Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 58,583 – 58,689 |
Length | 106 |
Max. P | 0.639266 |
Location | 58,583 – 58,689 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 5 |
Columns | 119 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.97 |
Mean single sequence MFE | -30.00 |
Consensus MFE | -20.62 |
Energy contribution | -24.14 |
Covariance contribution | 3.52 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -1.57 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.22 |
SVM RNA-class probability | 0.639266 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 58583 106 - 22224390 UGUGUAUGUUGACUACGUAGUUGU---------GGUAUAAAACGUCCACAGGAACGGUGGUGGUCAAAUCUAUCACCGAAGCUUUGUUCAUUAUAGUACAGAGUUUGACUAACAU---- ((((.(((((.((((((....)))---------)))....))))).))))....(((((((((......)))))))))(((((((((.(......).))))))))).........---- ( -35.00) >DroSec_CAF1 36332 115 - 1 UGUGUUUGUUGACUACGUAGUUGUGGCCUAUGUGGUAUAAAACGUCCGCAGGAAUGGUUGUGGUCAAAUCUAUCACCGAAGCUUUGUUCAUUUUAGUACAGAGUUUGACUAACAU---- ((((..((((.(((((((((.......)))))))))....))))..))))....((((.((((......)))).))))(((((((((.(......).))))))))).........---- ( -31.60) >DroSim_CAF1 36160 115 - 1 UGUGUUUGUUGACUACGUAGUUGUGGCCUAUGUGGUAUAAAACGUCCGCAGGAAUGGUUGUGGUCAAAUCUAUCACCGAAGCUUUGUUCAUUUUAGUACAGAGUUUGACUAACAU---- ((((..((((.(((((((((.......)))))))))....))))..))))....((((.((((......)))).))))(((((((((.(......).))))))))).........---- ( -31.60) >DroEre_CAF1 18314 116 - 1 UGUGAAUGGUGACUACGUGGUUGUGGCCUAUGUU-UCUAUACUCUCCGCUUGGGUGGUGGUAAUCAAAUCUAUCACCGUGGCUUUUUUCAUUAUUAUUCUGAGUUUAAU--ACAAUUCU ...(((((((((..(((((((....))).)))).-............(((..((((((((.........))))))))..)))........))))))))).(((((....--..))))). ( -25.40) >DroYak_CAF1 29336 113 - 1 UGUGAAUGGUGACUACGUAGUUGUGGCCUAUGUU-UUUAUACCCUGCGCAGGGGUGGUGGUGAUCAAAUCUAUUACCGAAGCUU-UUUCACUAUUAAACAGAGUUUAAUUAACAA---- (((.(((((((((((((....))))).....(((-((...(((((.....)))))(((((((........))))))))))))..-..))))))))..)))..(((.....)))..---- ( -26.40) >consensus UGUGUAUGUUGACUACGUAGUUGUGGCCUAUGUGGUAUAAAACGUCCGCAGGAAUGGUGGUGGUCAAAUCUAUCACCGAAGCUUUGUUCAUUAUAGUACAGAGUUUGACUAACAU____ ((((.(((((.(((((((((.......)))))))))....))))).))))....(((((((((......)))))))))(((((((((..........)))))))))............. (-20.62 = -24.14 + 3.52)
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