Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,165,367 – 6,165,590 |
Length | 223 |
Max. P | 0.992463 |
Location | 6,165,367 – 6,165,470 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 5 |
Columns | 108 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 88.08 |
Mean single sequence MFE | -34.64 |
Consensus MFE | -25.06 |
Energy contribution | -27.06 |
Covariance contribution | 2.00 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -3.89 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 2.33 |
SVM RNA-class probability | 0.992463 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 6165367 103 - 22224390 UU-GGUUGCAAGUUUUUGCUGCUUUUGCAACU----AGAUUGGGAAAAAAGGAGCUUUGUUUAAAUUGUGGUUGCAAAAUUAUGCAAGCUGGCACCCAAAACGAUUCA ((-((.(((.(((..((((((.((((((((((----(.(.(..(((.((((...)))).)))..).).))))))))))).)).))))))).))).))))......... ( -28.40) >DroSec_CAF1 3984 103 - 1 UU-GGUGGCAAGUUUGUGCUGCUUUUGCAACU----AGAUUGGGCAAAAAGGAACUUUGUUUAAAUUGUGGUUGCAAAAUUGUGCAAGCAGGCACCCAAAACUAUUCA ((-((..((..(((((..(...((((((((((----(.((((((((((.......)))))))))..).)))))))))))..)..)))))..))..))))......... ( -35.20) >DroSim_CAF1 6304 103 - 1 UU-GGUGGCAAGUUUGUGCUGCUCUUGCAACU----AGAUUGGGCAAAAAGGAGCUUUGUUUAAAUUGUGGUUGCAAAAUUGUGCAAGCAGGCACCCAAAACUAUUCA ((-((..((..(((((..(.....((((((((----(.((((((((((.......)))))))))..).)))))))))....)..)))))..))..))))......... ( -32.80) >DroEre_CAF1 3830 101 - 1 UU-GGUUGCAAGUUUGUGCUGUUUUUGCAACU----AGAGUGGGUG--AGGAAGCUUUAUUUAAAUUGUGGUUGCAAAAUUGUGCAAACUGGAAACCAAAACUGUUCA ((-((((...((((((..(...((((((((((----(.(((.((((--(((...)))))))...))).)))))))))))..)..))))))...))))))......... ( -37.10) >DroYak_CAF1 9642 107 - 1 UUCGGUUGCAAGUUUGUGCUGUUUUUGCAACUACAUAGAUUGGGCAA-AAGGAGCUUUGCUUAAAUUGUGGUUGCAAAAUUCUGCAAACUGGCACCCAAAACAGUUCA ...((.(((.(((((((.....(((((((((((((....((((((((-(......)))))))))..)))))))))))))....))))))).))).))........... ( -39.70) >consensus UU_GGUUGCAAGUUUGUGCUGCUUUUGCAACU____AGAUUGGGCAAAAAGGAGCUUUGUUUAAAUUGUGGUUGCAAAAUUGUGCAAGCUGGCACCCAAAACUAUUCA ...((.(((.(((((((((...((((((((((....((.(((((((((.......))))))))).))..))))))))))..))))))))).))).))........... (-25.06 = -27.06 + 2.00)
Location | 6,165,470 – 6,165,590 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 91.11 |
Mean single sequence MFE | -33.68 |
Consensus MFE | -23.04 |
Energy contribution | -25.12 |
Covariance contribution | 2.08 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -2.44 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.02 |
SVM RNA-class probability | 0.541729 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 6165470 120 - 22224390 CCCAGCAAUAUACAAUAGUUGCAAAAGUGUGCAAACUGUCAUUUUAAGCAGCCAAGAAGUGAGUUUUGCAAUAUACAUAGUUGCAACUUGCGGGACAGUUUGUGCAGCUUGGGCCACAGU (((.(((((........)))))..(((((..(((((((((.((((........)))).(..(((..((((((.......)))))))))..)..)))))))))..)).))))))....... ( -38.50) >DroSec_CAF1 4087 115 - 1 CCCAGCAAUA-----UAGUUUCAAAAGUGUGCAAACUGUCAUUUUAAGCUGCCAAAAAGUGAGUUUUGCAAUAUACAUAGUUGCAACUUGCGGAACAGUUUGUGCAGCUUGGGCCACAGU (((......(-----((((((((......)).)))))))......(((((((((((..(..(((..((((((.......)))))))))..).......)))).))))))))))....... ( -31.30) >DroSim_CAF1 6407 115 - 1 CCCAGCAAUA-----UAGUUGCAAAAGUGUGCAAACUGUCAUUUUAAGCUGCCAAAAAAAGAGUUUUGCAAUAUACAUAGUUGCAACUUGCGGAACAGUUUGUGCAGCUUGGGCCACAGU (((.(((((.-----..)))))..(((((..((((((((.........((((........((((..((((((.......)))))))))))))).))))))))..)).))))))....... ( -31.90) >DroEre_CAF1 3931 115 - 1 CCCAGCAAUA-----UAGUUGCAAAACUGUGCAAACUGUCAUUUUAAGCUGCCCAAAAGUGAGUUUUGCUAUAUACAUAGUUGCAACUUGUGGGACAGUUUGUGCAGCUCGGCCCACAGU .((.(((((.-----..)))))....(((..((((((((............((((.((((..((...(((((....))))).)).)))).))))))))))))..)))...))........ ( -33.70) >DroYak_CAF1 9749 115 - 1 CCAAGCAAUA-----UAGUUGCAAAACUGUGAAAACUGUAAUUUUAAGCUGCCCAAAAGUGAGUUUUGCAAUACACAUAGUUGCAACUUGUGGGACAGUUUGUUCAGCACGGCCCACAGU ....(((((.-----..)))))...((((((....((((.....(((((((((((.((((......((((((.......)))))))))).)))).)))))))......))))..)))))) ( -33.00) >consensus CCCAGCAAUA_____UAGUUGCAAAAGUGUGCAAACUGUCAUUUUAAGCUGCCAAAAAGUGAGUUUUGCAAUAUACAUAGUUGCAACUUGCGGGACAGUUUGUGCAGCUUGGGCCACAGU ....(((((........)))))............(((((...((((((((((((((..(..(((..((((((.......)))))))))..).......)))).))))))))))..))))) (-23.04 = -25.12 + 2.08)
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