Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,731,481 – 5,731,584 |
Length | 103 |
Max. P | 0.939692 |
Location | 5,731,481 – 5,731,584 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 5 |
Columns | 107 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.77 |
Mean single sequence MFE | -30.66 |
Consensus MFE | -25.48 |
Energy contribution | -25.72 |
Covariance contribution | 0.24 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -1.87 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 1.30 |
SVM RNA-class probability | 0.939692 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5731481 103 + 22224390 UACGCUGCAUCAGCUGUGUACAUCGAUGCGUACAUAAUGUGCAGUGCCAAGAUGGGGGCAC----ACACACCAUAUGGAUAUAGAACAGCUUCUGCGCUCUGAGUUA ...((.(((..((((((.((.(((.(((.((((.....)))).(((((........)))))----........))).))).))..))))))..)))))......... ( -30.60) >DroSec_CAF1 4712 103 + 1 UACGCUGCAUCAACUGUGUACAUCGAUGCGUACAUAAUGUGCAGCGCCAACUUGGGGACAC----ACACACCAUAUGGAUAUAGAACAGCUUCUGCGCUCUGAGUUA ..((((((((....(((((((........)))))))..))))))))..((((..(((.(..----.....((....))..........((....))))))..)))). ( -32.10) >DroSim_CAF1 5528 103 + 1 UACGCUGCAUCAGCUGUGUACAUCGAUGCGUACAUAAUGUGCAGCGCCAACUUGGGGACAC----ACACACCAUAUGGAUAUAGAACAGCUUCUGCGCUCUGAGUUA ..(((((((.((..(((((((........))))))).)))))))))..((((..(((.(..----.....((....))..........((....))))))..)))). ( -33.50) >DroEre_CAF1 4887 107 + 1 UACGCUGCAUCAGCUGUGUACAUCGAUGCGUACAUAAUGUGCAGUGCCAACAUGGACACACACACACACACCGUAUGGAUAUAGAACAGCUUCUGCGCUCUGAGUUA ...((.(((..((((((.((.(((.((((((((.....)))).(((((.....)).))).............)))).))).))..))))))..)))))......... ( -31.40) >DroYak_CAF1 5752 93 + 1 UACGCUGCAUCAGCUGUGUACAUCGAUGCGUACAUAAUGUGCAGUGCCAACAUGGACAUAU--------------UGGAUAUAGAACAGCUUCUGCGCUCUGAGUUC ..(((((((.((..(((((((........))))))).)))))))))((.....))......--------------.((((.((((...((....))..)))).)))) ( -25.70) >consensus UACGCUGCAUCAGCUGUGUACAUCGAUGCGUACAUAAUGUGCAGUGCCAACAUGGGGACAC____ACACACCAUAUGGAUAUAGAACAGCUUCUGCGCUCUGAGUUA ..(((((((.((..(((((((........))))))).)))))))))(((...(((...............)))..)))...((((...((....))..))))..... (-25.48 = -25.72 + 0.24)
Location | 5,731,481 – 5,731,584 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 5 |
Columns | 107 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 89.77 |
Mean single sequence MFE | -34.06 |
Consensus MFE | -25.44 |
Energy contribution | -27.88 |
Covariance contribution | 2.44 |
Combinations/Pair | 1.09 |
Mean z-score | -2.46 |
Structure conservation index | 0.75 |
SVM decision value | 1.21 |
SVM RNA-class probability | 0.930721 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5731481 103 - 22224390 UAACUCAGAGCGCAGAAGCUGUUCUAUAUCCAUAUGGUGUGU----GUGCCCCCAUCUUGGCACUGCACAUUAUGUACGCAUCGAUGUACACAGCUGAUGCAGCGUA .........(((((..((((((..((((((.(((((((((((----(((((........))))).))))))))))).......)))))).))))))..))).))... ( -37.70) >DroSec_CAF1 4712 103 - 1 UAACUCAGAGCGCAGAAGCUGUUCUAUAUCCAUAUGGUGUGU----GUGUCCCCAAGUUGGCGCUGCACAUUAUGUACGCAUCGAUGUACACAGUUGAUGCAGCGUA .........((((((((....))))......(((((((((((----(((((........))))).)))))))))))..((((((((.......)))))))).)))). ( -32.70) >DroSim_CAF1 5528 103 - 1 UAACUCAGAGCGCAGAAGCUGUUCUAUAUCCAUAUGGUGUGU----GUGUCCCCAAGUUGGCGCUGCACAUUAUGUACGCAUCGAUGUACACAGCUGAUGCAGCGUA .........(((((..((((((..((((((.(((((((((((----(((((........))))).))))))))))).......)))))).))))))..))).))... ( -34.60) >DroEre_CAF1 4887 107 - 1 UAACUCAGAGCGCAGAAGCUGUUCUAUAUCCAUACGGUGUGUGUGUGUGUGUCCAUGUUGGCACUGCACAUUAUGUACGCAUCGAUGUACACAGCUGAUGCAGCGUA .........(((((..((((((..((((((.....((((((((((((((((((......))))).)))))).....))))))))))))).))))))..))).))... ( -38.30) >DroYak_CAF1 5752 93 - 1 GAACUCAGAGCGCAGAAGCUGUUCUAUAUCCA--------------AUAUGUCCAUGUUGGCACUGCACAUUAUGUACGCAUCGAUGUACACAGCUGAUGCAGCGUA .........(((((..((((((..((((((((--------------((((....))))))((..((((.....)))).))...)))))).))))))..))).))... ( -27.00) >consensus UAACUCAGAGCGCAGAAGCUGUUCUAUAUCCAUAUGGUGUGU____GUGUCCCCAUGUUGGCACUGCACAUUAUGUACGCAUCGAUGUACACAGCUGAUGCAGCGUA .........(((((..((((((..((((((.(((((((((((....(((((........))))).))))))))))).......)))))).))))))..))).))... (-25.44 = -27.88 + 2.44)
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