Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,719,442 – 5,719,551 |
Length | 109 |
Max. P | 0.638184 |
Location | 5,719,442 – 5,719,551 |
---|---|
Length | 109 |
Sequences | 4 |
Columns | 112 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 88.79 |
Mean single sequence MFE | -38.30 |
Consensus MFE | -28.06 |
Energy contribution | -28.12 |
Covariance contribution | 0.06 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -1.68 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 0.22 |
SVM RNA-class probability | 0.638184 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5719442 109 + 22224390 UCGU---CAUCGUCAAUAACAAUUAUAUGCGAUGAUAGCAGAACGGGGUCUCCAGGUUCCGUAUGCUAGCCGGAAUUUCCCGGAGCUCUGACCACUGCCGCUGCAGUUUGCG ..((---((((((..(((.....)))..)))))))).(((((.(((((.((((.(((((((.........)))))...)).)))))))))....((((....))))))))). ( -36.80) >DroSim_CAF1 638 109 + 1 UCGU---CAUCGUCAAUAACAAUUAUAUGCGAUGACAGCAGAACGGGGUCCCCAGGUUCCGUAUGCUAGCCGGAAUUUCCCGGAGCUCUGACCACUGAAGCUGCAUUUUGCG ..((---((((((..(((.....)))..)))))))).(((((((((..((....))..))))((((...((((......))))(((((........).))))))))))))). ( -37.30) >DroEre_CAF1 1026 112 + 1 UCGUUAUCAUCGUCUAUAACAAUUAUUUGCGAUGACUGCAGGACGGCGUCCCGAGGUUCCGUAUGCUAGCCGGAAAUUCCCGGAGCUUUGGCCACUGCCGCUGCACUGUGCG .(((..(((((((..(((.....)))..))))))).(((((..(((((..((((((((((((......)).((......))))))))))))....))))))))))....))) ( -37.70) >DroYak_CAF1 831 112 + 1 UCGUCAUCAUCGUCUAUAACAAUUAUAUGCGAUGAAAGCAGGACGGGAUCCCCGGGUUCCGUAUGCUAGCCGGAAUUUCCCGGAGCUCUGGCCACUGCCGCUGCAUUGUGUG ......(((((((.((((.....)))).))))))).((((..((((((((....)))))))).))))..((((......)))).((..((((....))))..))........ ( -41.40) >consensus UCGU___CAUCGUCAAUAACAAUUAUAUGCGAUGACAGCAGAACGGGGUCCCCAGGUUCCGUAUGCUAGCCGGAAUUUCCCGGAGCUCUGACCACUGCCGCUGCAUUGUGCG .......((((((..(((.....)))..))))))...((((.((((((((....))))))))..(((..((((......)))))))..............))))........ (-28.06 = -28.12 + 0.06)
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