Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,123,341 – 6,123,461 |
Length | 120 |
Max. P | 0.579947 |
Location | 6,123,341 – 6,123,461 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 94.17 |
Mean single sequence MFE | -41.82 |
Consensus MFE | -37.58 |
Energy contribution | -37.13 |
Covariance contribution | -0.44 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -1.14 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 0.09 |
SVM RNA-class probability | 0.579947 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 6123341 120 + 22224390 UCUGGAUGUUGUAGUCGGACAGAGUGCGUCCGUCCUCCAGCUGCUUUCCGGCGAAAAUCAAACGCUGCUGAUCUGGGGGGAUUCCCUCCUUGUCCUGGAUCUUGGCCUUAACGUUCUCAA ...((((((((..(((((((.((.....)).))))(((((........(((((.........)))))..(((..((((((...))))))..))))))))....)))..)))))))).... ( -39.60) >DroVir_CAF1 25145 120 + 1 UCUGGAUGUUGUAGUCGGACAAGGUGCGUCCAUCCUCCAACUGCUUGCCAGCGAAGAUCAAACGCUGCUGAUCUGGGGGAAUACCCUCCUUGUCCUGGAUCUUGGCCUUAACAUUCUCAA ...((((((((..(((((((((((.(.((...((((((...((((....)))).((((((........))))))))))))..)).).))))))))........)))..)))))))).... ( -41.40) >DroSec_CAF1 24842 120 + 1 UCUGGAUGUUGUAGUCGGACAGAGUGCGUCCGUCCUCCAGCUGCUUUCCGGCGAAGAUCAAACGCUGCUGAUCUGGGGGGAUUCCUUCCUUGUCCUGGAUCUUGGCCUUGACGUUCUCAA .(((((.((((.((.(((((.......)))))..)).)))).....))))).(((..((((..(((...((((..((((((.....))))...))..))))..))).))))..))).... ( -38.40) >DroEre_CAF1 21712 120 + 1 UCUGGAUGUUGUAGUCGGACAGGGUGCGUCCGUCCUCCAGCUGCUUUCCGGCGAAGAUCAAACGCUGCUGAUCUGGGGGGAUUCCCUCCUUGUCCUGGAUCUUGGCCUUGACGUUCUCGA ...((((((((..(((((((((((.(.(...(((((((.((((.....))))..((((((........)))))).))))))).).).))))))))........)))..)))))))).... ( -42.10) >DroMoj_CAF1 21774 120 + 1 UCUGGAUGUUGUAGUCGGACAGAGUGCGUCCAUCCUCCAGCUGCUUGCCAGCGAAGAUCAGACGCUGCUGAUCUGGGGGAAUACCCUCCUUGUCCUGGAUCUUGGCCUUAACAUUCUCAA ...((((((((..(((((((.......)))).((((((.((((.....))))..(((((((......)))))))))))))......(((.......)))....)))..)))))))).... ( -42.20) >DroAna_CAF1 26677 120 + 1 UCUGGAUGUUGUAGUCGGACAGGGUGCGUCCGUCCUCCAGCUGCUUUCCGGCGAAGAUCAGACGCUGCUGAUCUGGGGGGAUGCCCUCCUUGUCCUGGAUCUUGGCCUUCACAUUCUCAA ..((((.((((..(((((((((((.((((((.(((....((((.....))))..(((((((......)))))))))).))))))...))))))))..)))..)))).))))......... ( -47.20) >consensus UCUGGAUGUUGUAGUCGGACAGAGUGCGUCCGUCCUCCAGCUGCUUUCCGGCGAAGAUCAAACGCUGCUGAUCUGGGGGGAUUCCCUCCUUGUCCUGGAUCUUGGCCUUAACAUUCUCAA ...((((((((..(((((((.......))))....(((((........(((((.........)))))..(((..(((((.....)))))..))))))))....)))..)))))))).... (-37.58 = -37.13 + -0.44)
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