Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,632,939 – 5,633,047 |
Length | 108 |
Max. P | 0.664020 |
Location | 5,632,939 – 5,633,047 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 113 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.53 |
Mean single sequence MFE | -37.38 |
Consensus MFE | -26.04 |
Energy contribution | -24.85 |
Covariance contribution | -1.19 |
Combinations/Pair | 1.43 |
Mean z-score | -1.44 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 0.28 |
SVM RNA-class probability | 0.664020 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5632939 108 - 22224390 AAGAGUUUUAUAGUCGGCCUCCAGCAGACGGUACUUGUUUUGGGCCUCCUUCAGAGCCUGACUUUCGGUGGCCGCCGGAAUGUGAUCACUGUG-----GUGAUGGUGAUCAUA .((.(((((..((..(((((..(((((.......)))))..)))))..))..)))))))...(((((((....)))))))((((((((((((.-----...)))))))))))) ( -37.60) >DroGri_CAF1 30751 111 - 1 CAGCGUUUUAUAGUCGGCCUCCAGCAGGUGGUAUUUGUUUUGUGCCUCCUUCAACGCUUGGGUCUCUGUUGUCGCUGGCACAUGAUCAUGAUAAU--GAUUAUGGUGGUCGUG (((((....((((..(((((..((((((.(((((.......))))).))).....))).))))).))))...)))))...(((((((((.(((..--...))).))))))))) ( -39.30) >DroSec_CAF1 22688 108 - 1 AAGAGUUUUAUAAUCGGCCUCCAGCAGGCGGUACUUGUUUUGGGCCUCCUUCAAAGCCUGACUUUCGGUGGCCGCCGGAAUGUGGUCACCGUG-----GUGAUGGUGAUCGUA ........((..((((((((..((((((.....))))))..))))).........((((.(((..((((((((((......)))))))))).)-----)).).))))))..)) ( -40.10) >DroEre_CAF1 22730 108 - 1 CAGAGUUUUAUAGUCGGCCUCCAGCAGGCGGUACUUGUUUUGGGCCUCCUUCAGAGCCUGACUUUCGGUGGCCGCCGGUAUGUGGUCACUGUG-----GUGGUGGUGCUCGUA ..(((((((..((..(((((..((((((.....))))))..)))))..))..)))((((.(((..((((((((((......)))))))))).)-----)).).)))))))... ( -41.20) >DroWil_CAF1 21196 111 - 1 CAACGUUUUGUAAUCGGCCUCUAGCAAGCGAUAUUUAUUCUGUGCCUCUUUAAGAGCUUGAUUCUCUGUCGUAGCUGGUAUAUGGUCAUGAUG--AUAGUAAUGAUGGUCAUA ...............((((.(((((..((((((.....((...((.((.....))))..)).....)))))).))))).....))))(((((.--((.......)).))))). ( -24.00) >DroYak_CAF1 22557 108 - 1 AAGGGUUUUAUAGUCGGCCUCCAGCAGGCGGUACUUGUUUUGGGCCUCCUUCAGAGCCUGACUUUCGGUGGCCGCCGGAAUGUGGUCACUGUG-----GUGAUGGUGAUCGUA ..(((((((..((..(((((..((((((.....))))))..)))))..))..))))))).(((((((((....))))))).))(((((((((.-----...)))))))))... ( -42.10) >consensus AAGAGUUUUAUAGUCGGCCUCCAGCAGGCGGUACUUGUUUUGGGCCUCCUUCAGAGCCUGACUUUCGGUGGCCGCCGGAAUGUGGUCACUGUG_____GUGAUGGUGAUCGUA .((.(((((..((..(((((..((((((.....))))))..)))))..))..))))))).....(((((....)))))..((((((((((((.........)))))))))))) (-26.04 = -24.85 + -1.19)
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