Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,106,816 – 6,106,934 |
Length | 118 |
Max. P | 0.556966 |
Location | 6,106,816 – 6,106,934 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 88.81 |
Mean single sequence MFE | -45.12 |
Consensus MFE | -39.61 |
Energy contribution | -39.70 |
Covariance contribution | 0.09 |
Combinations/Pair | 1.32 |
Mean z-score | -1.38 |
Structure conservation index | 0.88 |
SVM decision value | 0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.556966 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 6106816 118 + 22224390 CAGCGGAAUUGCGAGGCGGUGUGGUUUGAUCGACGGCGGGAUCCACACUGUCUCAAUCUGAGCGUCAUUUUCGGCUUCAUUCUCAAUGUACCGGCUCAGAUGAGCCUGGGCUACUACA .((((((((...((((((((((((.....(((....)))...)))))))))))).....(((.(((......))))))))))).......(((((((....))))).)))))...... ( -42.30) >DroSec_CAF1 3297 118 + 1 CAGCGGAAUUGCGAGGCGAUGUGGUUCGACCGCCGGCGGGAUCCACGCUGUCUCAAUCUGAGCGCCAUUUUCGGCUUCAUUCUUAAUGUGCCGGCCCAGAUGAGCCUGGGCUACUACA ...(((.((((.((((((.(((((.((..(((....))))).))))).))))))....((((.(((......)))))))....))))...)))((((((......))))))....... ( -42.80) >DroSim_CAF1 2876 118 + 1 CAGCGGAAUUGCGAGGCGAUGUGGUUCGAUCGCCGGCGGGAUCCACACUGUCUCAAUCUGAGCGCCAUUUUCGGCUUCAUUCUUAAUGUGCCGGCCCAGAUGAGCCUGGGCUACUACA ...(((.((((.((((((.(((((.((..(((....))))).))))).))))))....((((.(((......)))))))....))))...)))((((((......))))))....... ( -41.20) >DroEre_CAF1 4258 118 + 1 CAGCGGAAAUGUGAGGCGGUAUGGUUCGACCGCCGCCGGGAUCCACACUGCCUCAAUCUGAGCGCCAUUUUCGGCUUCAUUCUUAAUGUGCCGGCCCAGAUGAGCCUGGGCUACUACA ....((((...(((((((((.(((.((..(((....))))).))).)))))))))...((((.(((......)))))))))))...((((..(((((((......)))))))..)))) ( -45.30) >DroYak_CAF1 3354 118 + 1 CAGCGGAACUGCGAGGCGGUGUGGUUCGACCGCCGGCGGGAUCCACACUGCCUCAAUCUGAGCGCCAUUUUCGGCUUCAUCCUCAAUGUGCCGGCCCAGAUGAGCCUGGGCUACUACA ..(.(((.....((((((((((((.((..(((....))))).))))))))))))....((((.(((......)))))))))).)..((((..(((((((......)))))))..)))) ( -54.70) >DroAna_CAF1 5176 118 + 1 CAGCGCCGCUGCGAGGCUGUGUGGUUCGAUCGCCGUCGCGAUCCCCACUGCCUCGAUCUGGACAACAUAUUCGGCUUCAUCCUGAAUGUUCCGGCCCAGAUGUCCCUCGGGUACUAUG ((((...))))((((((...((((...((((((....)))))).)))).))))))((((((.(...((((((((.......))))))))....).))))))((((....)).)).... ( -44.40) >consensus CAGCGGAAUUGCGAGGCGGUGUGGUUCGACCGCCGGCGGGAUCCACACUGCCUCAAUCUGAGCGCCAUUUUCGGCUUCAUUCUUAAUGUGCCGGCCCAGAUGAGCCUGGGCUACUACA ..(((....)))((((((((((((.((..(((....))))).))))))))))))....((((.(((......))))))).......((((..(((((((......)))))))..)))) (-39.61 = -39.70 + 0.09)
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