Locus 2450

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	6,566,423 – 6,566,580
Length	157
Max. P	0.999950

overview

Window 1

Location	6,566,423 – 6,566,543
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.50
Mean single sequence MFE	-27.18
Consensus MFE	-27.34
Energy contribution	-27.18
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.01
Structure conservation index	1.01
SVM decision value	2.96
SVM RNA-class probability	0.997915
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6566423 120 + 22224390
ACACAAUGAAAAUCGUUAUCGCUAUCGUUAAAUAAUUACUGACGAUACAAAUAAUCGUGUAUUGUAGCACACACAUACCAUAUAUACACAGAUAAUGCCCGAUCCUCUGGCGGAAUGGGG
.............((((((((.((((((((.........)))))))))........((((((.(((.........))).....)))))).)))))))((((.(((......))).)))). ( -27.10)
>DroSec_CAF1 11387 120 + 1
ACACAGUGAAAAUCGUUAUCGCUAUCGUUAAAUAAUUACUGACGAUACAAAUAAUCGUGUAUUGUAGCACACACAUACCAUAUAUACACAGAUAAUGCCCGAUCCUCUGGCGGAAUGGGG
.............((((((((.((((((((.........)))))))))........((((((.(((.........))).....)))))).)))))))((((.(((......))).)))). ( -27.10)
>DroSim_CAF1 21913 120 + 1
ACACAGUGAAAAUCGUUAUCGCUAUCGUUAAAUAAUUACUGACGAUACAAAUAAUCGUGUAUUGUAGCACACACAUACCAUAUAUACACAGAUAAUGCCCGAUCCUCUGACGGAAUGGGG
.............((((((((.((((((((.........)))))))))........((((((.(((.........))).....)))))).)))))))((((.(((......))).)))). ( -27.10)
>DroEre_CAF1 11017 120 + 1
ACUCAAUGAAAAUCGUUAUCGCUAUCGUUAAAUAAUUACUGACGAUACAAAUAAUCGUGUAUUGUAGCACACACAUACCAUAUAUACACAGAUAAUGCCCGAUCCUCUGGCGGAAUGGGG
.............((((((((.((((((((.........)))))))))........((((((.(((.........))).....)))))).)))))))((((.(((......))).)))). ( -27.10)
>DroYak_CAF1 20849 120 + 1
ACACAAUGAAAAUCAUUAUCGCUAUCGUUAAAUAAUUACUGACGAUACAAAUAAUCGUGUAUUGUAGCACACACAUACCAUAUAUACACAGAUAAUGCCCGAUCCUCUGGCGGAAUGGGG
.............((((((((.((((((((.........)))))))))........((((((.(((.........))).....)))))).)))))))((((.(((......))).)))). ( -27.50)
>consensus
ACACAAUGAAAAUCGUUAUCGCUAUCGUUAAAUAAUUACUGACGAUACAAAUAAUCGUGUAUUGUAGCACACACAUACCAUAUAUACACAGAUAAUGCCCGAUCCUCUGGCGGAAUGGGG
.............((((((((.((((((((.........)))))))))........((((((.(((.........))).....)))))).)))))))((((.(((......))).)))). (-27.34 = -27.18 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	6,566,463 – 6,566,580
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.19
Mean single sequence MFE	-32.10
Consensus MFE	-31.82
Energy contribution	-32.22
Covariance contribution	0.40
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.42
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	4.79
SVM RNA-class probability	0.999950
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6566463 117 - 22224390
---AAAAAACCACCCGCGACCCACAAGUAAUUUCCAUUUGCCCCAUUCCGCCAGAGGAUCGGGCAUUAUCUGUGUAUAUAUGGUAUGUGUGUGCUACAAUACACGAUUAUUUGUAUCGUC
---............((((...((((((((((......(((((...(((......)))..)))))......((((((...((((((....))))))..)))))))))))))))).)))). ( -32.80)
>DroSec_CAF1 11427 116 - 1
---AA-AACCCACCCGCGACCCACAUUUAAUUUCCAUUUGCCCCAUUCCGCCAGAGGAUCGGGCAUUAUCUGUGUAUAUAUGGUAUGUGUGUGCUACAAUACACGAUUAUUUGUAUCGUC
---..-.........((((...(((..(((((......(((((...(((......)))..)))))......((((((...((((((....))))))..)))))))))))..))).)))). ( -29.30)
>DroSim_CAF1 21953 116 - 1
---AA-AACCCACCCGCGACCCACAAGUAAUUUCCAUUUGCCCCAUUCCGUCAGAGGAUCGGGCAUUAUCUGUGUAUAUAUGGUAUGUGUGUGCUACAAUACACGAUUAUUUGUAUCGUC
---..-.........((((...((((((((((......(((((...(((......)))..)))))......((((((...((((((....))))))..)))))))))))))))).)))). ( -32.80)
>DroEre_CAF1 11057 119 - 1
AUCCC-ACCCCACCCGCGACCCACAAGUAAUUUCCAUUUGCCCCAUUCCGCCAGAGGAUCGGGCAUUAUCUGUGUAUAUAUGGUAUGUGUGUGCUACAAUACACGAUUAUUUGUAUCGUC
.....-.........((((...((((((((((......(((((...(((......)))..)))))......((((((...((((((....))))))..)))))))))))))))).)))). ( -32.80)
>DroYak_CAF1 20889 119 - 1
AGCCC-ACCCCACCCGCGACCCACAAGUAAUUUCCAUUUGCCCCAUUCCGCCAGAGGAUCGGGCAUUAUCUGUGUAUAUAUGGUAUGUGUGUGCUACAAUACACGAUUAUUUGUAUCGUC
.....-.........((((...((((((((((......(((((...(((......)))..)))))......((((((...((((((....))))))..)))))))))))))))).)))). ( -32.80)
>consensus
___AA_AACCCACCCGCGACCCACAAGUAAUUUCCAUUUGCCCCAUUCCGCCAGAGGAUCGGGCAUUAUCUGUGUAUAUAUGGUAUGUGUGUGCUACAAUACACGAUUAUUUGUAUCGUC
...............((((...((((((((((......(((((...(((......)))..)))))......((((((...((((((....))))))..)))))))))))))))).)))). (-31.82 = -32.22 +   0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

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