696 – 6,886,809
Length	113
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	74.04
Mean single sequence MFE	-41.45
Consensus MFE	-27.79
Energy contribution	-29.83
Covariance contribution	2.04
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-1.39
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.89
SVM RNA-class probability	0.875916
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6886696 113 + 22224390
CAACCAAUCGCACC-AUCUCCGCCUGGUUCGGAGUGGUUCGGCGAUUGGUGUAGCCCAUCG-AU--G---UAAUACCCGGCGAGGACUGGCAACAGGUGUGCCAGCUGUCAAACAGUUGG
..((((((((((((-(.(((((.......)))))))))...))))))))).....((.(((-.(--(---.......)).))))).(((....))).....(((((((.....))))))) ( -43.10)
>DroVir_CAF1 31455 103 + 1
UCGGCAACUGGACUGGGCUCCGCUUGGUACGGAGUUGUC--GCAGUUGCCC----UCACAUCACGUGCGUCGACUGCUGGC---UACUGGCAACAGGU--------UGUCAGUCAGUCGA
..(((((((((((...((((((.......)))))).)))--.))))))))(----.(((.....))).)((((((((((((---..(((....)))..--------.))))).))))))) ( -51.70)
>DroSec_CAF1 11020 113 + 1
CAUCCAAUCGCACC-AUCUCCCUCUGGUUCGGAGUGGUUCGGCGAUCGGUGGACCCCAUAG-AU--G---UAAUCCCCGGCGAGGACUGGCAACAGGUGUGCCAGCUGUCAAACAGUUGG
..(((..(((.(((-(.((((.........)))))))).)))((.((((.(((...((...-.)--)---...))))))))).)))(((....))).....(((((((.....))))))) ( -38.10)
>DroSim_CAF1 11730 113 + 1
CAUCCAAUCGCACC-AUCUCCGCCUGGUUCGGAGUGGUUCGGCGAUCGGUGGACCCCAUAG-AC--G---UAAUCCCCGGCGAGGACUGGCAACAGGUGUGCCAGCUGUCAAACAGUUGG
........((((((-.((..((((.((..((((....))))(((.((.((((...)))).)-))--)---)....)).))))..)).((....))))))))(((((((.....))))))) ( -40.40)
>DroEre_CAF1 10762 99 + 1
CAUCCAAUCGCUCC-AUCUCCGCCUGGUUCGGAAUGGUUUGCCGAUUCGUGG--------------------AAUCCCGGCGAGGACUGGCAACAGGUGUGCCAGCUGUCAAACAGUUGG
........(((.((-.((..((((.((..((((.(((....))).))))...--------------------...)).))))..)).((....)))).)))(((((((.....))))))) ( -34.50)
>DroYak_CAF1 12817 108 + 1
CAUCCAAUCGCACCAAUCUCCGCCUGGUUCGGAGUGGUUUGGCGAUUGGACG------UAA-AC--C---UAAUUCCCGGCGAGGACUGGCAACAGGUGUGCCAGCUGUCAAACAGUUGG
..(((((((((((((..(((((.......)))))))))...)))))))))..------...-..--.---......((((((....(((....)))...))))(((((.....))))))) ( -40.90)
>consensus
CAUCCAAUCGCACC_AUCUCCGCCUGGUUCGGAGUGGUUCGGCGAUUGGUGG___CCAUAG_AC__G___UAAUUCCCGGCGAGGACUGGCAACAGGUGUGCCAGCUGUCAAACAGUUGG
..((((((((((((...(((((.......))))).)))...)))))))))............................((((....(((....)))...))))(((((.....))))).. (-27.79 = -29.83 +   2.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	6,886,696 – 6,886,809
Length	113
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	74.04
Mean single sequence MFE	-41.15
Consensus MFE	-26.73
Energy contribution	-27.90
Covariance contribution	1.17
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-1.68
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	1.31
SVM RNA-class probability	0.940287
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6886696 113 - 22224390
CCAACUGUUUGACAGCUGGCACACCUGUUGCCAGUCCUCGCCGGGUAUUA---C--AU-CGAUGGGCUACACCAAUCGCCGAACCACUCCGAACCAGGCGGAGAU-GGUGCGAUUGGUUG
..........((..((((((((....).)))))))..))(((.(......---.--..-...).)))...(((((((((...(((((((((.......))))).)-)))))))))))).. ( -41.20)
>DroVir_CAF1 31455 103 - 1
UCGACUGACUGACA--------ACCUGUUGCCAGUA---GCCAGCAGUCGACGCACGUGAUGUGA----GGGCAACUGC--GACAACUCCGUACCAAGCGGAGCCCAGUCCAGUUGCCGA
(((((((.(((.(.--------..(((....)))..---).))))))))))((((.....)))).----.((((((((.--(((..((((((.....))))))....))))))))))).. ( -42.90)
>DroSec_CAF1 11020 113 - 1
CCAACUGUUUGACAGCUGGCACACCUGUUGCCAGUCCUCGCCGGGGAUUA---C--AU-CUAUGGGGUCCACCGAUCGCCGAACCACUCCGAACCAGAGGGAGAU-GGUGCGAUUGGAUG
....(((..(((..((((((((....).)))))))..))).)))((((..---(--(.-...))..)))).((((((((...((((((((.........)))).)-)))))))))))... ( -42.90)
>DroSim_CAF1 11730 113 - 1
CCAACUGUUUGACAGCUGGCACACCUGUUGCCAGUCCUCGCCGGGGAUUA---C--GU-CUAUGGGGUCCACCGAUCGCCGAACCACUCCGAACCAGGCGGAGAU-GGUGCGAUUGGAUG
....(((..(((..((((((((....).)))))))..))).)))((((..---(--(.-...))..)))).((((((((...(((((((((.......))))).)-)))))))))))... ( -44.80)
>DroEre_CAF1 10762 99 - 1
CCAACUGUUUGACAGCUGGCACACCUGUUGCCAGUCCUCGCCGGGAUU--------------------CCACGAAUCGGCAAACCAUUCCGAACCAGGCGGAGAU-GGAGCGAUUGGAUG
((((.((((.((..((((((((....).)))))))..))(((..((((--------------------(...))))))))...((((((((.......)))).))-)))))).))))... ( -33.10)
>DroYak_CAF1 12817 108 - 1
CCAACUGUUUGACAGCUGGCACACCUGUUGCCAGUCCUCGCCGGGAAUUA---G--GU-UUA------CGUCCAAUCGCCAAACCACUCCGAACCAGGCGGAGAUUGGUGCGAUUGGAUG
..........((..((((((((....).)))))))..))(((........---)--))-...------(((((((((((...(((((((((.......)))))..))))))))))))))) ( -42.00)
>consensus
CCAACUGUUUGACAGCUGGCACACCUGUUGCCAGUCCUCGCCGGGAAUUA___C__GU_CUAUGG___CCACCAAUCGCCGAACCACUCCGAACCAGGCGGAGAU_GGUGCGAUUGGAUG
....(((..(((..(((((((.......)))))))..))).)))...........................((((((((...(((.(((((.......)))))...)))))))))))... (-26.73 = -27.90 +   1.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:37:51 2006