Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 802,016 – 802,127 |
Length | 111 |
Max. P | 0.913214 |
Location | 802,016 – 802,127 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 77.10 |
Mean single sequence MFE | -44.77 |
Consensus MFE | -29.00 |
Energy contribution | -29.73 |
Covariance contribution | 0.73 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -1.50 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.60 |
SVM RNA-class probability | 0.794800 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 802016 111 + 22224390 CUGGACGUGAGCAAAGUGGGAGGUCAAAGCCAGCAGAGAACUUGUCAGAAGCUCCUGCUCCUCCUCUAUGCUUCGCAGACGGGCCAGUUCGCUGCCAGUGCUUCCACGUCG------- ...((((((((((.((.((((((........(((((.((.(((.....))).))))))))))))))).))))..((((.((((....)))))))).........)))))).------- ( -40.70) >DroVir_CAF1 4327 114 + 1 CUGGACGUGCGCAAACUGUGAGGUCAAUGCCAACAGUGAGCUGGUCAGCAGCUCCUGCUCCUCCUCAAUGCUGCGCAAACGUGCCAAUUCGCUGGCAUU----AUCCGCACCAGCUGU ((((...((((((.....(((((.....((....((.((((((.....))))))))))....)))))....))))))...((((((......)))))).----.......)))).... ( -40.10) >DroPse_CAF1 3366 107 + 1 CUGGACGUGGGCAAAGUGCGAGGUUAGGGCCAGCAGGGAGCUGGUGAGCAGCUCCUGCUCCUCCUCGAUGCUGCGGAGGCGAGCCAGUUCGCUGGCA----UUCUCCGUCU------- ..((((....(((..((.(((((..(((...((((((.(((((.....)))))))))))))))))))))..)))(((((...(((((....))))).----.)))))))))------- ( -50.90) >DroGri_CAF1 4431 114 + 1 CUGGACGUGUGCAAACUGUGAGGUCAACGCCAGCAGUGAGCUGGUCAGCAGUUCUUGCUCCUCCUCAAUGGUGCGCAGACGCGCCAAUUCAUUGGCAUU----AUCCAUGCCAGCCGC ..(((.(.(.(((((((((..(((....))).)))))((((((.....)))))))))).)))))....(((((((....))))))).....(((((((.----....))))))).... ( -40.40) >DroAna_CAF1 4549 111 + 1 CUGGACAUGGGCAAAGUGAGAGGUCAGAGCUAGCAGGGAGCUGGUGAGCAGCUCCUGCUCCUCCUCGAUGCUUCUCAGACGGGACAGUUCACUGCCAGCACUGCCACGUCG------- ...(((...((((...((((((((..(((..((((((.(((((.....)))))))))))....)))...))))))))(...((.(((....)))))..)..))))..))).------- ( -45.60) >DroPer_CAF1 3366 107 + 1 CUGGACGUGGGCAAAGUGCGAGGUUAGGGCCAGCAGGGAGCUGGUGAGCAGCUCCUGCUCCUCCUCGAUGCUGCGGAGGCGAGCCAGUUCGCUGGCA----UUCUCCGUCU------- ..((((....(((..((.(((((..(((...((((((.(((((.....)))))))))))))))))))))..)))(((((...(((((....))))).----.)))))))))------- ( -50.90) >consensus CUGGACGUGGGCAAAGUGCGAGGUCAAAGCCAGCAGGGAGCUGGUCAGCAGCUCCUGCUCCUCCUCGAUGCUGCGCAGACGAGCCAGUUCGCUGGCA_U__UUCUCCGUCC_______ .(((((((..((..(((((((((........(((((.((((((.....)))))))))))...))))).))))..))..))).(((((....)))))........)))).......... (-29.00 = -29.73 + 0.73)
Location | 802,016 – 802,127 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.10 |
Mean single sequence MFE | -44.05 |
Consensus MFE | -28.90 |
Energy contribution | -28.47 |
Covariance contribution | -0.44 |
Combinations/Pair | 1.39 |
Mean z-score | -1.77 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | 1.09 |
SVM RNA-class probability | 0.913214 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 802016 111 - 22224390 -------CGACGUGGAAGCACUGGCAGCGAACUGGCCCGUCUGCGAAGCAUAGAGGAGGAGCAGGAGCUUCUGACAAGUUCUCUGCUGGCUUUGACCUCCCACUUUGCUCACGUCCAG -------.((((((.........((((((........)).))))..((((.((.((((((((((((((((.....)))))).)))))........)))))..)).))))))))))... ( -40.50) >DroVir_CAF1 4327 114 - 1 ACAGCUGGUGCGGAU----AAUGCCAGCGAAUUGGCACGUUUGCGCAGCAUUGAGGAGGAGCAGGAGCUGCUGACCAGCUCACUGUUGGCAUUGACCUCACAGUUUGCGCACGUCCAG ...((((((......----...))))))....(((.((((..((((((.((((..(((((((((((((((.....)))))).)))))........)))).))))))))))))))))). ( -46.60) >DroPse_CAF1 3366 107 - 1 -------AGACGGAGAA----UGCCAGCGAACUGGCUCGCCUCCGCAGCAUCGAGGAGGAGCAGGAGCUGCUCACCAGCUCCCUGCUGGCCCUAACCUCGCACUUUGCCCACGUCCAG -------.(((((((..----.(((((....)))))....))))((((...(((((((((((((((((((.....))))).))))))...)))..)))))....))))....)))... ( -46.00) >DroGri_CAF1 4431 114 - 1 GCGGCUGGCAUGGAU----AAUGCCAAUGAAUUGGCGCGUCUGCGCACCAUUGAGGAGGAGCAAGAACUGCUGACCAGCUCACUGCUGGCGUUGACCUCACAGUUUGCACACGUCCAG .((..((((((....----.)))))).))...(((.((((.((((.((...(((((...((((.....))))(.(((((.....)))))).....)))))..)).)))).))))))). ( -40.40) >DroAna_CAF1 4549 111 - 1 -------CGACGUGGCAGUGCUGGCAGUGAACUGUCCCGUCUGAGAAGCAUCGAGGAGGAGCAGGAGCUGCUCACCAGCUCCCUGCUAGCUCUGACCUCUCACUUUGCCCAUGUCCAG -------.((((((((((.((((((((.(..(((..((.(((..((....))..)))))..)))((((((.....))))))))))))))).)))..............)))))))... ( -44.83) >DroPer_CAF1 3366 107 - 1 -------AGACGGAGAA----UGCCAGCGAACUGGCUCGCCUCCGCAGCAUCGAGGAGGAGCAGGAGCUGCUCACCAGCUCCCUGCUGGCCCUAACCUCGCACUUUGCCCACGUCCAG -------.(((((((..----.(((((....)))))....))))((((...(((((((((((((((((((.....))))).))))))...)))..)))))....))))....)))... ( -46.00) >consensus _______AGACGGAGAA__A_UGCCAGCGAACUGGCCCGUCUGCGCAGCAUCGAGGAGGAGCAGGAGCUGCUCACCAGCUCCCUGCUGGCCCUGACCUCACACUUUGCCCACGUCCAG ........((((..........(((((....)))))...........(((.(((((((((((((((((((.....)))))).)))))...)))..))))).....)))...))))... (-28.90 = -28.47 + -0.44)
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