| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 6,816,869 – 6,816,981 |
| Length | 112 |
| Max. P | 0.500000 |
| Location | 6,816,869 – 6,816,981 |
|---|---|
| Length | 112 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 112 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.12 |
| Mean single sequence MFE | -46.92 |
| Consensus MFE | -24.73 |
| Energy contribution | -26.93 |
| Covariance contribution | 2.20 |
| Combinations/Pair | 1.29 |
| Mean z-score | -1.93 |
| Structure conservation index | 0.53 |
| SVM decision value | -0.07 |
| SVM RNA-class probability | 0.500000 |
| Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 6816869 112 + 22224390 GGUGCGUGAUGCUUGGCAGACCCAGAAGAUGCACCAAUCCGGCAAGGUGAGUCCCGAGAUGGCCAGCAAUCUGGCUGGAAGGCAGCUCACCUCGGCUGCCAUAGCCCAUGCU ...(((((..(((((((((.((.......(((.........)))((((((((.((....(((((((....)))))))...))..)))))))).)))))))).))).))))). ( -46.70) >DroPse_CAF1 4805 112 + 1 GACCCGCCAGGCCUGGCAGAGUCAGAGCAUGCAUCGCCAGAGGAAGUUGAGCGAGCAGCAGUCUAACAAUCUGGCUGGCAGGCAACUGACAGCGGCCGCCGUAGCCCAUGCC ((((.((((....)))).).)))...(((((....((((((....((((..(........)..))))..)))))).(((.(((..(.....)..))))))......))))). ( -40.20) >DroSec_CAF1 2848 112 + 1 GGUGCGUCAGGCCUGGCAAACCCAGAAGACGCAUCAGUCCAGCAAGGUGAGUGCCGAGAUGGCCAGCAAUCUGGCUGGAAGGCAACUAACCUCGGCUGCCAUAGCCCAUGCU ((((((((....((((.....))))..)))))))).....((((((((.((((((....(((((((....)))))))...))).))).)))).(((((...)))))..)))) ( -46.30) >DroSim_CAF1 1654 112 + 1 GGUGCGUCAGGCCUGGCAAACCCAGAAGACGCAUCAGUCCAGCAAGGUGAGUGCCGAGAUGGCCAGCAAUCUGGCUGGAAGGCAACUCACCUCGGCUGCCAUAGCCCAUGCU ((((((((....((((.....))))..)))))))).....(((((((((((((((....(((((((....)))))))...))).)))))))).(((((...)))))..)))) ( -52.50) >DroYak_CAF1 1659 112 + 1 GGUGCGUCAGGCAUGGCAGACCCAGAAGAUGCAUCAAUCCAGCAAGGUGAGUGCCGAGAUGGCCAGCAAUCUGGCUGGCAGGCAGCUCACCUCGGCUGCCAUUGCCCAUGCU ...((((..((((((((((.((.......(((.........)))(((((((((((......((((((......)))))).)))).))))))).)))))))).)))).)))). ( -53.20) >DroAna_CAF1 4893 112 + 1 GGUGCGUCAGGCCUGGCAGAGCCAGAACAUCCACAGGCGCUCCAAGGUGACCGAUGCGAUGGCCACCAAUCUGGCUGGGAGGCAAAUGACCGCCGCCGCAGUGGCCCAUGGC ((((.((((.((((..(..(((((((.((((((..((((((....)))).))..)).))))........)))))))..)))))...))))))))(((.....)))....... ( -42.60) >consensus GGUGCGUCAGGCCUGGCAGACCCAGAAGAUGCAUCAGUCCAGCAAGGUGAGUGCCGAGAUGGCCAGCAAUCUGGCUGGAAGGCAACUCACCUCGGCUGCCAUAGCCCAUGCU (((((((.....((((.....))))...)))))))......(((.(((.((((((....(((((((....)))))))...))).))).)))..((((.....))))..))). (-24.73 = -26.93 + 2.20)
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