Locus 2447

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 6,561,966 – 6,562,106
Length 140
Max. P 0.956870
window3975 window3976 window3977

overview

Window 5

Location 6,561,966 – 6,562,080
Length 114
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.38
Mean single sequence MFE -45.43
Consensus MFE -24.01
Energy contribution -25.52
Covariance contribution 1.50
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -2.07
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 0.95
SVM RNA-class probability 0.888937
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6561966 114 + 22224390
AAGCUCAAGUCGAUGGGUAUCCACAGGCGCUGGAAGCCAGGCGACAAGCCACCCAUGCUGGCCAUCAGUCAGCUGAAAGCGGCCACAGUGGCGGCCGCUGCAGCGGCAGCUGGC
.((((...((((...(((.((((.......)))).)))...))))..(((((...((.(((((.((((....))))....)))))))))))).(((((....)))))))))... ( -49.60)
>DroVir_CAF1 946 114 + 1
AAGCUCAAGUCGAUGGGCAUACAUCGGCGCUGGAAGCCCGGCGACAAGCCGCCCAUGCUGGCCAUCAGUCAGUUCAAGGCGGCAACCGUUGCCGCUGCCGCCGCGGCGGCCACA
..(.((..(((((((......)))))))(((((....))))))))..((((((...((((((.....))))))....))))))....((.((((((((....)))))))).)). ( -58.00)
>DroGri_CAF1 9640 111 + 1
AAACUCAAAUCGAUGGGCAUUCAUCGACGCUGGAAGCCCGGCGAUAAGCCACCCAUGCUGGCCAUCAGUCAGCUGAAGGCGGCAACUGUUGCCGCAGCAGC---CGCUGCCACA
.........(((((((....)))))))((((((....))))))....(((...((.((((((.....))))))))..)))((((.....))))(((((...---.))))).... ( -43.90)
>DroWil_CAF1 9561 108 + 1
AAGCUUAAAUCGAUGGGCAUACAUCGUCGCUGGAAGCCAGGCGAUAAGCCACCCAUGUUGGCUAUGAAUACCCUGAAAGCGGCAACCGUUGCGGCAGCUGCUGCGACA------
..((((...(((..(((.((.(((.((((((((...))).))))).(((((.......)))))))).)).))))))))))(....).((((((((....)))))))).------ ( -36.10)
>DroMoj_CAF1 9651 108 + 1
AAACUCAAGUCGAUGGGCAUCCAUCGUCGCUGGAAGCCCGGCGAUAAGCCGCCAAUGCUGGCGAUUAGUCAACUGAAGGCGGCCACUGUGGCGGCG------GCUGCGGCCACU
...........(((((....)))))((((((((....))))))))..(((((((..((((.(..((((....)))).).)))).....)))))))(------((....)))... ( -48.60)
>DroPer_CAF1 14037 105 + 1
AAGCUCAAGUCGAUGGGUAUUCAUCGUCGCUGGAAGCCAGGCGACAAGCCCUCCAUGCUGGCCAUCAGCCAGAUAAAAGCGGCCACAGUU---------GCAGCGGCGCUUGCC
((((.......(((((....)))))(((((((.(((((.(((.....))).......(((((.....)))))........))).....))---------.)))))))))))... ( -36.40)
>consensus
AAGCUCAAGUCGAUGGGCAUACAUCGUCGCUGGAAGCCAGGCGACAAGCCACCCAUGCUGGCCAUCAGUCAGCUGAAAGCGGCAACAGUUGCGGCAGC_GC_GCGGCGGCCACA
........((((...(((.((((.......)))).)))...))))..(((.(....((((((.....)))))).....).)))....(((((.((....)).)))))....... (-24.01 = -25.52 +   1.50)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 6

