Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,710,415 – 5,710,527 |
Length | 112 |
Max. P | 0.990320 |
Location | 5,710,415 – 5,710,527 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.74 |
Mean single sequence MFE | -38.22 |
Consensus MFE | -24.10 |
Energy contribution | -26.74 |
Covariance contribution | 2.64 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -3.56 |
Structure conservation index | 0.63 |
SVM decision value | 2.21 |
SVM RNA-class probability | 0.990320 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5710415 112 - 22224390 GUGCAUGUGUGGAAGUUCUUAUGGCGUUUUGUGUGACAUUUAUUGUCAUUUAACUGUGACAAAGUUAGCGGAUAAGCAUACACGGCGCUAUGAGGCAUUUGCAC--------AAUGCCAU (.(((((((..((.((.((((((((((..(((((........(((((((......))))))).....((......)))))))..)))))))))))).))..)))--------.))))).. ( -42.70) >DroSec_CAF1 38267 112 - 1 CUGCAUGUGUGUGAGUUCUUAUGGCGUUUUGUGUGACAUUUAUUGUCAUUUAACUGUGACAAAGUUAGCGGAUAAGCAUACACGGCGCUAUGAGGCAUCUGCAC--------AAUGUCAU ..((((.(((((..(((((((((((((..(((((........(((((((......))))))).....((......)))))))..))))))))))).))..))))--------)))))... ( -39.10) >DroSim_CAF1 35798 112 - 1 CUGCAUGUGUGUGAGUUCUUAUGGCGUUUUGUGUGACAUUUAUUGUCAUUUAACAGUGACAAAGUUAGCGGAUAAGCAUACACGGCGCUAUGAGGCAUCUGCAC--------AAUGUCAU ..((((.(((((..(((((((((((((..(((((........(((((((......))))))).....((......)))))))..))))))))))).))..))))--------)))))... ( -38.90) >DroEre_CAF1 29286 110 - 1 --GCAUGUGUGUGAGUGCUUAUGGCGUUUUGUGUGACAUUUAUUGUCAUUUAACUGUGACAAAGUUAGCGGAUAAGCAUACACGCCGCCAUGAGGCAUCUGCAC--------AAUGUCAU --((((.(((((..((((((((((((....(((((.......(((((((......))))))).....((......))...))))))))))))).))))..))))--------)))))... ( -41.10) >DroAna_CAF1 25496 100 - 1 -------------GGUGCUUAUGGCGUUUUGUGUGACAUUUAUUGUCAUUUAACUGUGACAAAGUUUAGGGAUAAGCAUUCACC-------GAGCCAUCUGUACGUCGUGUCACUGGCAU -------------.((((..(((((...(((.((((......(((((((......))))))).(((((....)))))..)))))-------)))))))..))))((((......)))).. ( -29.30) >consensus _UGCAUGUGUGUGAGUUCUUAUGGCGUUUUGUGUGACAUUUAUUGUCAUUUAACUGUGACAAAGUUAGCGGAUAAGCAUACACGGCGCUAUGAGGCAUCUGCAC________AAUGUCAU ......(((((.((..((((((((((((.((((((.(.....(((((((......))))))).(((....)))..))))))).))))))))))))..)))))))................ (-24.10 = -26.74 + 2.64)
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