Locus 2391

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	6,391,864 – 6,391,976
Length	112
Max. P	0.904678

overview

Window 9

Location	6,391,864 – 6,391,954
Length	90
Sequences	5
Columns	94
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.76
Mean single sequence MFE	-19.40
Consensus MFE	-15.96
Energy contribution	-16.08
Covariance contribution	0.12
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-1.46
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	0.23
SVM RNA-class probability	0.643346
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6391864 90 - 22224390
AUUGCGGCCAACGAUGACUGUAUCUUACAGAUGUACAGGUAU----AGCUACAGUUAGCGACUAACUGUUAUGCAAAGACUGGGGGGAAAAAAA
..(((((.((....)).)))))(((..(((.((((....)))----)((.((((((((...))))))))...)).....)))..)))....... ( -20.70)
>DroSec_CAF1 17491 86 - 1
AUUGCGGCCAACGAUGACUGUAUCUUACAGAUGUACAGAUAU----AGCUACAGUUAGCGACUAACUGUUAUGCAAAGACUGAG----AAAAAA
.(((((...........(((((((((((....))).))))))----))..((((((((...))))))))..)))))........----...... ( -20.50)
>DroSim_CAF1 18716 86 - 1
AUUGCGGCCAACGAUGACUGUAUCUUACAGAUAUACAGAUAU----AGCUACAGUUAGCGACUAACUGUUAUGCAAAGACUGGG----AAAAAA
.((.(((.(........((((((.........))))))....----.((.((((((((...))))))))...))...).))).)----)..... ( -17.80)
>DroEre_CAF1 17421 88 - 1
AUUAUGGCCAACCAUUACUGUGAUAUACAGAUGUACAGAUAUAUGUAGCUACAGUUAGCGACUAACUGUUAUGCAAACACUGGG----A--AGA
...........(((...((((.((((....)))))))).....((((...((((((((...))))))))..)))).....))).----.--... ( -18.30)
>DroYak_CAF1 18996 84 - 1
AUUAUGGCCAACGAUGACUGUAUCUUACAGAUGUACAGAUAU----AGCUACAGUUAGCGACUAACUGUUAUGCAAAGACUGGG----A--AAA
.......(((........((((((((((....))).))))))----)((.((((((((...))))))))...))......))).----.--... ( -19.70)
>consensus
AUUGCGGCCAACGAUGACUGUAUCUUACAGAUGUACAGAUAU____AGCUACAGUUAGCGACUAACUGUUAUGCAAAGACUGGG____AAAAAA
.......(((.......((((((.........)))))).........((.((((((((...))))))))...))......)))........... (-15.96 = -16.08 +   0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	6,391,886 – 6,391,976
Length	90
Sequences	5
Columns	112
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.04
Mean single sequence MFE	-27.68
Consensus MFE	-15.91
Energy contribution	-16.20
Covariance contribution	0.29
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.06
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	-0.05
SVM RNA-class probability	0.509507
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6391886 90 + 22224390
AUAACAGUUAGUCGCUAACUGUAGCU----AUACCUGUACAUCUGUAAGAUACAGUCAUCGUUGGCCGCAAUGCAAAAGCUACAGU----------------AAGG--GCAA
..........(((.((.(((((((((----....(((((..((.....)))))))....(((((....)))))....)))))))))----------------.)))--)).. ( -24.60)
>DroSec_CAF1 17509 106 + 1
AUAACAGUUAGUCGCUAACUGUAGCU----AUAUCUGUACAUCUGUAAGAUACAGUCAUCGUUGGCCGCAAUGCAAAAGCUACAGUAGGUUAUAGUCGACUUAAGG--GCAA
....(....(((((((((((((((((----.(((((.(((....))))))))..((((....))))...........)))))))))......))).)))))....)--.... ( -27.30)
>DroSim_CAF1 18734 106 + 1
AUAACAGUUAGUCGCUAACUGUAGCU----AUAUCUGUAUAUCUGUAAGAUACAGUCAUCGUUGGCCGCAAUGCAAAAGCUACAGUAGGUUAUAGUCGACUUAAGG--GCAA