Location 6,562,006 – 6,562,106
Length 100
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.18
Mean single sequence MFE -59.38
Consensus MFE -46.38
Energy contribution -47.58
Covariance contribution 1.20
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -3.81
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 1.47
SVM RNA-class probability 0.956870
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6562006 100 + 22224390
GCGACAAGCCACCCAUGCUGGCCAUCAGUCAGCUGAAAGCGGCCACAGUGGCGGCCGCUGCAGCGGCAGCUGGCUUGGCCGGCGUCGGCGGUGUUGUUGG--------------
.(((((((((.((.((((((((((..(((((((((..(((((((.(....).))))))).......))))))))))))))))))).)).))).)))))).-------------- ( -61.20)
>DroVir_CAF1 986 108 + 1
GCGACAAGCCGCCCAUGCUGGCCAUCAGUCAGUUCAAGGCGGCAACCGUUGCCGCUGCCGCCGCGGCGGCCACAUUGGCGGCGAAUGGCG------CCAGCUUUGGUCUGCCGA
(((((..((((((...((((((.....))))))....))))))....((.((((((((....)))))))).)).((((((.(....).))------)))).....))).))... ( -52.70)
>DroSec_CAF1 7077 100 + 1
GUGACAAGCCACCGAUGCUGGCCAUCAGUCAGCUGAAAGCGGCCACAGUGGCGGCCGCCGCAGCGGCAGCUGGCUUGGCCGGCGUCGGCGGUGUUGUUGG--------------
..((((((((.(((((((((((((..(((((((((...(((....).(((((....))))).))..)))))))))))))))))))))).))).)))))..-------------- ( -62.20)
>DroSim_CAF1 17297 100 + 1
GGGACAAGCCACCGAUGCUGGCCAUCAGUCAGCUGAAAGCGGCCACAGUGGCGGCCGCCGCAGCGGCAGCUGGCUUGGCCGGCGUCGGCGGUGUUGUUGG--------------
..((((((((.(((((((((((((..(((((((((...(((....).(((((....))))).))..)))))))))))))))))))))).))).)))))..-------------- ( -62.40)
>DroEre_CAF1 6742 100 + 1
GCGACAAGCCACCCAUGCUGGCCAUCAGCCAGCUGAAAGCGGCCACAGUGGCGGCCGCCGCAGCGGCAGCUGGCUUGGCCGGCGUCGGCGGUGUCGUUGG--------------
(((((..(((.((.((((((((((..(((((((((...(((....).(((((....))))).))..))))))))))))))))))).)).))))))))...-------------- ( -61.10)
>DroYak_CAF1 16553 100 + 1
GCGACAAGCCACCCAUGCUGGCCAUCAGCCAGCUGAAAGCGGCCACAGUGGCGGCUGCCGCAGCGGCAGCUGGCUUAGCCGGCGUCGGCGGUGUCGUUGG--------------
(((((..(((.((.((((((((....((((((((...(((.(((.....))).)))((((...))))))))))))..)))))))).)).))))))))...-------------- ( -56.70)
>consensus
GCGACAAGCCACCCAUGCUGGCCAUCAGUCAGCUGAAAGCGGCCACAGUGGCGGCCGCCGCAGCGGCAGCUGGCUUGGCCGGCGUCGGCGGUGUUGUUGG______________
.((((..(((.((.((((((((((..((((((((.......(((.....))).(((((....))))))))))))))))))))))).)).)))...))))............... (-46.38 = -47.58 +   1.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 6,562,006 – 6,562,106
Length 100
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.18
Mean single sequence MFE -53.57
Consensus MFE -39.76
Energy contribution -40.32
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -3.09
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 1.01
SVM RNA-class probability 0.899594
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6562006 100 - 22224390
--------------CCAACAACACCGCCGACGCCGGCCAAGCCAGCUGCCGCUGCAGCGGCCGCCACUGUGGCCGCUUUCAGCUGACUGAUGGCCAGCAUGGGUGGCUUGUCGC
--------------...((((..(((((.(.((.(((((((.((((((.......(((((((((....)))))))))..)))))).))..))))).)).).))))).))))... ( -48.70)
>DroVir_CAF1 986 108 - 1
UCGGCAGACCAAAGCUGG------CGCCAUUCGCCGCCAAUGUGGCCGCCGCGGCGGCAGCGGCAACGGUUGCCGCCUUGAACUGACUGAUGGCCAGCAUGGGCGGCUUGUCGC
.((((........))))(------((.((...((((((.(((((((((.((.((((((((((....).))))))))).))..(.....).)))))).))).)))))).)).))) ( -53.10)
>DroSec_CAF1 7077 100 - 1
--------------CCAACAACACCGCCGACGCCGGCCAAGCCAGCUGCCGCUGCGGCGGCCGCCACUGUGGCCGCUUUCAGCUGACUGAUGGCCAGCAUCGGUGGCUUGUCAC
--------------...((((..(((((((.((.(((((((.((((((.......(((((((((....)))))))))..)))))).))..))))).)).))))))).))))... ( -52.50)
>DroSim_CAF1 17297 100 - 1
--------------CCAACAACACCGCCGACGCCGGCCAAGCCAGCUGCCGCUGCGGCGGCCGCCACUGUGGCCGCUUUCAGCUGACUGAUGGCCAGCAUCGGUGGCUUGUCCC
--------------...((((..(((((((.((.(((((((.((((((.......(((((((((....)))))))))..)))))).))..))))).)).))))))).))))... ( -52.50)
>DroEre_CAF1 6742 100 - 1
--------------CCAACGACACCGCCGACGCCGGCCAAGCCAGCUGCCGCUGCGGCGGCCGCCACUGUGGCCGCUUUCAGCUGGCUGAUGGCCAGCAUGGGUGGCUUGUCGC
--------------....((((((((((.(.((.((((((((((((((.......(((((((((....)))))))))..)))))))))..))))).)).).)))))..))))). ( -60.40)
>DroYak_CAF1 16553 100 - 1
--------------CCAACGACACCGCCGACGCCGGCUAAGCCAGCUGCCGCUGCGGCAGCCGCCACUGUGGCCGCUUUCAGCUGGCUGAUGGCCAGCAUGGGUGGCUUGUCGC
--------------....((((((((((.(.((.((((((((((((((..((.((.((((......)))).)).))...)))))))))..))))).)).).)))))..))))). ( -54.20)
>consensus
______________CCAACAACACCGCCGACGCCGGCCAAGCCAGCUGCCGCUGCGGCGGCCGCCACUGUGGCCGCUUUCAGCUGACUGAUGGCCAGCAUGGGUGGCUUGUCGC
.......................(((((.(.((.(((((((.(((((((....))(((((((((....)))))))))...))))).))..))))).)).).)))))........ (-39.76 = -40.32 +   0.56)

alignment

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