Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,600,065 – 6,600,185 |
Length | 120 |
Max. P | 0.930121 |
Location | 6,600,065 – 6,600,185 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 94.03 |
Mean single sequence MFE | -42.33 |
Consensus MFE | -39.00 |
Energy contribution | -38.75 |
Covariance contribution | -0.25 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.95 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 1.20 |
SVM RNA-class probability | 0.930121 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 6600065 120 + 22224390 UAAUUGCCACACUACCAGCCUUCGGAUCGGUCUACUUUGACCCGCUGUGGGCCAUGAUCACGCUGGGCCUGAGUUAUUUCUUCGCCGAGAUGUGGUUCGGUAUUGUCUUUGCCAUUGUUG ((((.((.(((.((((.((((.(((...((((......))))..))).))))...(((((((((.(((..(((....)))...))).)).))))))).)))).)))....)).))))... ( -38.80) >DroSec_CAF1 15416 120 + 1 UAAUUGCCACACUACCAGCCUUCGGAUCGGUCUACUUUGAUCCGCUGUGGGCUAUGAUCACGCUGGGCCUGAGUUAUUUCUUCGCCGAGAUGUGGUUCGGUAUUGUCUUUGCCAUUGUUG ((((.((.(((.(((((((((.((((((((......))))))))....)))))..(((((((((.(((..(((....)))...))).)).))))))).)))).)))....)).))))... ( -40.60) >DroEre_CAF1 15650 120 + 1 UGAUUGCCACACUGCCAGCCUUCGGAUCGGUCUACUUUGAUCCGCUGUGGGCCAUGAUCACGCUGGGCCUGAGCUACUUCUUCGCCGAGAUGUGGUUCGGCAUUGUGUUCGCUAUUGUUG .(((.((((((.((((.((((.(((((((((((((...........)))))))..)))).))..))))..(((((((.((((....)))).))))))))))).))))...)).))).... ( -45.20) >DroYak_CAF1 15107 120 + 1 UAAUUGCCACACUGCCGGCCUUUGGAUCGGUCUACUUUGAUCCGCUGUGGGCCAUGAUCACGCUGGGCCUGAGCUACUUCUUCGCCGAGAUGUGGUUCGGCAUUGUAUUCGCCAUUGUUG ((((.((.(((.(((((((((.(((((((((((((...........)))))))..)))).))..))))).(((((((.((((....)))).))))))))))).)))....)).))))... ( -44.70) >consensus UAAUUGCCACACUACCAGCCUUCGGAUCGGUCUACUUUGAUCCGCUGUGGGCCAUGAUCACGCUGGGCCUGAGCUACUUCUUCGCCGAGAUGUGGUUCGGCAUUGUCUUCGCCAUUGUUG ((((.((.(((.(((((((((.((((((((......))))))))....)))))..(((((((((.(((..(((....)))...))).)).))))))).)))).)))....)).))))... (-39.00 = -38.75 + -0.25)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:35:58 2006