Locus 233

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 802,016 – 802,127
Length 111
Max. P 0.913214
window348 window349

overview

Window 8

Location 802,016 – 802,127
Length 111
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.10
Mean single sequence MFE -44.77
Consensus MFE -29.00
Energy contribution -29.73
Covariance contribution 0.73
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.60
SVM RNA-class probability 0.794800
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 802016 111 + 22224390
CUGGACGUGAGCAAAGUGGGAGGUCAAAGCCAGCAGAGAACUUGUCAGAAGCUCCUGCUCCUCCUCUAUGCUUCGCAGACGGGCCAGUUCGCUGCCAGUGCUUCCACGUCG-------
...((((((((((.((.((((((........(((((.((.(((.....))).))))))))))))))).))))..((((.((((....)))))))).........)))))).------- ( -40.70)
>DroVir_CAF1 4327 114 + 1
CUGGACGUGCGCAAACUGUGAGGUCAAUGCCAACAGUGAGCUGGUCAGCAGCUCCUGCUCCUCCUCAAUGCUGCGCAAACGUGCCAAUUCGCUGGCAUU----AUCCGCACCAGCUGU
((((...((((((.....(((((.....((....((.((((((.....))))))))))....)))))....))))))...((((((......)))))).----.......)))).... ( -40.10)
>DroPse_CAF1 3366 107 + 1
CUGGACGUGGGCAAAGUGCGAGGUUAGGGCCAGCAGGGAGCUGGUGAGCAGCUCCUGCUCCUCCUCGAUGCUGCGGAGGCGAGCCAGUUCGCUGGCA----UUCUCCGUCU-------
..((((....(((..((.(((((..(((...((((((.(((((.....)))))))))))))))))))))..)))(((((...(((((....))))).----.)))))))))------- ( -50.90)
>DroGri_CAF1 4431 114 + 1
CUGGACGUGUGCAAACUGUGAGGUCAACGCCAGCAGUGAGCUGGUCAGCAGUUCUUGCUCCUCCUCAAUGGUGCGCAGACGCGCCAAUUCAUUGGCAUU----AUCCAUGCCAGCCGC
..(((.(.(.(((((((((..(((....))).)))))((((((.....)))))))))).)))))....(((((((....))))))).....(((((((.----....))))))).... ( -40.40)
>DroAna_CAF1 4549 111 + 1
CUGGACAUGGGCAAAGUGAGAGGUCAGAGCUAGCAGGGAGCUGGUGAGCAGCUCCUGCUCCUCCUCGAUGCUUCUCAGACGGGACAGUUCACUGCCAGCACUGCCACGUCG-------
...(((...((((...((((((((..(((..((((((.(((((.....)))))))))))....)))...))))))))(...((.(((....)))))..)..))))..))).------- ( -45.60)
>DroPer_CAF1 3366 107 + 1
CUGGACGUGGGCAAAGUGCGAGGUUAGGGCCAGCAGGGAGCUGGUGAGCAGCUCCUGCUCCUCCUCGAUGCUGCGGAGGCGAGCCAGUUCGCUGGCA----UUCUCCGUCU-------
..((((....(((..((.(((((..(((...((((((.(((((.....)))))))))))))))))))))..)))(((((...(((((....))))).----.)))))))))------- ( -50.90)
>consensus
CUGGACGUGGGCAAAGUGCGAGGUCAAAGCCAGCAGGGAGCUGGUCAGCAGCUCCUGCUCCUCCUCGAUGCUGCGCAGACGAGCCAGUUCGCUGGCA_U__UUCUCCGUCC_______
.(((((((..((..(((((((((........(((((.((((((.....)))))))))))...))))).))))..))..))).(((((....)))))........)))).......... (-29.00 = -29.73 +   0.73) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 802,016 – 802,127
Length 111
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.10
Mean single sequence MFE -44.05
Consensus MFE -28.90
Energy contribution -28.47
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -1.77
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 1.09
SVM RNA-class probability 0.913214
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 802016 111 - 22224390
-------CGACGUGGAAGCACUGGCAGCGAACUGGCCCGUCUGCGAAGCAUAGAGGAGGAGCAGGAGCUUCUGACAAGUUCUCUGCUGGCUUUGACCUCCCACUUUGCUCACGUCCAG
-------.((((((.........((((((........)).))))..((((.((.((((((((((((((((.....)))))).)))))........)))))..)).))))))))))... ( -40.50)
>DroVir_CAF1 4327 114 - 1
ACAGCUGGUGCGGAU----AAUGCCAGCGAAUUGGCACGUUUGCGCAGCAUUGAGGAGGAGCAGGAGCUGCUGACCAGCUCACUGUUGGCAUUGACCUCACAGUUUGCGCACGUCCAG
...((((((......----...))))))....(((.((((..((((((.((((..(((((((((((((((.....)))))).)))))........)))).))))))))))))))))). ( -46.60)
>DroPse_CAF1 3366 107 - 1
-------AGACGGAGAA----UGCCAGCGAACUGGCUCGCCUCCGCAGCAUCGAGGAGGAGCAGGAGCUGCUCACCAGCUCCCUGCUGGCCCUAACCUCGCACUUUGCCCACGUCCAG
-------.(((((((..----.(((((....)))))....))))((((...(((((((((((((((((((.....))))).))))))...)))..)))))....))))....)))... ( -46.00)
>DroGri_CAF1 4431 114 - 1
GCGGCUGGCAUGGAU----AAUGCCAAUGAAUUGGCGCGUCUGCGCACCAUUGAGGAGGAGCAAGAACUGCUGACCAGCUCACUGCUGGCGUUGACCUCACAGUUUGCACACGUCCAG
.((..((((((....----.)))))).))...(((.((((.((((.((...(((((...((((.....))))(.(((((.....)))))).....)))))..)).)))).))))))). ( -40.40)
>DroAna_CAF1 4549 111 - 1
-------CGACGUGGCAGUGCUGGCAGUGAACUGUCCCGUCUGAGAAGCAUCGAGGAGGAGCAGGAGCUGCUCACCAGCUCCCUGCUAGCUCUGACCUCUCACUUUGCCCAUGUCCAG
-------.((((((((((.((((((((.(..(((..((.(((..((....))..)))))..)))((((((.....))))))))))))))).)))..............)))))))... ( -44.83)
>DroPer_CAF1 3366 107 - 1
-------AGACGGAGAA----UGCCAGCGAACUGGCUCGCCUCCGCAGCAUCGAGGAGGAGCAGGAGCUGCUCACCAGCUCCCUGCUGGCCCUAACCUCGCACUUUGCCCACGUCCAG
-------.(((((((..----.(((((....)))))....))))((((...(((((((((((((((((((.....))))).))))))...)))..)))))....))))....)))... ( -46.00)
>consensus
_______AGACGGAGAA__A_UGCCAGCGAACUGGCCCGUCUGCGCAGCAUCGAGGAGGAGCAGGAGCUGCUCACCAGCUCCCUGCUGGCCCUGACCUCACACUUUGCCCACGUCCAG
........((((..........(((((....)))))...........(((.(((((((((((((((((((.....)))))).)))))...)))..))))).....)))...))))... (-28.90 = -28.47 +  -0.44) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript


Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:39:32 2006