....(....(((((((((((((((((----....((((((.........))))))....(((((....)))))....)))))))))......))).)))))....)--.... ( -26.50)
>DroEre_CAF1 17437 112 + 1
AUAACAGUUAGUCGCUAACUGUAGCUACAUAUAUCUGUACAUCUGUAUAUCACAGUAAUGGUUGGCCAUAAUGCGAAAGCUACAGUAGGUUGUAGUCAACUUAGGGUGGUAA
...((((((((...)))))))).(((((......(((((...((((.....))))..((((....))))...((....)))))))(((((((....)))))))..))))).. ( -31.80)
>DroYak_CAF1 19012 106 + 1
AUAACAGUUAGUCGCUAACUGUAGCU----AUAUCUGUACAUCUGUAAGAUACAGUCAUCGUUGGCCAUAAUGCAAAUGCUACAGUAGGAUAUAGCCAACUUGGGG--CUAA
..........(((.(((.(((((((.----.(((((.(((....))))))))..((((....))))............))))))))))))).(((((.......))--))). ( -28.20)
>consensus
AUAACAGUUAGUCGCUAACUGUAGCU____AUAUCUGUACAUCUGUAAGAUACAGUCAUCGUUGGCCGCAAUGCAAAAGCUACAGUAGGUUAUAGUCAACUUAAGG__GCAA
...((((((((...)))))))).((.........(((((...((((.....)))).....(((.((......))...))))))))((((((......)))))).....)).. (-15.91 = -16.20 +   0.29)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	6,391,886 – 6,391,976
Length	90
Sequences	5
Columns	112
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.04
Mean single sequence MFE	-27.30
Consensus MFE	-18.12
Energy contribution	-19.48
Covariance contribution	1.36
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-2.46
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	1.04
SVM RNA-class probability	0.904678
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6391886 90 - 22224390
UUGC--CCUU----------------ACUGUAGCUUUUGCAUUGCGGCCAACGAUGACUGUAUCUUACAGAUGUACAGGUAU----AGCUACAGUUAGCGACUAACUGUUAU
((((--....----------------((((((((.....(((((.......)))))..((((((((((....))).))))))----)))))))))..))))........... ( -23.60)
>DroSec_CAF1 17509 106 - 1
UUGC--CCUUAAGUCGACUAUAACCUACUGUAGCUUUUGCAUUGCGGCCAACGAUGACUGUAUCUUACAGAUGUACAGAUAU----AGCUACAGUUAGCGACUAACUGUUAU
....--.....(((((.(((......((((((((.....(((((.......)))))..((((((((((....))).))))))----)))))))))))))))))......... ( -28.30)
>DroSim_CAF1 18734 106 - 1
UUGC--CCUUAAGUCGACUAUAACCUACUGUAGCUUUUGCAUUGCGGCCAACGAUGACUGUAUCUUACAGAUAUACAGAUAU----AGCUACAGUUAGCGACUAACUGUUAU
....--.....(((((.(((......((((((((((((((((((.......)))))..((((((.....))))))))))...----)))))))))))))))))......... ( -26.60)
>DroEre_CAF1 17437 112 - 1
UUACCACCCUAAGUUGACUACAACCUACUGUAGCUUUCGCAUUAUGGCCAACCAUUACUGUGAUAUACAGAUGUACAGAUAUAUGUAGCUACAGUUAGCGACUAACUGUUAU
...........(((((.(((......((((((((..(((((..((((....))))...)))))..((((.((((....)))).))))))))))))))))))))......... ( -28.00)
>DroYak_CAF1 19012 106 - 1
UUAG--CCCCAAGUUGGCUAUAUCCUACUGUAGCAUUUGCAUUAUGGCCAACGAUGACUGUAUCUUACAGAUGUACAGAUAU----AGCUACAGUUAGCGACUAACUGUUAU
....--......((((((((((......(((((...))))).)))))))))).....(((((((((((....))).))))))----))..((((((((...))))))))... ( -30.00)
>consensus
UUGC__CCUUAAGUCGACUAUAACCUACUGUAGCUUUUGCAUUGCGGCCAACGAUGACUGUAUCUUACAGAUGUACAGAUAU____AGCUACAGUUAGCGACUAACUGUUAU
...........(((((.(((......((((((((....((......)).........((((((.........)))))).........))))))))))))))))......... (-18.12 = -19.48 +   1.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:33:23 2006