Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,575,590 – 6,575,814 |
Length | 224 |
Max. P | 0.966590 |
Location | 6,575,590 – 6,575,694 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.96 |
Mean single sequence MFE | -36.16 |
Consensus MFE | -22.62 |
Energy contribution | -22.30 |
Covariance contribution | -0.32 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -1.77 |
Structure conservation index | 0.63 |
SVM decision value | 0.25 |
SVM RNA-class probability | 0.651442 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 6575590 104 + 22224390 CCUACUACUGCUGUCCUUGUCGACGAUGUCGACUAAU------UGCUGUGUGU-----G-----UGUGUGUGGUUUCGAAAAGAGAUCCGAUGCACGGCGGUUAGUAGACGAAUUGAAGA .......((((((.((..((((((...))))))....------.(((((((((-----.-----....((.((((((.....))))))))))))))))))).))))))............ ( -32.70) >DroSec_CAF1 20352 97 + 1 CCUACUACUGCUGUCCUUGUCGACGAUGUCGACUAGU------UGCUAUGUG--------------UGUGUGGUUUCGAAAAGAGAUCCGAUGCACGGCGGCU---AGACGAGUUGAAGA ....((.(.((((((...((((((...))))))((((------(((..((((--------------(.((.((((((.....)))))))))))))..))))))---)))).))).).)). ( -32.90) >DroSim_CAF1 32152 105 + 1 CCUACUACUGCUGUCCUUGUCGACGAUGUCGACUAAU------UGCUGUGUGU-----G-UGCGUGUGUGUGGUUUCGAAAAGAGAUCCGAUGCACGGCGGUU---AGACGAGUUGAAGA ....((.(.((((((...((((((...))))))((((------((((((((((-----(-..(....)..)((((((.....))))))..)))))))))))))---)))).))).).)). ( -33.20) >DroEre_CAF1 20035 105 + 1 CCUACUACUGCUGUCCUUGUCGACGAUGUCGACGAUU-----------UCAAACGGGUGUUUGCUGUGUGUUGUUUC-AGAAGAGAUCCGAUGCACGGCGGUU---GGACGAGUAGAAGA ....((.(((((((((((((((((...))))))))..-----------............(((((((((((((..((-......))..)))))))))))))..---)))).))))).)). ( -40.30) >DroYak_CAF1 30217 116 + 1 CCUACUACUGCUGUCCUUGUCGACGAUGUCGACGAGUGUUGUUUGCUGUGUGUUGGGUGUUGCGUGUGUGUUGUUUC-AAUAGGGAUGCGAUGCACGGCGGUU---AGGCGAGUAGAUGA ....((((((((..((((((((((...)))))))).........(((((((.......(((((((.(.(((((...)-)))).).))))))))))))))))..---.))).))))).... ( -41.71) >consensus CCUACUACUGCUGUCCUUGUCGACGAUGUCGACUAAU______UGCUGUGUGU_____G_U___UGUGUGUGGUUUCGAAAAGAGAUCCGAUGCACGGCGGUU___AGACGAGUUGAAGA ....((...((((((...((((((...))))))................................((((((((((((.....))))))..))))))))))))....))............ (-22.62 = -22.30 + -0.32)
Location | 6,575,694 – 6,575,814 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.39 |
Mean single sequence MFE | -41.24 |
Consensus MFE | -37.42 |
Energy contribution | -37.22 |
Covariance contribution | -0.20 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -1.60 |
Structure conservation index | 0.91 |
SVM decision value | 1.60 |
SVM RNA-class probability | 0.966590 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 6575694 120 - 22224390 CACUCUGGGUUGGCGCUUAUAAAAACGCCGGCCCAACGAUACUUGGAACGCAUUGUCCAAUCGCUCUUGGAGCCGCGUGGAGCUCCUCCAACCAGUGAUCGUGAUCUAUAUAGCCCGGAU .....((((((((((.((....)).))))))))))(((((..((((.((((....(((((......)))))...))))((((...))))..))))..))))).................. ( -39.00) >DroSec_CAF1 20449 119 - 1 CACUCCGGGUUGGCGCUUAUAAAAACGCCGGCCCAACGAUGCUUGGAACGCAUUUUCCAAUCGCUCUUGGAGCCGCGUGGAGCUCCUCCAACCAGUGAUCGUGAUCUAUAUAGCCC-GAU .....((((((((.((((......((((.(((((((.((.((((((((......))))))..)))))))).))))))).)))).))..........(((....))).....)))))-).. ( -39.60) >DroSim_CAF1 32257 119 - 1 CACUCCGGGUUGGCGCUUAUAAAAACGCCGGCCCAACGAUGCUUGGAACGCAUUGUCCAAUCGCUCUUGGAGCCGCGUGGAGCUCCUCCAACCAGUGAUCGUGAUCUAUAUAGCCC-GAU (((...(((((((((.((....)).))))))))).(((((((.......)))))))...((((((.((((((..((.....))..))))))..)))))).))).............-... ( -40.60) >DroEre_CAF1 20140 119 - 1 GGCUGUGGUUUGGCGCUUAUAAAAACGCCGGCCCAACGAUACUUGGAACGCAUUGUCCAAUCGCUCUUGGAGCCGCGUGGAGCUCCUCCAACCAGUGAUCGUGAUCUAUAUAGCCC-GAU ((((((((((.((.((((......((((.(((((((((((...((((........))))))))...)))).))))))).)))).))...))))...(((....)))...)))))).-... ( -39.30) >DroYak_CAF1 30333 119 - 1 GGCUAUGGGUUGGCGGUUAUAAAAACGCCGACCCAACGAUGCUUGGAACGCACUGUCCAAUCGCUCUUGGAGCCGCGUGGAGCUCCUCCAACCAGUGAUCGUGAUCUAUAUAGCCC-GAU (((((((((((((((..........))))))))).(((((..((((.((((....(((((......)))))...))))((((...))))..))))..))))).......)))))).-... ( -47.70) >consensus CACUCUGGGUUGGCGCUUAUAAAAACGCCGGCCCAACGAUGCUUGGAACGCAUUGUCCAAUCGCUCUUGGAGCCGCGUGGAGCUCCUCCAACCAGUGAUCGUGAUCUAUAUAGCCC_GAU ......(((((((((..........))))))))).((((((((.((.((((....(((((......)))))...))))((((...))))..))))).))))).................. (-37.42 = -37.22 + -0.20)
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