Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,863,341 – 5,863,437 |
Length | 96 |
Max. P | 0.982285 |
Location | 5,863,341 – 5,863,437 |
---|---|
Length | 96 |
Sequences | 6 |
Columns | 113 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 73.04 |
Mean single sequence MFE | -33.90 |
Consensus MFE | -13.32 |
Energy contribution | -14.46 |
Covariance contribution | 1.14 |
Combinations/Pair | 1.28 |
Mean z-score | -2.57 |
Structure conservation index | 0.39 |
SVM decision value | 1.91 |
SVM RNA-class probability | 0.982285 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5863341 96 + 22224390 G---------GGAAGUGGAGUC-GAACUGGUUGGGAUUCACUAUAUGUA----UAUAUAUGCACA--UAGUGGGCAACCGGGAAGGCUG-GCUGUCUUAUCGCUCGGCUUCAU .---------.(((((.(((.(-((.(((((((...((((((((.((((----(....))))).)--)))))))))))))).(((((..-...))))).)))))).))))).. ( -40.30) >DroPse_CAF1 102101 80 + 1 G---------GAA---GGAGUCGGAACUGGUUGGGAUUUGGUA----------------UGCAAAACUGGUGUGCGA-----GAGGCUGUUCUGUCUUAUCGCCUGCCUUCAU .---------(((---((...(((.((..(((..(((.....)----------------).)..)))..))..((((-----(((((......))))).)))))))))))).. ( -22.20) >DroSec_CAF1 68454 100 + 1 G---------GGAAGUGGAGUC-GAACUGGUUGGGAUUCACUAUAUGUACACAUAUGUAUGCACA--UAGUGAGCAACCGGGAAGGCUG-GCUGUCUUAUCGCUCGGCUUCAU .---------.(((((.(((.(-((.(((((((...((((((((.((((.((....)).)))).)--)))))))))))))).(((((..-...))))).)))))).))))).. ( -42.00) >DroSim_CAF1 71081 100 + 1 G---------GGAAGUGGAGUC-GAACUGGUUGGGAUUCACUAUAUGCACAUAUAUGUAUGCACA--UAGUGGGCAACCGGGAAGGCUG-GCUGUCUUAUCGCUCGGCUUCAU .---------.(((((.(((.(-((.(((((((...((((((((.((((.((....)).)))).)--)))))))))))))).(((((..-...))))).)))))).))))).. ( -40.90) >DroEre_CAF1 67010 107 + 1 GUGAAGUCUGGAAAAAGGAGUC-GAACUGGUUGGGAUUUACUAUAGGCA--UAUACACAUGCACA--UAGUGGGCAACCGGGAACGCUG-GCUGUCUUAUCGCCCGGCUUCAU ((((((((.((...((((((((-(..(((((((...((((((((..(((--(......))))..)--))))))))))))))......))-))).))))....)).)))))))) ( -36.10) >DroPer_CAF1 91738 80 + 1 G---------GAA---GAAGUCGGAACUGGUUGGGAUUUGGUA----------------UGCAAAACUGGUGUGCGA-----GAGGCUGUUCUGUCUUAUCGCCUGCCUUCAU .---------...---((((.(((.((..(((..(((.....)----------------).)..)))..))..((((-----(((((......))))).))))))).)))).. ( -21.90) >consensus G_________GAAAGUGGAGUC_GAACUGGUUGGGAUUCACUAUAUG_A____UAU_UAUGCACA__UAGUGGGCAACCGGGAAGGCUG_GCUGUCUUAUCGCCCGGCUUCAU ................((((((....(((((((...(((((((........................)))))))))))))).(((((......))))).......)))))).. (-13.32 = -14.46 + 1.14)
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