Locus 2189

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	5,933,635 – 5,933,821
Length	186
Max. P	0.956170

overview

Window 5

Location	5,933,635 – 5,933,746
Length	111
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	74.79
Mean single sequence MFE	-41.48
Consensus MFE	-17.22
Energy contribution	-17.28
Covariance contribution	0.06
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-1.91
Structure conservation index	0.42
SVM decision value	-0.04
SVM RNA-class probability	0.512546
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5933635 111 + 22224390
UGUGCAUUCAUCGGAAGAAUCUCGUUUGCAGCACAGGCAGCCAGGUGUAUACAGUUCUUGUAACUGACCAUCUGGUUGGUUAACUGCACCUGGUUGGCGGCUACGUUGGCG
(((((.....((....)).....(....).)))))(.((((((((((....((((.....((((..(((....)))..)))))))))))))))))).).(((.....))). ( -42.40)
>DroPse_CAF1 23403 110 + 1
UGGGCAUUCAUCGGCAGUAUCUCGUUGGCCGCACACGCGGCCAAAUGUAUGCAGUUCUUGUAGCUGACCAACUGCGUCGGCAGCUGUACAGAGGA-GCCGCCGGAUCCAGA
((((...((..((((.((.((((.((((((((....)))))))).....(((((((......(((((((....).)))))))))))))..)))).-)).)))))))))).. ( -44.00)
>DroEre_CAF1 20915 111 + 1
UGCGCAUUCAUGGGCAGAAUUUCAUUGGCAGCACAGGCGGCCAGGUGUAUACAGUUCUUGUAACUGACCAUUUGGUUGGGCAACUGCACCUGGUUGGCGGCUACAUUGCCG
(((.((....)).)))..........((((((...(.(((((((((((((((((...))))).(..(((....)))..).....)))))))))))).).)).....)))). ( -41.50)
>DroYak_CAF1 23745 111 + 1
UGCGCAUUCAUGGGCAGAAUCUCAUUGGCAGCACAGGCGGCCAGGUGUAUACAGUUCUGGUAACUGACCAUCUGGUUGGGCAACUGCACCUGGUUGGAGGCUACAUUGACG
(((.((....)).))).....(((.((..(((.....(((((((((((...(((...((((.....)))).)))...((....)))))))))))))...))).)).))).. ( -37.20)
>DroMoj_CAF1 36137 89 + 1
UGGGCAUUCAUCGGCAGAAUCUCAUUGGCUGCACAGGCGGCCAAAUGGAUGCAGUUCUUGUAGCUGACCAGCUGGGAGGCCGACUGCGU----------------------
...(((....(((((.(.((((..((((((((....))))))))..)))).)....(((.(((((....))))).)))))))).)))..---------------------- ( -36.20)
>DroPer_CAF1 22872 110 + 1
UGGGCAUUCAUCGGCAGUAUCUCGUUGGCCGCACACGCGGCCAAAUGUAUGCAGUUCUUGUAGCUGACCAGCUGCGUCGGCAGCUGUACAGAGGA-GCCGCCGGAUCCAGA
((((...((..((((.((.((((.((((((((....)))))))).((((..(((((.....)))))..(((((((....))))))))))))))).-)).)))))))))).. ( -47.60)
>consensus
UGGGCAUUCAUCGGCAGAAUCUCAUUGGCAGCACAGGCGGCCAAAUGUAUACAGUUCUUGUAACUGACCAUCUGGGUGGGCAACUGCACCUGGUU_GCGGCUACAUUGACG
..(((........((((.......(((((.((....)).))))).(((...(((((.....))))).(((......)))))).)))).........)))............ (-17.22 = -17.28 +   0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	5,933,675 – 5,933,782
Length	107
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.25
Mean single sequence MFE	-43.30
Consensus MFE	-29.62
Energy contribution	-29.37
Covariance contribution	-0.26
Combinations/Pair	1.36
Mean z-score	-2.86
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	1.46
SVM RNA-class probability	0.956170
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5933675 107 + 22224390
CCAGGUGUAUACAGUUCUUGUAACUGACCAUCUGGUUGGUUAACUGCACCUGGUUGGCGGCUACGUUGGCGGCACCA-CCAGAGCCGCCCACUAACUGUUGGACACCA
...(((((..(((((.....((((..(((....)))..))))........((((.(((((((...((((.(....).-))))))))))).)))))))))...))))). ( -45.80)
>DroSec_CAF1 21359 107 + 1
