Locus 2110

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	5,726,593 – 5,726,748
Length	155
Max. P	0.999798

overview

Window 9

Location	5,726,593 – 5,726,708
Length	115
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.33
Mean single sequence MFE	-40.78
Consensus MFE	-35.36
Energy contribution	-35.80
Covariance contribution	0.44
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.73
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	1.56
SVM RNA-class probability	0.963606
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5726593 115 + 22224390
CAUUCAAUUAACAUUCCC-----AUGUCCACAGUUUGGAGGGCGCCAUCAAGAAGAUGGUGCACAAGGCCUUUUGGGAUCUGCUGCGUGUGCAGCUGGACCGCCAGCCGCCAUCGUAUGA
...(((........((((-----((.((((.....)))).)((((((((.....))))))))...........))))).....((((((.((.(((((....))))).)))).))))))) ( -40.20)
>DroSec_CAF1 306 120 + 1
CAUUCAAUUAACAUUCCUUUUGAAUGUCCACAGUUUGGAGGGCGCCAUCAAGAAGAUGGUACACAAGGCCUUUUGGGAUCUGCUGCGUGUGCAGCUGGAACGCCAGCCGCCAUCGUAUGA
(((((((............)))))))....(((.(..((((((((((((.....)))))).(....)))))))..)...))).((((((.((.(((((....))))).)))).))))... ( -38.80)
>DroSim_CAF1 1082 120 + 1
CAUUCAAUUAACAUUCCUUUUGAAUGUCCACAGUUUGGAGGGCGCCAUCAAGAAGAUGGUGCACAAGGCCUUUUGGGAUCUGCUGCGUGUGCAGCUGGAACGCCAGCCGCCAUCGUAUGA
(((((((............)))))))(((.(((...((..(((((((((.....)))))))).)....))..)))))).....((((((.((.(((((....))))).)))).))))... ( -40.90)
>DroEre_CAF1 312 120 + 1
CAUUCAAUUAACAUUCCUUUUGUAUGUCCACAGUUUGGAGGGCGCCAUCAAGAAGAUGGUGCACAAGGCCUUCUGGGAUCUGCUGCGUCAGCAGCUAGACCGCCAGCCGCCAUCGUAUGA
(((.(..............((((.(.((((.....)))).)((((((((.....))))))))))))(((...(((((.((((((((....))))).))).).))))..)))...).))). ( -42.00)
>DroYak_CAF1 1155 120 + 1
CAUUCCAUUAAAAUACCCUUUUAAUGUACCCAGUUUGGAGGGCGCCAUCAAGAAGAUGGUGCACAAGGCGUUCUGGGAUCUGUUGCGUCAGCAGCUGGACCGCCAGCCGCCAUCGUAUGA
.....((((((((.....))))))))..(((((..((...(((((((((.....)))))))).)....))..)))))......((((...((.(((((....))))).))...))))... ( -42.00)
>consensus
CAUUCAAUUAACAUUCCUUUUGAAUGUCCACAGUUUGGAGGGCGCCAUCAAGAAGAUGGUGCACAAGGCCUUUUGGGAUCUGCUGCGUGUGCAGCUGGACCGCCAGCCGCCAUCGUAUGA
(((.(..........(((((....((....))....)))))((((((((.....))))))))....(((...(((((.((((((((....))))).))).).))))..)))...).))). (-35.36 = -35.80 +   0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	5,726,628 – 5,726,748
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.33
Mean single sequence MFE	-52.34
Consensus MFE	-50.40
Energy contribution	-50.28
Covariance contribution	-0.12
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.25
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	4.10
SVM RNA-class probability	0.999798
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5726628 120 + 22224390
GGCGCCAUCAAGAAGAUGGUGCACAAGGCCUUUUGGGAUCUGCUGCGUGUGCAGCUGGACCGCCAGCCGCCAUCGUAUGAUCAGGCCAUCCGGCUGCUGGCUGAGAUCAAGGAGUGCUUC
.((((((((.....))))))))...(((((((((..((((((((((....)))))......((((((.((((((....)))..((....))))).))))))..))))).))))).)))). ( -52.80)
>DroSec_CAF1 346 120 + 1
GGCGCCAUCAAGAAGAUGGUACACAAGGCCUUUUGGGAUCUGCUGCGUGUGCAGCUGGAACGCCAGCCGCCAUCGUAUGAUCAGGCCAUCCGGUUGCUGGCCGAGAUCAAGGAGUGCUUC
.(..(((((.....)))))..)...(((((((((..((((((((((....)))))......((((((.((((((....)))..((....))))).))))))..))))).))))).)))). ( -45.40)
>DroSim_CAF1 1122 120 + 1
