Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,142,858 – 6,142,978 |
Length | 120 |
Max. P | 0.515250 |
Location | 6,142,858 – 6,142,978 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.33 |
Mean single sequence MFE | -52.93 |
Consensus MFE | -35.23 |
Energy contribution | -35.23 |
Covariance contribution | 0.01 |
Combinations/Pair | 1.38 |
Mean z-score | -1.20 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | -0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.515250 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 6142858 120 - 22224390 UCGUAUGCCUUCUCCGUGUCGCUACGGGCACGCGGCGCAUAGCUUUCGGCAGCGGCAUCUGCUGCUGCAAUGGCCGCCGCUGUGGCCAGUGCCGGAUGCAGGGCCGUUGCGGGAUCUUCG (((((.((((((((((.(.((((..((.(((((((((....(((....((((((((....))))))))...))))))))).))).))))))))))).).)))))...)))))........ ( -58.80) >DroVir_CAF1 1695 120 - 1 UCGUAUGCCUUCUCGGUGUCGCUGCGCUGGCGCGGCACAUAGCUCUCGGCGGCCGUAUCGGCUGCCGCAAUCGCGGCGGCUGUUGCCAGCGCCGGAUGCAGGGCCAUCAUCGGAUCCUCG ..........((.(((((.(.((((((((((((((((.((((((.((((((((((...))))))))((....)))).)))))))))).))))))).))))).)....)))))))...... ( -61.00) >DroGri_CAF1 1693 120 - 1 UCAUAGGCCUUCUCCGUAUCGGUGCGGAUUCGUGGCACAUAACUUUCGGCGGCAGCAUCGGCUGCCGCAAUGGCAGCGGCUGUGGCUAGUGCCGGAUGCAGAGCCAACAUGGGAUCCUCA ((((..(((...((((((....)))))).....)))...........(((((((((....))))))(((.(((((..(((....)))..)))))..)))...)))...))))........ ( -45.50) >DroWil_CAF1 1744 120 - 1 UCGUAGGCCUUCUCUGUGUCGCUGCGGCAGCGUGGCUUAUAGCUUUCGGCGGCAGCGUCAGCCGCUGCAAUGGCAGCAGCUGUGGCCAGUGCCGGAUGCAGAGCCAUCAGUGGAUCUUCA .....(((....(((((((((((((.((.....(((.....)))....)).)))))..((((.(((((....))))).))))((((....)))))))))))))))............... ( -49.90) >DroMoj_CAF1 1699 120 - 1 UCGUACGCCUUCUCGGUGUCACUGCGCUCGCGCGGCACAUAGCUCUCAGCGGCCGUAUCUGCCGCAGCGAUGGCAGCGGCUGUGGCCAGCGCUGGAUGCAGCGCCAUCAUCGGAUCCUCG ..(.(((((.....)))))).(((((((.(((((((.(((((((....(((((.......))))).((.......)))))))))))).)))).)).)))))..((......))....... ( -48.40) >DroAna_CAF1 1764 120 - 1 UCGUAGGCUUUCUCUGUAUCGCUGCGGGCACGUGGUACAUAGCUUUCUGCCGCAGCGUCUGCGGCAGCUAUAGCCGCCGCAGUGGCUAGCACCGGAUGCAGAGCCAUUGCCGGAUCCUCG .....(((...((((((((((((((((((.(((((((.(......).)))))).).))))))))).(((..((((((....)))))))))....))))))))).....)))......... ( -54.00) >consensus UCGUAGGCCUUCUCCGUGUCGCUGCGGGCGCGCGGCACAUAGCUUUCGGCGGCAGCAUCUGCUGCAGCAAUGGCAGCGGCUGUGGCCAGCGCCGGAUGCAGAGCCAUCAUCGGAUCCUCG ...........(((.(((((((((((....))))))..........(((((...((..(((((((.((....)).)))))))..))...)))))))))).)))((......))....... (-35.23 = -35.23 + 0.01)
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