Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,566,613 – 6,566,732 |
Length | 119 |
Max. P | 0.998861 |
Location | 6,566,613 – 6,566,732 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.52 |
Mean single sequence MFE | -35.44 |
Consensus MFE | -31.46 |
Energy contribution | -32.00 |
Covariance contribution | 0.54 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -3.32 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 3.26 |
SVM RNA-class probability | 0.998861 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 6566613 119 - 22224390 AAUC-UUCUGCUUUAACUGCUAGUCUGCAAGGUCUUGUUUCGAGUCAUGAUACUAUGGUUUAUAAUGGAUCAUAGAUAUUAACUUCAGGUCAAGACCUUUUUGGGCUAGAUAAGUUCCCC ....-.........((((.(((((((..((((((((((((.((((..((((((((((((((.....))))))))).))))))))).))).)))))))))...)))))))...)))).... ( -36.90) >DroSec_CAF1 11575 120 - 1 AAUCCUUCUGCUUAAACUGCUAGUCUGCAAGGUCUUGUUUCGAGCCCUGAUACUAUGGUUUAUAACGGAUCAUUGAUAUCAACUUGAGGUCAGGACCUUUUUGGGCUAGAUACGUUCCCC ...................(((((((..((((((((((((((((...((((((.(((((((.....))))))).).))))).))))))).)))))))))...)))))))........... ( -35.30) >DroSim_CAF1 22101 120 - 1 AAUCCUUCUGCUUAAACUGCUAGUCUGCAAGGUCUUGUUUCGAGCCCUGGUACUAUGGUUUAUAACGGAUCAUAGUUAUCAACUUGAGGUCAGGACCUUUUUGGGCUAGAUACGUUCCCC ...................(((((((..((((((((((((((((...((((((((((((((.....))))))))).))))).))))))).)))))))))...)))))))........... ( -39.20) >DroEre_CAF1 11207 118 - 1 AAUC-UUCUGAUAAAACUGCUAGCCUGCAAGGUCUUGUUUCGAGCUAUGAUAUUAUGGUUGAUAAUGGAUCAUAGUUAUUAACUUGAAGGCAGGACCUU-UUGGGCUUAUUAAGUUUCCC .(((-....))).(((((...((((((.((((((((((((((((.((....(((((((((.......)))))))))...)).)))))).))))))))))-.)))))).....)))))... ( -38.10) >DroYak_CAF1 21043 100 - 1 AAUC-UUCUGCUAAAACUGUUAACCUGCAAGCUCCUGUCUAGAGUUAUGAUAUUA-----------------UAGAUAUCAACUUGUGGGCAGGACCU--UUGGGCUAAUUACGUUUUCC ....-.......(((((.((((.((((.(((.(((((((((((((..(((((((.-----------------..))))))))))).))))))))).))--))))).))))...))))).. ( -27.70) >consensus AAUC_UUCUGCUUAAACUGCUAGUCUGCAAGGUCUUGUUUCGAGCCAUGAUACUAUGGUUUAUAACGGAUCAUAGAUAUCAACUUGAGGUCAGGACCUUUUUGGGCUAGAUACGUUCCCC ...................(((((((..((((((((((((((((...((((((((((((((.....))))))))).))))).))))))).)))))))))...)))))))........... (-31.46 = -32.00 + 0.54)
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