Locus 2490

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 6,617,033 – 6,617,153
Length 120
Max. P 0.739560
window4073 window4074

overview

Window 3

Location 6,617,033 – 6,617,153
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.39
Mean single sequence MFE -46.90
Consensus MFE -29.53
Energy contribution -30.62
Covariance contribution 1.09
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.59
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.45
SVM RNA-class probability 0.739560
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6617033 120 + 22224390
GGUGCCAUUGCGACACUUGCAGAUGGAGCGCUGCUUGCGCCCGAUCUCGCAGUGAUCGCCUCGUAGUCCGUUGGGGCAGCGGCACAGGUUGUUCCCGAUGCACCGUCCCUCGUUCUUGCA
(((((....((((((((.((((((((.((((.....)))))).)))).)))))).))))..........(((((((((((.......)))).))))))))))))................ ( -47.30)
>DroVir_CAF1 76 120 + 1
GCGGCCAUUGCCGCACUUGCAGGUGGAGCGCUGUUUGCGUCCAAUUUCGCAAUGAUUGCCGUGCAGCCCGUUCGGGCAGCGGCACAUAUUGUUGCCAAUGCAGCGGCCGCCAUUCUUGCA
((((((..((((((...((((.(((((.(((.....))))))).....(((.....)))).))))((((....)))).))))))......(((((....))))))))))).......... ( -55.50)
>DroGri_CAF1 61 120 + 1
GUGGCCAUUGCUGCACUUGCAGGUGGAUCGCUGCUUCCGUCCAAUCUCGCAAUGAUCGCCGCGCAGUCCGUUUGGACAGCGGCACAAAUUGUUACCAAUGCAGCGGCCACCGUUUUUACA
((((((...((((((.(((..((((((........)))).))......(((((....(((((...((((....)))).)))))....)))))...))))))))))))))).......... ( -46.80)
>DroWil_CAF1 70 120 + 1
GGUGCCGUUGCGACAUUUGCAGGUGGAACGCUGCCGGCGACCAAUUUCGCAAUGAUCUCCGCGUAGGCCAUUGGGACAGCGGCACAUAUUGUUGCCAAUGCAGCGUCCCUCAUUCUUGCA
.(((((((((......((((.((..(....)..)).))))......((.(((((..((......))..))))).))))))))))).....(((((....)))))................ ( -40.20)
>DroAna_CAF1 6138 120 + 1
GGUUCCAUUCCGGCACUUGCAAAUGGAACGCUGCCGGCGUCCGAUCUCGCAGUGAUUGCCAUUAAAGCCACUCGGACAGCGGCACAUAUUGUUGCCAAUACACCUUCCGGAGUUCAUGCA
.((((((((...((....)).))))))))(((.((((.((((((....((..((((....))))..))...)))))).((((((.....))))))...........)))))))....... ( -37.20)
>DroPer_CAF1 26173 120 + 1
GGUGCCGUUGCGGCACUUGCAGAUGGAGCGUUGCUUGCGUCCUAUCUCGCAGUGCAUGCCGCUCAGUCCGGUCGUGCAGCGGCACAUGUUGUUGCCGAUGCAUCGGCCUCCGUUCUGGCA
..(((((..((((((((.((((((((..(((.....)))..)))))).)))))))..............(((((((((.(((((........))))).)))).)))))..)))..))))) ( -54.40)
>consensus
GGUGCCAUUGCGGCACUUGCAGAUGGAGCGCUGCUUGCGUCCAAUCUCGCAAUGAUCGCCGCGCAGUCCGUUCGGACAGCGGCACAUAUUGUUGCCAAUGCAGCGGCCCCCGUUCUUGCA
(((((.(((((((((.((((((((((.((((.....)))))).)))).)))).....(((((...((((....)))).)))))......))))).)))))))))................ (-29.53 = -30.62 +   1.09)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 6,617,033 – 6,617,153
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.39
Mean single sequence MFE -48.38
Consensus MFE -20.13
Energy contribution -20.30
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -2.25
Structure conservation index 0.42
SVM decision value -0.02
SVM RNA-class probability 0.522687
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6617033 120 - 22224390
UGCAAGAACGAGGGACGGUGCAUCGGGAACAACCUGUGCCGCUGCCCCAACGGACUACGAGGCGAUCACUGCGAGAUCGGGCGCAAGCAGCGCUCCAUCUGCAAGUGUCGCAAUGGCACC
(((.((..((.(((.(((((((.((((.....)))))).))))).)))..))..)).((..((((.((((((.((((.((((((.....)))))).)))))).))))))))..))))).. ( -50.00)
>DroVir_CAF1 76 120 - 1
UGCAAGAAUGGCGGCCGCUGCAUUGGCAACAAUAUGUGCCGCUGCCCGAACGGGCUGCACGGCAAUCAUUGCGAAAUUGGACGCAAACAGCGCUCCACCUGCAAGUGCGGCAAUGGCCGC
..........((((((((((((((.(((.((((...((((((.((((....)))).))..))))...))))......(((((((.....))).))))..))).))))))))...)))))) ( -53.40)
>DroGri_CAF1 61 120 - 1
UGUAAAAACGGUGGCCGCUGCAUUGGUAACAAUUUGUGCCGCUGUCCAAACGGACUGCGCGGCGAUCAUUGCGAGAUUGGACGGAAGCAGCGAUCCACCUGCAAGUGCAGCAAUGGCCAC
..........((((((((((((((.(((.((((...((((((.((((....))))...))))))...)))).(.(((((..(....)...))))))...))).))))))))...)))))) ( -47.80)
>DroWil_CAF1 70 120 - 1
UGCAAGAAUGAGGGACGCUGCAUUGGCAACAAUAUGUGCCGCUGUCCCAAUGGCCUACGCGGAGAUCAUUGCGAAAUUGGUCGCCGGCAGCGUUCCACCUGCAAAUGUCGCAACGGCACC
(((........((((((((((((((....))))..((((((...((.(((((..((......))..))))).))...))).)))..))))))))))...(((.......)))...))).. ( -42.40)
>DroAna_CAF1 6138 120 - 1
UGCAUGAACUCCGGAAGGUGUAUUGGCAACAAUAUGUGCCGCUGUCCGAGUGGCUUUAAUGGCAAUCACUGCGAGAUCGGACGCCGGCAGCGUUCCAUUUGCAAGUGCCGGAAUGGAACC
.((.......((....)).((((((....)))))).(((((.(((((((....(((.....(((.....)))))).))))))).)))))))(((((((((((....))..))))))))). ( -45.90)
>DroPer_CAF1 26173 120 - 1
UGCCAGAACGGAGGCCGAUGCAUCGGCAACAACAUGUGCCGCUGCACGACCGGACUGAGCGGCAUGCACUGCGAGAUAGGACGCAAGCAACGCUCCAUCUGCAAGUGCCGCAACGGCACC
((((....(((.((.((.((((.(((((........))))).)))))).))...))).(((((((....(((.((((.(((.((.......)))))))))))).)))))))...)))).. ( -50.80)
>consensus
UGCAAGAACGGCGGACGCUGCAUUGGCAACAAUAUGUGCCGCUGCCCGAACGGACUGCGCGGCAAUCACUGCGAGAUUGGACGCAAGCAGCGCUCCACCUGCAAGUGCCGCAAUGGCACC
.((........(((.....(((.(((((........))))).))))))..........((((((.....((((.....((((((.....))).)))...))))..))))))....))... (-20.13 = -20.30 +   0.17)

alignment

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secondary structure

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