Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,584,187 – 6,584,288 |
Length | 101 |
Max. P | 0.938095 |
Location | 6,584,187 – 6,584,288 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 71.67 |
Mean single sequence MFE | -28.36 |
Consensus MFE | -13.75 |
Energy contribution | -14.50 |
Covariance contribution | 0.75 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -1.63 |
Structure conservation index | 0.48 |
SVM decision value | -0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 6584187 101 + 22224390 UGACGUCUCUAAUAUAUAUAUAGAUGAAUAUAGCCAG-----AUAGCU--AUAUAUACACGUAUAUAUCCACCAGAUCGGUGCGUGAUGUCGGACCAAAU------------CGCCCAGA .((((((.(....((((((((...((.(((((((...-----...)))--)))).))...)))))))).((((.....)))).).))))))((.(.....------------.).))... ( -23.50) >DroSec_CAF1 28473 118 + 1 AGAGGUCUCUAAUAUAUAAAUAUUUGAAUAUGGCUAUCUGGCAUAAAU--AUAUAUACACGUAUAUAUCCACCAGAUCGGUGCGUGAUGUCGGACCAAAUGGGCUAAAUGCUCGCCCAGU ...(((((......((((.(((((....((((.(.....).)))))))--)).))))(((((((..(((.....)))..))))))).....)))))...(((((.........))))).. ( -29.70) >DroSim_CAF1 40578 105 + 1 UGACGUCUCUAAUAUAUAUAUAGUUGAAUAUGGCUA---------------UAUAUACACGUAUAUAUCCACCAGAUCGGUGCGUGAUGUCGGACCAAAUGGGCUAAAUGCUCGCCCAGU .((((((.......(((((((((((......)))))---------------)))))).((((((..(((.....)))..))))))))))))........(((((.........))))).. ( -31.50) >DroEre_CAF1 27886 110 + 1 UGACGUCUUGUUCGGCU----------AUAUGGCUAUCUGGCAUAAAUAUGUAUAUAUACGUAUAUAUCCACCAGAUCGGUGCGUGAUGGUGGACAAAAUGAGCUAAAUGCUCGCCCAGC .......(((((((.((----------((((((((((((((.(((.(((((((....))))))).)))...)))))).))).))).)))))))))))...((((.....))))....... ( -30.20) >DroYak_CAF1 39234 110 + 1 UGACGUCUCUUUCGACC----------AAAUGGCUAUCUGGCCUAAAUAUAUAUAUAUACUUCUAUAUCCACCAGAUCGGUGCGUGAUGUCGGGCCAAGUGAGCCAAAAGAUCGUGCAGU (((((..(((((.....----------...((((((..((((((..((((....))))......(((((((((.....))))...))))).))))))..).)))))))))).))).)).. ( -26.90) >consensus UGACGUCUCUAAUAUAUA_AUA__UGAAUAUGGCUAUCUGGCAUAAAU__AUAUAUACACGUAUAUAUCCACCAGAUCGGUGCGUGAUGUCGGACCAAAUGAGCUAAAUGCUCGCCCAGU .((((((.(.........................................(((((((....))))))).((((.....)))).).))))))........(((((.....)))))...... (-13.75 = -14.50 + 0.75)
Location | 6,584,187 – 6,584,288 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 71.67 |
Mean single sequence MFE | -29.50 |
Consensus MFE | -9.81 |
Energy contribution | -10.89 |
Covariance contribution | 1.08 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -2.07 |
Structure conservation index | 0.33 |
SVM decision value | 1.29 |
SVM RNA-class probability | 0.938095 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 6584187 101 - 22224390 UCUGGGCG------------AUUUGGUCCGACAUCACGCACCGAUCUGGUGGAUAUAUACGUGUAUAUAU--AGCUAU-----CUGGCUAUAUUCAUCUAUAUAUAUAUUAGAGACGUCA ....((((------------..(((((.((......)).)))))(((((((.(((((((.(((...((((--((((..-----..)))))))).))).))))))).)))))))..)))). ( -32.20) >DroSec_CAF1 28473 118 - 1 ACUGGGCGAGCAUUUAGCCCAUUUGGUCCGACAUCACGCACCGAUCUGGUGGAUAUAUACGUGUAUAUAU--AUUUAUGCCAGAUAGCCAUAUUCAAAUAUUUAUAUAUUAGAGACCUCU ..(((((.........)))))...((((.........((....((((((((((((((((......)))))--))))..))))))).)).....((.(((((....))))).))))))... ( -30.00) >DroSim_CAF1 40578 105 - 1 ACUGGGCGAGCAUUUAGCCCAUUUGGUCCGACAUCACGCACCGAUCUGGUGGAUAUAUACGUGUAUAUA---------------UAGCCAUAUUCAACUAUAUAUAUAUUAGAGACGUCA ..(((((.........)))))........(((.((...((((.....)))).........(((((((((---------------(((..........))))))))))))....)).))). ( -26.80) >DroEre_CAF1 27886 110 - 1 GCUGGGCGAGCAUUUAGCUCAUUUUGUCCACCAUCACGCACCGAUCUGGUGGAUAUAUACGUAUAUAUACAUAUUUAUGCCAGAUAGCCAUAU----------AGCCGAACAAGACGUCA (((((((((((.....))))....(((((((((((.......))..))))))))).....(((((..........)))))......)))...)----------))).............. ( -26.90) >DroYak_CAF1 39234 110 - 1 ACUGCACGAUCUUUUGGCUCACUUGGCCCGACAUCACGCACCGAUCUGGUGGAUAUAGAAGUAUAUAUAUAUAUUUAGGCCAGAUAGCCAUUU----------GGUCGAAAGAGACGUCA ...(.(((.(((((((((.((..((((.((......)).....((((((((((((((............)))))))..))))))).))))..)----------))))))))))..)))). ( -31.60) >consensus ACUGGGCGAGCAUUUAGCCCAUUUGGUCCGACAUCACGCACCGAUCUGGUGGAUAUAUACGUGUAUAUAU__AUUUAUGCCAGAUAGCCAUAUUCA__UAU_UAUAUAUUAGAGACGUCA ...((((..................))))(((.((...((((.....)))).((((((....)))))).............................................)).))). ( -9.81 = -10.89 + 1.08)
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