GGCGCCAUCAAGAAGAUGGUGCACAAGGCCUUUUGGGAUCUGCUGCGUGUGCAGCUGGAACGCCAGCCGCCAUCGUAUGAUCAGGCCAUCCGGCUGCUGGCCGAGAUCAAGGAGUGCUUC
.((((((((.....))))))))...(((((((((..((((((((((....)))))......((((((.((((((....)))..((....))))).))))))..))))).))))).)))). ( -52.40)
>DroEre_CAF1 352 120 + 1
GGCGCCAUCAAGAAGAUGGUGCACAAGGCCUUCUGGGAUCUGCUGCGUCAGCAGCUAGACCGCCAGCCGCCAUCGUAUGAUCAGGCCAUCCGGCUGCUGGCCGAGAUCAAGGAGUGCUUC
.((((((((.....))))))))...(((((((((..((((((((((....)))))....(.((((((.((((((....)))..((....))))).)))))).)))))).))))).)))). ( -56.10)
>DroYak_CAF1 1195 120 + 1
GGCGCCAUCAAGAAGAUGGUGCACAAGGCGUUCUGGGAUCUGUUGCGUCAGCAGCUGGACCGCCAGCCGCCAUCGUAUGACCAGGCCAUCCGGCUGCUGGCCGAGAUCAAGGAGUGUUUC
.((((((((.....))))))))...(((((((((..(((((..((.(((((((((((((..(((...................)))..))))))))))))))))))))..))))))))). ( -55.01)
>consensus
GGCGCCAUCAAGAAGAUGGUGCACAAGGCCUUUUGGGAUCUGCUGCGUGUGCAGCUGGACCGCCAGCCGCCAUCGUAUGAUCAGGCCAUCCGGCUGCUGGCCGAGAUCAAGGAGUGCUUC
.((((((((.....))))))))...(((((((((..((((((((((....)))))......((((((.((((((....)))..((....))))).))))))..))))).))))).)))). (-50.40 = -50.28 +  -0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	5,726,628 – 5,726,748
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.33
Mean single sequence MFE	-47.40
Consensus MFE	-43.16
Energy contribution	-43.44
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.78
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	2.17
SVM RNA-class probability	0.989524
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5726628 120 - 22224390
GAAGCACUCCUUGAUCUCAGCCAGCAGCCGGAUGGCCUGAUCAUACGAUGGCGGCUGGCGGUCCAGCUGCACACGCAGCAGAUCCCAAAAGGCCUUGUGCACCAUCUUCUUGAUGGCGCC
...((((.(((((((((..((((((.((((.((((.....))))....)))).))))))......(((((....))))))))))....))))....)))).(((((.....))))).... ( -48.10)
>DroSec_CAF1 346 120 - 1
GAAGCACUCCUUGAUCUCGGCCAGCAACCGGAUGGCCUGAUCAUACGAUGGCGGCUGGCGUUCCAGCUGCACACGCAGCAGAUCCCAAAAGGCCUUGUGUACCAUCUUCUUGAUGGCGCC
...((((.(((((((((..((((((..(((.((((.....))))....)))..))))))......(((((....))))))))))....))))....)))).(((((.....))))).... ( -43.30)
>DroSim_CAF1 1122 120 - 1
GAAGCACUCCUUGAUCUCGGCCAGCAGCCGGAUGGCCUGAUCAUACGAUGGCGGCUGGCGUUCCAGCUGCACACGCAGCAGAUCCCAAAAGGCCUUGUGCACCAUCUUCUUGAUGGCGCC
...((((.(((((((((..((((((.((((.((((.....))))....)))).))))))......(((((....))))))))))....))))....)))).(((((.....))))).... ( -47.90)
>DroEre_CAF1 352 120 - 1
GAAGCACUCCUUGAUCUCGGCCAGCAGCCGGAUGGCCUGAUCAUACGAUGGCGGCUGGCGGUCUAGCUGCUGACGCAGCAGAUCCCAGAAGGCCUUGUGCACCAUCUUCUUGAUGGCGCC
...((((....(((((..(((((.........))))).)))))......(((..((((.(((((.(((((....))))))))))))))...)))..)))).(((((.....))))).... ( -52.00)
>DroYak_CAF1 1195 120 - 1
GAAACACUCCUUGAUCUCGGCCAGCAGCCGGAUGGCCUGGUCAUACGAUGGCGGCUGGCGGUCCAGCUGCUGACGCAACAGAUCCCAGAACGCCUUGUGCACCAUCUUCUUGAUGGCGCC
............(((((..(((((((((.((((.((((.(((((...))))).)..))).)))).)))))))..))...)))))..............((.(((((.....))))).)). ( -45.70)
>consensus
GAAGCACUCCUUGAUCUCGGCCAGCAGCCGGAUGGCCUGAUCAUACGAUGGCGGCUGGCGGUCCAGCUGCACACGCAGCAGAUCCCAAAAGGCCUUGUGCACCAUCUUCUUGAUGGCGCC
...(((..(((((((((..((((((.((((.((((.....))))....)))).))))))......(((((....))))))))))....))))...)))((.(((((.....))))).)). (-43.16 = -43.44 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

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