Locus 2200

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 5,953,799 – 5,953,959
Length 160
Max. P 0.999990
window3570 window3571 window3572

overview

Window 0

Location 5,953,799 – 5,953,919
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.17
Mean single sequence MFE -40.93
Consensus MFE -37.31
Energy contribution -36.70
Covariance contribution -0.61
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 2.61
SVM RNA-class probability 0.995703
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5953799 120 - 22224390
AAUUGCGAUGACGCGGCCGAUUGCGUGCGCAAUUGCUGCGUCAGCUCGGUUAUUGCUCCCAUAUUCUUUGUGAUAUUCGUGCUAAUGGCGCAAUUCGUUUUAGUGAACGUCGUCGUGGCU
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>DroVir_CAF1 12159 120 - 1
AACUGCGAUGACGCGGCCGAUUGCGUGCGCAAUUGCUGCGUCAGCUCGUUUAUUGCUCCCAUAUUCUUUGUGAUAUUCGUUCUUAUGGCGCAAUUCGUUUUAGUGAACGUCGUCGUGGCU
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>DroPse_CAF1 1498 120 - 1
AAUUGCGAUGACGCGGCCGAUUGUGUACGCAAUUGCUGCGUCAGCUCGGUUAUUGCUCCCAUAUUCUUUGUGAUAUUCGUGCUAAUGGCGCAAUUCGUUUUGGUGAAUGUCGUCGUGGCU
(((((((..((((((((.((((((....))))))))))))))(((.((..(((..(.............)..)))..)).))).....))))))).((..((..(.....)..))..)). ( -40.92)
>DroGri_CAF1 11551 120 - 1
AACUGCGAUGACGCGGCCGAUUGCGUGCGCAAUUGUUGCGUCAGCUCGGUUAUUGCUCCCAUAUUCUUUGUGAUAUUCGUUCUUAUGGCGCAAUUCGUGUUAGUGAACGUCGUCGUGGCU
..(..(((((((((((((((..((..(((((.....)))))..)))))))...)))...((((.....))))......((((...((((((.....))))))..)))))))))))..).. ( -42.20)
>DroWil_CAF1 1431 120 - 1
AACUGCGAUGACGCGGCUGAUUGCGUACGCAAUUGCUGCGUCAGCUCGGUCAUUGCUCCCAUAUUCUUUGUGAUAUUCGUGCUAAUGGCGCAAUUCGUUUUAGUGAACGUCGUCGUGGCU
..(..((((((((((((.((((((....)))))))))))((((((.(((..((..(.............)..))..))).))...)))).......((((....)))))))))))..).. ( -41.72)
>DroMoj_CAF1 13272 120 - 1
AACUGCGAUGACGCCGCCGAUUGCGUGCGCAAUUGCUGCGUCAGCUCAUUUAUUGCUCCCAUAUUCUUUGUGAUAUUCGUUCUUAUGGCGCAAUUCGUUUUAGUGAACGUCGUCGUGGCU
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>consensus
AACUGCGAUGACGCGGCCGAUUGCGUGCGCAAUUGCUGCGUCAGCUCGGUUAUUGCUCCCAUAUUCUUUGUGAUAUUCGUGCUAAUGGCGCAAUUCGUUUUAGUGAACGUCGUCGUGGCU
..(..((((((((((((.((((((....)))))))))))((..(((.....(((((.((((((.....))))......((....)))).))))).......)))..)))))))))..).. (-37.31 = -36.70 +  -0.61)