CCAGGUGUAUACAGUUCUUGUAACUGACCAUCUGGUUGGUUAACUGCACCUGGUUGGCGGCUACAUUGGCGGCACCA-CCAGAGCCGCCCACUAACUGUUGGACACCA
...(((((..(((((.....((((..(((....)))..))))........((((.(((((((...((((.(....).-))))))))))).)))))))))...))))). ( -45.80)
>DroSim_CAF1 27484 107 + 1
CCAGGUGUAUACAGUUCUUGUAACUGACCAUCUGGUUGGUUAACUGCACCUGGUUGGCGGCUACAUUGGCGGCACCA-CCAGAGCCGCCCACUAACUGUUGGACACCA
...(((((..(((((.....((((..(((....)))..))))........((((.(((((((...((((.(....).-))))))))))).)))))))))...))))). ( -45.80)
>DroEre_CAF1 20955 107 + 1
CCAGGUGUAUACAGUUCUUGUAACUGACCAUUUGGUUGGGCAACUGCACCUGGUUGGCGGCUACAUUGCCGGCACCA-CCUGAGCCGCCCACCAUCUGCUGGACUCCG
((((.......(((((.....)))))..((..((((.((((..((.((..((((.(.((((......)))).)))))-..))))..))))))))..))))))...... ( -38.90)
>DroYak_CAF1 23785 107 + 1
CCAGGUGUAUACAGUUCUGGUAACUGACCAUCUGGUUGGGCAACUGCACCUGGUUGGAGGCUACAUUGACGCCACCA-CCUGAGCCGCCCACCAGCUGCUGGACUCCG
...((.((...((((.(((((....((((....))))((((....((.(..(((.((.(((.........))).)))-)).).)).)))))))))..)))).)).)). ( -38.60)
>DroPer_CAF1 22912 104 + 1
CCAAAUGUAUGCAGUUCUUGUAGCUGACCAGCUGCGUCGGCAGCUGUACAGAGGA-GCCGCCGGAUCCAGAGCCCGGUAUAGAGCC---GGGCUGCAGAUGGGCCAGG
((........((.((((((....(((..(((((((....)))))))..)))))))-)).)).((.((((.((((((((.....)))---))))).....)))))).)) ( -44.90)
>consensus
CCAGGUGUAUACAGUUCUUGUAACUGACCAUCUGGUUGGGCAACUGCACCUGGUUGGCGGCUACAUUGGCGGCACCA_CCAGAGCCGCCCACCAACUGUUGGACACCA
(((((((....(((((.....)))))..))))))).((((...(.(((..((((.(((((((....((.......)).....))))))).))))..))).)...)))) (-29.62 = -29.37 +  -0.26)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	5,933,675 – 5,933,782
Length	107
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.25
Mean single sequence MFE	-41.55
Consensus MFE	-24.81
Energy contribution	-25.55
Covariance contribution	0.74
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-2.11
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	0.62
SVM RNA-class probability	0.802316
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5933675 107 - 22224390
UGGUGUCCAACAGUUAGUGGGCGGCUCUGG-UGGUGCCGCCAACGUAGCCGCCAACCAGGUGCAGUUAACCAACCAGAUGGUCAGUUACAAGAACUGUAUACACCUGG
.(((((...((((((..(((((((((((((-((....)))))..).))))))).............((((..(((....)))..))))))..))))))..)))))... ( -41.90)
>DroSec_CAF1 21359 107 - 1
UGGUGUCCAACAGUUAGUGGGCGGCUCUGG-UGGUGCCGCCAAUGUAGCCGCCAACCAGGUGCAGUUAACCAACCAGAUGGUCAGUUACAAGAACUGUAUACACCUGG
.(((((...((((((..(((((((((((((-((....)))))..).))))))).............((((..(((....)))..))))))..))))))..)))))... ( -41.90)
>DroSim_CAF1 27484 107 - 1
UGGUGUCCAACAGUUAGUGGGCGGCUCUGG-UGGUGCCGCCAAUGUAGCCGCCAACCAGGUGCAGUUAACCAACCAGAUGGUCAGUUACAAGAACUGUAUACACCUGG
.(((((...((((((..(((((((((((((-((....)))))..).))))))).............((((..(((....)))..))))))..))))))..)))))... ( -41.90)
>DroEre_CAF1 20955 107 - 1
CGGAGUCCAGCAGAUGGUGGGCGGCUCAGG-UGGUGCCGGCAAUGUAGCCGCCAACCAGGUGCAGUUGCCCAACCAAAUGGUCAGUUACAAGAACUGUAUACACCUGG
......((((((..((((((((((((((..-((((..((((......))))...))))..)).)))))))).))))..))..(((((.....))))).......)))) ( -41.40)
>DroYak_CAF1 23785 107 - 1
CGGAGUCCAGCAGCUGGUGGGCGGCUCAGG-UGGUGGCGUCAAUGUAGCCUCCAACCAGGUGCAGUUGCCCAACCAGAUGGUCAGUUACCAGAACUGUAUACACCUGG
