Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,798,880 – 5,799,000 |
Length | 120 |
Max. P | 0.912931 |
Location | 5,798,880 – 5,799,000 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 75.83 |
Mean single sequence MFE | -48.68 |
Consensus MFE | -23.88 |
Energy contribution | -23.88 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.44 |
Mean z-score | -2.20 |
Structure conservation index | 0.49 |
SVM decision value | 1.09 |
SVM RNA-class probability | 0.912931 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5798880 120 + 22224390 GCCGGCGAUUCCGGCGGACCAUUGGUGUGCCAAAGUGAAUUGGCCGGCGUGGUUUCCUGGGGCAUUCAAUGUGCCCUGCCCAGAUUACCGGGUGUGUACACAGAGGUGUCCUACUACUAC ((((((((((((((((.(((...))).))))...).))))).))))))(((((....(((((((((...((((..((((((........))))).)..))))..)))))))))..))))) ( -50.70) >DroVir_CAF1 7527 120 + 1 AAUGGCGACUCUGGCGGACCGCUCGUCUGCCAGAGCCAGCUGGCGGGCGUUGUCUCCUGGGGCAUUGGCUGCGCUCUGCCUGAGCUGCCAGGUGUUUACACCGAGGUAUCCUACUACUAC ..(((((.(((.((((((.(((.((((((((((......)))))))))).(((((....)))))......))).)))))).))).)))))((((....))))..((((......)))).. ( -56.50) >DroGri_CAF1 7575 120 + 1 UCGGGCGACUCCGGUGGACCGCUCGUCUGCCAAAGCCAACUGGCAGGCAUUGUGUCCUGGGGUCUUGGCUGUGCUGAGCCCGAUCGACCAGGUGUUUAUACCGAGGUCUCCUACUAUUAU (((((((((((((..((((.((..((((((((........))))))))...)))))))))))))(..((...))..)))))))..((((.((((....))))..))))............ ( -52.80) >DroWil_CAF1 5233 120 + 1 AGUGGAGACUCUGGUGGACCGCUUGUAUGCCAAAGUCAGUUGGCUGGCGUAGUUUCAUGGGGCAUUUCAUGUGCUCUGCCUAAUUAUCCGGGUGUCUAUACAGAGGUUUCCUAUUACUAU ...((((((((((((((((.((((((((((((..(((....)))))))))).......(((((((.....)))))))...........))))))))))).)))).))))))......... ( -41.60) >DroMoj_CAF1 4938 120 + 1 AACGGUGACUCCGGCGGACCCCUCGUCUGUCAAAGCCAACUGGCGGGCAUUGUCUCCUGGGGCAUUGGCUGUGCCCAGCCCAUGCUUCCAGGCGUUUACACCGAUGUCUCUUACUACUAC ..(((((..((((((((((.....)))))))...(((....))))))......(.((((((((((.(((((....))))).)))).)))))).)....)))))................. ( -48.20) >DroAna_CAF1 5430 120 + 1 UCGGGAGACUCUGGAGGACCACUGGUUUGUCAAAGCAAACUGGCAGGAAUCGUCUCCUGGGGCAUCAACUGUGCUCUGCCCAAGCUGCCGGGUGUCUACACGGAGGUCUCGUACUACUAC .(((((..((((((.((((..(..((((((....))))))..)(((((......)))))((((((.....)))))).((((........)))))))).).))))).)))))......... ( -42.30) >consensus ACCGGCGACUCCGGCGGACCGCUCGUCUGCCAAAGCCAACUGGCAGGCAUUGUCUCCUGGGGCAUUGGCUGUGCUCUGCCCAAGCUACCAGGUGUUUACACCGAGGUCUCCUACUACUAC ...((.(((..((((((((.....)))))))........((((((((........))))((((((.....))))))...........))))...........)..))).))......... (-23.88 = -23.88 + 0.00)
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