alignment

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secondary structure

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Window 1

Location 5,953,839 – 5,953,959
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.78
Mean single sequence MFE -33.30
Consensus MFE -31.42
Energy contribution -31.33
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -0.81
Structure conservation index 0.94
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.515396
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5953839 120 + 22224390
ACGAAUAUCACAAAGAAUAUGGGAGCAAUAACCGAGCUGACGCAGCAAUUGCGCACGCAAUCGGCCGCGUCAUCGCAAUUAUCCCUCAGCGUAUCCUUCAUGAUGCCGUUCCAAUUGUCG
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>DroVir_CAF1 12199 120 + 1
ACGAAUAUCACAAAGAAUAUGGGAGCAAUAAACGAGCUGACGCAGCAAUUGCGCACGCAAUCGGCCGCGUCAUCGCAGUUAUCCCUCAGCGUGUCCUUCAUGAUGCCGUUCCAGUUGUCG
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>DroPse_CAF1 1538 120 + 1
ACGAAUAUCACAAAGAAUAUGGGAGCAAUAACCGAGCUGACGCAGCAAUUGCGUACACAAUCGGCCGCGUCAUCGCAAUUAUCCCUCAGCGUGUCCUUCAUGAUGCCGUUCCAAUUAUCG
(((..(((((..(((.(((((.(((..((((((((..((((((((...)))))).))...))))..(((....)))..))))..)))..))))).)))..))))).)))........... ( -29.30)
>DroGri_CAF1 11591 120 + 1
ACGAAUAUCACAAAGAAUAUGGGAGCAAUAACCGAGCUGACGCAACAAUUGCGCACGCAAUCGGCCGCGUCAUCGCAGUUAUCCCUCAGCGUGUCCUUCAUGAUGCCGUUCCAGUUGUCG
(((..(((((..(((.(((((.(((..(((((.(.(.((((((..(.(((((....))))).)...)))))).).).)))))..)))..))))).)))..))))).)))........... ( -33.20)
>DroWil_CAF1 1471 120 + 1
ACGAAUAUCACAAAGAAUAUGGGAGCAAUGACCGAGCUGACGCAGCAAUUGCGUACGCAAUCAGCCGCGUCAUCGCAGUUAUCCCUCAGCGUGUCCUUCAUGAUGCCGUUCCAAUUAUCG
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>DroMoj_CAF1 13312 120 + 1
ACGAAUAUCACAAAGAAUAUGGGAGCAAUAAAUGAGCUGACGCAGCAAUUGCGCACGCAAUCGGCGGCGUCAUCGCAGUUAUCCCUCAGCGUGUCCUUCAUGAUGCCGUUCCAGUUGUCG
(((..(((((..(((.(((((.(((..((((.((.(.((((((.((.(((((....)))))..)).)))))).).)).))))..)))..))))).)))..))))).)))........... ( -34.70)
>consensus
ACGAAUAUCACAAAGAAUAUGGGAGCAAUAACCGAGCUGACGCAGCAAUUGCGCACGCAAUCGGCCGCGUCAUCGCAGUUAUCCCUCAGCGUGUCCUUCAUGAUGCCGUUCCAAUUGUCG
(((..(((((..(((.(((((.(((..((((.(((..((((((.((.(((((....)))))..)).)))))))))...))))..)))..))))).)))..))))).)))........... (-31.42 = -31.33 +  -0.08)

alignment

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secondary structure

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Window 2

Location 5,953,839 – 5,953,959
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.78
Mean single sequence MFE -45.18
Consensus MFE -45.29
Energy contribution -45.43
Covariance contribution 0.14
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.72
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 5.60
SVM RNA-class probability 0.999990
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5953839 120 - 22224390
CGACAAUUGGAACGGCAUCAUGAAGGAUACGCUGAGGGAUAAUUGCGAUGACGCGGCCGAUUGCGUGCGCAAUUGCUGCGUCAGCUCGGUUAUUGCUCCCAUAUUCUUUGUGAUAUUCGU
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>DroVir_CAF1 12199 120 - 1
CGACAACUGGAACGGCAUCAUGAAGGACACGCUGAGGGAUAACUGCGAUGACGCGGCCGAUUGCGUGCGCAAUUGCUGCGUCAGCUCGUUUAUUGCUCCCAUAUUCUUUGUGAUAUUCGU
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>DroPse_CAF1 1538 120 - 1
CGAUAAUUGGAACGGCAUCAUGAAGGACACGCUGAGGGAUAAUUGCGAUGACGCGGCCGAUUGUGUACGCAAUUGCUGCGUCAGCUCGGUUAUUGCUCCCAUAUUCUUUGUGAUAUUCGU
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>DroGri_CAF1 11591 120 - 1
CGACAACUGGAACGGCAUCAUGAAGGACACGCUGAGGGAUAACUGCGAUGACGCGGCCGAUUGCGUGCGCAAUUGUUGCGUCAGCUCGGUUAUUGCUCCCAUAUUCUUUGUGAUAUUCGU
...........((((.((((..(((((......(((.((((((((.(.(((((((((.((((((....))))))))))))))).).)))))))).))).....)))))..))))..)))) ( -46.70)
>DroWil_CAF1 1471 120 - 1
CGAUAAUUGGAACGGCAUCAUGAAGGACACGCUGAGGGAUAACUGCGAUGACGCGGCUGAUUGCGUACGCAAUUGCUGCGUCAGCUCGGUCAUUGCUCCCAUAUUCUUUGUGAUAUUCGU
...........((((.((((..(((((......(((.(((.((((.(.(((((((((.((((((....))))))))))))))).).)))).))).))).....)))))..))))..)))) ( -45.30)
>DroMoj_CAF1 13312 120 - 1
CGACAACUGGAACGGCAUCAUGAAGGACACGCUGAGGGAUAACUGCGAUGACGCCGCCGAUUGCGUGCGCAAUUGCUGCGUCAGCUCAUUUAUUGCUCCCAUAUUCUUUGUGAUAUUCGU
...........((((.((((..(((((......(((.(((((.((.(.((((((.((.((((((....)))))))).)))))).).)).))))).))).....)))))..))))..)))) ( -40.00)
>consensus
CGACAACUGGAACGGCAUCAUGAAGGACACGCUGAGGGAUAACUGCGAUGACGCGGCCGAUUGCGUGCGCAAUUGCUGCGUCAGCUCGGUUAUUGCUCCCAUAUUCUUUGUGAUAUUCGU
...........((((.((((..(((((......(((.((((((((.(.(((((((((.((((((....))))))))))))))).).)))))))).))).....)))))..))))..)))) (-45.29 = -45.43 +   0.14)

alignment

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