Locus 2518

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	6,691,758 – 6,691,878
Length	120
Max. P	0.802982

overview

Window 5

Location	6,691,758 – 6,691,878
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.89
Mean single sequence MFE	-50.33
Consensus MFE	-25.64
Energy contribution	-26.73
Covariance contribution	1.09
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-2.02
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	0.20
SVM RNA-class probability	0.628874
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6691758 120 + 22224390
UGGAACCGCGAGGAGCAGCAGCUCCUCCAGAAACUGGACGACUCACAGGUGCAACUGCGCUCGCUGCAGCAAUUGGAAUCCGUACAGGGCGAGAAGCAGGAGCUGCUGCGCACCCGUUGC
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>DroPse_CAF1 2063 120 + 1
UGGAACAAGGAGGAGCAGCUGCUGCUGCAGAGGGCCGAAGAUGCCCAGCUGCAGCUGCGCUCGGUGCAGCAGCUCGAGUCCGUGCAGAACGAGAAGCAGGAGCUGCUGCGCACGCGGUGC
.........(((..((((((((.(((.....((((.......))))))).)))))))).))).(((((((((((((..(((((.....))).))..)..))))))))))))......... ( -58.20)
>DroGri_CAF1 2074 120 + 1
UGGGUCAAGGAAGAGCAACAGCUGCUCCAGAAACUGGAGGAUUCACAGGCCCAACUGCGUUCGCUGCAGCAGCUCGAAUCCGUGCAACAUGAGAAACAGGAGCUGCUGCGCACACGUUGU
((((((...(((.(((....))).((((((...))))))..)))...))))))((.((((..((.((((((((((...((((((...)))).)).....))))))))))))..)))).)) ( -49.00)
>DroMoj_CAF1 2025 120 + 1
UGGAGCAAGGACGAGCAGCUGUUGCUCGAGAAGCUGGAGGAUGCGCAGGCUCAGUUGCGUUCGCUGCAGCAGCAAGAAACGGUGCACCAAGAGAAGCAGGAUCUGCUGCGCACCCGCUGC
.(.(((.....(((((((...)))))))....((((.((((.((((((......)))))))).)).))))..........(((((..(....)..((((......))))))))).))).) ( -41.40)
>DroAna_CAF1 2258 120 + 1
UGGAAUCGGGAGGAGCAGCAACUGCUCCAGAAACUGGACGAUACCCAGGUGCAGUUGCAUUCCCUGCAGCAGCUGGAGUCCGUUCAGGGCGAGAAACAGGAGCUGCUGCGCACCCGAUGC
....((((((..(.((((((...(((((.....(((((((..((((((.(((...((((.....))))))).)))).)).)))))))(........).))))))))))).).)))))).. ( -53.10)
>DroPer_CAF1 2086 120 + 1
UGGAACAAGGAGGAGCAGCUGCUGAUUCAGAGGGCCGAAGAUGCCCAGCUGCAGCUGCGCUCGAUGCAGCAGCUCGAGUCCGUGCAGAACGAGAAGCAGGAGCUGCUGCGCACGCGCUGC
..............((((((.(((...))).((((.......)))))))))).((.((((..(.((((((((((((..(((((.....))).))..)..))))))))))))..)))).)) ( -51.40)
>consensus
UGGAACAAGGAGGAGCAGCAGCUGCUCCAGAAACUGGAAGAUGCCCAGGUGCAGCUGCGCUCGCUGCAGCAGCUCGAAUCCGUGCAGAACGAGAAGCAGGAGCUGCUGCGCACCCGCUGC
...........(((((((...)))))))...(((.((..((.((.(((......))).))))...(((((((((.(..(((((.....))).))..)...)))))))))...)).))).. (-25.64 = -26.73 +   1.09)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	6,691,758 – 6,691,878
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.89
Mean single sequence MFE	-49.22
Consensus MFE	-25.05
Energy contribution	-26.38
Covariance contribution	1.34
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-2.26
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	0.62
SVM RNA-class probability	0.802982
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6691758 120 - 22224390
GCAACGGGUGCGCAGCAGCUCCUGCUUCUCGCCCUGUACGGAUUCCAAUUGCUGCAGCGAGCGCAGUUGCACCUGUGAGUCGUCCAGUUUCUGGAGGAGCUGCUGCUCCUCGCGGUUCCA
((..((((.(.((((((((((((((..(((((((.....))....(((((((.((.....))))))))).....)))))..))((((...)))))))))))))))).)))))..)).... ( -51.90)
>DroPse_CAF1 2063 120 - 1
GCACCGCGUGCGCAGCAGCUCCUGCUUCUCGUUCUGCACGGACUCGAGCUGCUGCACCGAGCGCAGCUGCAGCUGGGCAUCUUCGGCCCUCUGCAGCAGCAGCUGCUCCUCCUUGUUCCA
((((...))))((((((((((..(..((.(((.....))))))..))))))))))...(((.((((((((.(((((((.......)))).....))).))))))))..)))......... ( -53.60)
>DroGri_CAF1 2074 120 - 1
ACAACGUGUGCGCAGCAGCUCCUGUUUCUCAUGUUGCACGGAUUCGAGCUGCUGCAGCGAACGCAGUUGGGCCUGUGAAUCCUCCAGUUUCUGGAGCAGCUGUUGCUCUUCCUUGACCCA
....(((.(((((((((((((((((..(....)..))).))).....)))))))).))).)))....(((((..(.(((..((((((...)))))).(((....))).))))..).)))) ( -40.70)
>DroMoj_CAF1 2025 120 - 1
GCAGCGGGUGCGCAGCAGAUCCUGCUUCUCUUGGUGCACCGUUUCUUGCUGCUGCAGCGAACGCAACUGAGCCUGCGCAUCCUCCAGCUUCUCGAGCAACAGCUGCUCGUCCUUGCUCCA
((((((((((((((((((...))))....((..((....(((((.((((....)))).)))))..))..))..)))))))))....((((...))))....))))).............. ( -45.50)
>DroAna_CAF1 2258 120 - 1
GCAUCGGGUGCGCAGCAGCUCCUGUUUCUCGCCCUGAACGGACUCCAGCUGCUGCAGGGAAUGCAACUGCACCUGGGUAUCGUCCAGUUUCUGGAGCAGUUGCUGCUCCUCCCGAUUCCA
..((((((...(((((((((.((((((........)))))).....))))))))).((((..((((((((((....))....(((((...)))))))))))))...)))))))))).... ( -52.40)
>DroPer_CAF1 2086 120 - 1
GCAGCGCGUGCGCAGCAGCUCCUGCUUCUCGUUCUGCACGGACUCGAGCUGCUGCAUCGAGCGCAGCUGCAGCUGGGCAUCUUCGGCCCUCUGAAUCAGCAGCUGCUCCUCCUUGUUCCA
(((((((((..((((((((((..(..((.(((.....))))))..)))))))))).....)))).(((((((..((((.......)))).)))...)))).))))).............. ( -51.20)
>consensus
GCAACGGGUGCGCAGCAGCUCCUGCUUCUCGUCCUGCACGGACUCGAGCUGCUGCAGCGAACGCAGCUGCACCUGGGCAUCCUCCAGCUUCUGGAGCAGCAGCUGCUCCUCCUUGUUCCA
...(((.((((((((((((((((((..........))).))).....)))))))).((....))....)))).)))................(((((((...)))))))........... (-25.05 = -26.38 +   1.34)

alignment

secondary structure

dotplot

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