Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 777,130 – 777,237 |
Length | 107 |
Max. P | 0.892748 |
Location | 777,130 – 777,237 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 88.12 |
Mean single sequence MFE | -29.30 |
Consensus MFE | -23.79 |
Energy contribution | -23.93 |
Covariance contribution | 0.14 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -2.80 |
Structure conservation index | 0.81 |
SVM decision value | 0.97 |
SVM RNA-class probability | 0.892748 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 777130 107 + 22224390 ---------GGACACACAUAUAUCAG---AAAUAUGCUAAAUCAGCAUAUUUGCGAGUUUAUUUACAAGGACAUUUAUAAAAAUUUACGGUC-GUGCCGUAAAUUGCAGCCGCCGGGCAG ---------.................---(((((((((.....)))))))))((..((((........)))).........(((((((((..-...))))))))))).(((....))).. ( -25.90) >DroVir_CAF1 142986 105 + 1 ---------G--CAUUCAUAUAUCAC---AAAUAUGCUAAAUCAGCAUAUUUGCGAGUUUAUUUACAAGGACAUUUAUAAAAAUUUACGGCC-GUGCCGUAAAUUGCAGCCGCCGGGCAG ---------(--(.....((((((.(---(((((((((.....)))))))))).))((((........))))...))))..((((((((((.-..)))))))))))).(((....))).. ( -31.90) >DroGri_CAF1 164418 105 + 1 ---------G--CAUUCAUAUAUCAU---AAAUAUGCUAAAUCAGUAUAUUUGUGAGUUUAUUUACAAGGACAUUUAUAAAAAUUUACGGCC-CUGCCGUAAAUUUCCGCCGCCGGGCAG ---------.--..........((((---(((((((((.....)))))))))))))............(((..........((((((((((.-..)))))))))))))(((....))).. ( -30.20) >DroEre_CAF1 105689 104 + 1 ------------CACUCGUAUAUCAG---AAAUAUGCUAAAUCAGCAUAUUUGCGAGUUUAUUUACAAGGACAUUUAUAAAAAUUUACGGGC-GUGCCGUAAAUUGCAGCCGCCGGGCAG ------------.(((((((......---.((((((((.....))))))))))))))).......................(((((((((..-...)))))))))...(((....))).. ( -27.51) >DroWil_CAF1 134049 120 + 1 UUACUCCCCGUAUUCGUAUAUAGAAGAGAAAAUAUGCUAAAUCAGCAUAUUUGUGAGUUUAUUUACAAGGACAUUUAUAAAAAUUUACGACCCAGGCCGUAAAUUGCAGCCGCCGGGCAG ...((.((((.....(((.(((((.....(((((((((.....))))))))).....))))).)))..((...........((((((((.(....).))))))))....))..)))).)) ( -28.36) >DroMoj_CAF1 168277 105 + 1 ---------G--CAUUCAUAUAUCAC---AAAUAUGCUAAAUCAGCAUAUUUGCGAGUUUAUUUACAAGGACAUUUAUAAAAAUUUACGGCC-GUGCCGUAAAUUGCAGCCGCCGGGCAG ---------(--(.....((((((.(---(((((((((.....)))))))))).))((((........))))...))))..((((((((((.-..)))))))))))).(((....))).. ( -31.90) >consensus _________G__CACUCAUAUAUCAG___AAAUAUGCUAAAUCAGCAUAUUUGCGAGUUUAUUUACAAGGACAUUUAUAAAAAUUUACGGCC_GUGCCGUAAAUUGCAGCCGCCGGGCAG .............................(((((((((.....)))))))))((..((((........)))).........((((((((((....)))))))))))).(((....))).. (-23.79 = -23.93 + 0.14)
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