Locus 2485

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	6,600,740 – 6,600,856
Length	116
Max. P	0.997653

overview

Window 6

Location	6,600,740 – 6,600,856
Length	116
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.14
Mean single sequence MFE	-38.82
Consensus MFE	-29.56
Energy contribution	-31.08
Covariance contribution	1.52
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-4.54
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	2.90
SVM RNA-class probability	0.997653
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6600740 116 + 22224390
UUAGGUUGUUAAGAUACCUGCUUCAAAUUCGGCUAACUGAUAAUUCGAUAUCUGCUUUACAUCAGAUAUCAGUUCUUA--ACAAAUAUGCCCGAAUCCGGAGCAGGUGUCCUUGCAC--C
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>DroSec_CAF1 16092 117 + 1
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>DroSim_CAF1 13469 118 + 1
UUAGGGUGUUAAGAUACCUGCUUAAAAUACGGCUAACUGAUAAUUCGAUAUCUGCUUUACAUCAGAUAUCAGUUCUUAUCACAAAUAAGCCCGAAUCCGGAGCAGGUGUCCUUGCAC--C
....(((((...(((((((((((.......((((...((((((..(((((((((........)))))))).)...))))))......))))((....)))))))))))))...))))--) ( -41.40)
>DroEre_CAF1 16322 120 + 1
CUAGGGCGUUAGGAUACAUGCUUAAAAUUCGGCCAACUGAUAUUUCGAUAUCUGCCUUGAAUCAGAUAUCGGUUCAUAUCACACAUAAGUCCGAAUCCGGAGCAGGUGUCCUUGCACCCC
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>DroYak_CAF1 15783 118 + 1
UUUGGGUGUUCAGUUACUUGCUUAAAAUUCGGCUAACUGAUAAUUCGAUAUCUGCUUUAAGUCAAAUAUCAGUUAUUAUCACAAAUAAGCACGAAUCCGGAGCAGGUGUCCUUACAC--C
....(((((.....(((((((((...((((((((...(((((((..(((((.(((.....).)).)))))....)))))))......))).)))))...))))))))).....))))--) ( -34.20)
>consensus
UUAGGGUGUUAAGAUACCUGCUUAAAAUUCGGCUAACUGAUAAUUCGAUAUCUGCUUUACAUCAGAUAUCAGUUCUUAUCACAAAUAAGCCCGAAUCCGGAGCAGGUGUCCUUGCAC__C
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	6,600,740 – 6,600,856
Length	116
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.14
Mean single sequence MFE	-40.16
Consensus MFE	-28.86
Energy contribution	-29.78
Covariance contribution	0.92
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-4.22
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	2.22
SVM RNA-class probability	0.990557
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6600740 116 - 22224390
G--GUGCAAGGACACCUGCUCCGGAUUCGGGCAUAUUUGU--UAAGAACUGAUAUCUGAUGUAAAGCAGAUAUCGAAUUAUCAGUUAGCCGAAUUUGAAGCAGGUAUCUUAACAACCUAA
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>DroSec_CAF1 16092 117 - 1
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(--((...((((...(((((..((((...((((.((...((((((....(((((((((........)))))))))..)))))))).))))..))))..))))-)..))))...))).... ( -31.30)
>DroSim_CAF1 13469 118 - 1
G--GUGCAAGGACACCUGCUCCGGAUUCGGGCUUAUUUGUGAUAAGAACUGAUAUCUGAUGUAAAGCAGAUAUCGAAUUAUCAGUUAGCCGUAUUUUAAGCAGGUAUCUUAACACCCUAA
(--(((..((((.(((((((..((((...((((.((...((((((....(((((((((........)))))))))..)))))))).))))..))))..))))))).))))..)))).... ( -41.70)
>DroEre_CAF1 16322 120 - 1
GGGGUGCAAGGACACCUGCUCCGGAUUCGGACUUAUGUGUGAUAUGAACCGAUAUCUGAUUCAAGGCAGAUAUCGAAAUAUCAGUUGGCCGAAUUUUAAGCAUGUAUCCUAACGCCCUAG
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>DroYak_CAF1 15783 118 - 1
G--GUGUAAGGACACCUGCUCCGGAUUCGUGCUUAUUUGUGAUAAUAACUGAUAUUUGACUUAAAGCAGAUAUCGAAUUAUCAGUUAGCCGAAUUUUAAGCAAGUAACUGAACACCCAAA
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>consensus
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alignment

secondary structure

dotplot

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