.((.((...(((((((((((((((((((((-(((.(((.........))).)).)))...)).)))))))).))))).((((.....))))...))))..)).))... ( -41.20)
>DroPer_CAF1 22912 104 - 1
CCUGGCCCAUCUGCAGCCC---GGCUCUAUACCGGGCUCUGGAUCCGGCGGC-UCCUCUGUACAGCUGCCGACGCAGCUGGUCAGCUACAAGAACUGCAUACAUUUGG
.((((((...(((((((((---((.......))))))).......(((((((-(.........))))))))..))))..))))))....................... ( -41.00)
>consensus
CGGUGUCCAACAGUUAGUGGGCGGCUCUGG_UGGUGCCGCCAAUGUAGCCGCCAACCAGGUGCAGUUAACCAACCAGAUGGUCAGUUACAAGAACUGUAUACACCUGG
...................(((((((.....(((.....)))....)))))))..(((((((..........(((....)))(((((.....)))))....))))))) (-24.81 = -25.55 +   0.74)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	5,933,715 – 5,933,821
Length	106
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.12
Mean single sequence MFE	-47.45
Consensus MFE	-28.43
Energy contribution	-28.43
Covariance contribution	0.01
Combinations/Pair	1.44
Mean z-score	-1.70
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	0.15
SVM RNA-class probability	0.608650
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5933715 106 - 22224390
AGAACUAGGGAAGGCGCUGGCCGCCGCCCAGCAGAGGGGUGGUGUCCAACAGUUAGUGGGCGGCUCUGGUGGUGCCGCCAACGUAGCCGC---------CAACCAGGUGCAGUUA
.........((..(((((((.((((((((.......)))))))).))........((.(((((((((((((....)))))..).))))))---------).))..)))))..)). ( -47.10)
>DroSec_CAF1 21399 106 - 1
AGAACUAGAGAAGGCGCUGGCCGCCGCCCAGCAGAGGGGUGGUGUCCAACAGUUAGUGGGCGGCUCUGGUGGUGCCGCCAAUGUAGCCGC---------CAACCAGGUGCAGUUA
.........((..(((((((.((((((((.......)))))))).))........((.(((((((((((((....)))))..).))))))---------).))..)))))..)). ( -47.00)
>DroSim_CAF1 27524 106 - 1
AGAACUAGAGAAGGCGCUGGCCGCCGCCCAGCAGAGGGGUGGUGUCCAACAGUUAGUGGGCGGCUCUGGUGGUGCCGCCAAUGUAGCCGC---------CAACCAGGUGCAGUUA
.........((..(((((((.((((((((.......)))))))).))........((.(((((((((((((....)))))..).))))))---------).))..)))))..)). ( -47.00)
>DroEre_CAF1 20995 106 - 1
AGAACUGGAGAAGGCGCUGGCCGCCGCCCAGCAGAGGGGCGGAGUCCAGCAGAUGGUGGGCGGCUCAGGUGGUGCCGGCAAUGUAGCCGC---------CAACCAGGUGCAGUUG
..(((((.(......(((((.(.((((((.......)))))).).)))))...((((.((((((((((.((....)).)..)).))))))---------).))))..).))))). ( -50.70)
>DroYak_CAF1 23825 106 - 1
AGAACUGAAAAAGGCGCAGGCCGCCGCCCAGCAGAGGGGCGGAGUCCAGCAGCUGGUGGGCGGCUCAGGUGGUGGCGUCAAUGUAGCCUC---------CAACCAGGUGCAGUUG
..(((((.....(((....)))((((((((.(((..((((...)))).....))).))))))))...(((((.(((.........))).)---------).))).....))))). ( -48.60)
>DroAna_CAF1 28547 109 - 1
CGAGCUGGAGAAGCAACGGGCCACCCUCCAGAAGAGGGGCGGCGUACCGCAGCUGGCA---GGCACUGGUGGUGCUCCGGGUACGGCCGGUGGACAGAACCAACAGAUGCAG---
...(((.....)))...(((((((((((.....)))))((((....))))...)))).---..(((((((.((((.....)))).))))))).......))...........--- ( -44.30)
>consensus
AGAACUAGAGAAGGCGCUGGCCGCCGCCCAGCAGAGGGGCGGUGUCCAACAGUUAGUGGGCGGCUCUGGUGGUGCCGCCAAUGUAGCCGC_________CAACCAGGUGCAGUUA
.............(((((((.(.((((((.......)))))).).)))...((((((.((((((.(.....).)))))).)).))))...................))))..... (-28.43 = -28.43 +   0.01)

alignment

secondary structure

dotplot

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