Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,739,230 – 5,739,339 |
Length | 109 |
Max. P | 0.551308 |
Location | 5,739,230 – 5,739,339 |
---|---|
Length | 109 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.02 |
Mean single sequence MFE | -23.22 |
Consensus MFE | -14.76 |
Energy contribution | -15.68 |
Covariance contribution | 0.92 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -1.42 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.551308 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5739230 109 - 22224390 AGUGAUUUAUUUUAGUUGCAAAUCUUAAUGCAAACUGUUAAUGAACUUGGCAG---AAA--UAUUGCAA--ACAGGUUUGUG--UGUGAUAAAUUAUCGCUUGC--GUUUCGCAAAUAUU .((((((((((.....(((((((((...(((((.(((((((.....)))))))---...--..))))).--..)))))))))--...))))))))))...((((--(...)))))..... ( -25.70) >DroSec_CAF1 12249 109 - 1 AGUGAUUUAUUUUAGUUGCAAAUCUUAAUGCAAACUGUUAAUGAACUUGGCAG---AAA--UAUUGCAA--ACAGGUUUGUG--UAUGAUAAAUUAUCGCUUGC--GUUUCGCAAAUAUU .((((((((((.....(((((((((...(((((.(((((((.....)))))))---...--..))))).--..)))))))))--...))))))))))...((((--(...)))))..... ( -25.70) >DroSim_CAF1 12817 109 - 1 AGUGAUUUAUUUUAGUUGCAAAUCUUAAUGCAAACUGUUAAUGAACUUGGCAG---AAA--UAUUGCAA--ACAGGUUUGUG--UAUGAUAAAUUAUCGCUUGC--GUUUUGCAAAUAUU .((((((((((.....(((((((((...(((((.(((((((.....)))))))---...--..))))).--..)))))))))--...))))))))))...((((--.....))))..... ( -24.50) >DroEre_CAF1 12510 107 - 1 AGUGAUUUAUUUUAGUUGCAAAUCUUAAUGCGAACUGUUAAUGAACUUGGCAG---AAA--UAUUGCAA--ACGGGUUUGU----GGGAUAAAUUACCGCUUGC--GUUGGGGAAAUGUU .((((((((((....(..(((((((...(((((.(((((((.....)))))))---...--..))))).--..))))))).----.))))))))))).....((--(((.....))))). ( -26.00) >DroYak_CAF1 13664 108 - 1 UGUGAUUUAUUUUAGUUGCAAAUCCUAAUGCAAACUGUUAAUGAACUUGGCAG---AAA--UAUUGCAAA-ACGGGUUUGU----CUGAUAAAUUAUCGCUUGC--GUUGGGGAAAUAUU ((..(((......)))..))..(((((((((((.(((((((.....)))))))---...--(((((((((-.....)))))----..)))).........))))--)))))))....... ( -25.10) >DroAna_CAF1 13564 110 - 1 AAGAUAAUAUUUAA----AAAAUUACAAUACUUUCUGUUAAUGAACUUGGCAUCAGAACCUUUUUGCAAAAACCGGUUAAGGCUAAUAAUAAAUUAUCAAUUAAGAGUUUGUCA------ ..............----......((((.(((((..(((.((((..(((((.....((((..(((....)))..))))...))))).......)))).)))..)))))))))..------ ( -12.30) >consensus AGUGAUUUAUUUUAGUUGCAAAUCUUAAUGCAAACUGUUAAUGAACUUGGCAG___AAA__UAUUGCAA__ACAGGUUUGUG__UAUGAUAAAUUAUCGCUUGC__GUUUGGCAAAUAUU .((((((((((......((((((((...(((((.(((((((.....)))))))..........))))).....))))))))......))))))))))....................... (-14.76 = -15.68 + 0.92)
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