Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,664,858 – 6,664,960 |
Length | 102 |
Max. P | 0.521778 |
Location | 6,664,858 – 6,664,960 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 102 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 86.47 |
Mean single sequence MFE | -49.62 |
Consensus MFE | -39.17 |
Energy contribution | -39.81 |
Covariance contribution | 0.64 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -1.88 |
Structure conservation index | 0.79 |
SVM decision value | -0.02 |
SVM RNA-class probability | 0.521778 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 6664858 102 + 22224390 AGCCGAGCACCUCGGCGGCAUUGGUUGCACCCGUGGUGUCCAGCUUGAGGCCACCAGCGGUGGUCGCAGGUACGGUGGAACCACUGGCUACAAAGUUGCCCG .((((((...))))))((((....(((..((.(((((.(((((((((.(((((((...))))))).)))))....))))))))).))...)))...)))).. ( -47.70) >DroSec_CAF1 13645 102 + 1 AGCCGAGCACCUCGGCGGCAUUGGCUGCGCCCGUGGUGUCCAGCUUGAGGCCACCAGCGGUGGUCGCAGGUACGGAGGAACCACCGGCUACAAAGUUGCCCG .((((((...))))))((((...(((..(((.(((((.(((.(((((.(((((((...))))))).)))))..)))...))))).))).....))))))).. ( -49.20) >DroSim_CAF1 19196 102 + 1 AGCCGAGCACCUCGGCGGCAUUGGCUGCGCCCGUGGUGUCCAGCUUGAGGCCACCAGCGGUGGUCGCAGGUACGGAGGAACCACUGGCUACAAAGUUGCCCG .((((((...))))))((((...(((..(((.(((((.(((.(((((.(((((((...))))))).)))))..)))...))))).))).....))))))).. ( -49.20) >DroEre_CAF1 13527 102 + 1 AGCCGAGCACCUCGGCGGCGGUGGCUGCGCCCGUGGUGUCCAGCUUGAGGCCGCCAGCGGUGGCCGCAGGUACAGAGGAACCACUGGCUACAAAGUUGCCCG .((((((...)))))).(.((..(((..(((.(((((.(((.(((((.(((((((...))))))).))))).....)))))))).))).....)))..))). ( -52.60) >DroYak_CAF1 15972 102 + 1 AGCCGAGCACCUCGGCGGCGGUGGCUGCGCCCGUGGUGUCCAGCUUGAGGCCGCCAGCGGUGGCCGCAGGUACGGAGGAACCACUGGCUACAAAGUUGCCCG .((((((...)))))).(.((..(((..(((.(((((.(((.(((((.(((((((...))))))).)))))..)))...))))).))).....)))..))). ( -54.20) >DroPer_CAF1 16818 99 + 1 AGCCGAGUACCUCGGCUGCGGUGGCAGCGCUGCUGGUGUCCAUCUUUAGGGU---GGCCGUGGCAGAAGGUACAGUGGUGCCGCCCAAGCUGAAGUUGCUCG ...(((((((.(((((((.(((((((.(((((((..((((((((.....)))---)).....)))..))...))))).)))))))).)))))).).)))))) ( -44.80) >consensus AGCCGAGCACCUCGGCGGCAGUGGCUGCGCCCGUGGUGUCCAGCUUGAGGCCACCAGCGGUGGCCGCAGGUACGGAGGAACCACUGGCUACAAAGUUGCCCG .((((((...))))))((((........(((.(((((.(((.(((((.((((((.....)))))).))))).....)))))))).)))........)))).. (-39.17 = -39.81 + 0.64)
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