Locus 2002

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 5,501,134 – 5,501,233
Length 99
Max. P 0.621779
window3259

overview

Window 9

Location 5,501,134 – 5,501,233
Length 99
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.38
Mean single sequence MFE -45.92
Consensus MFE -24.56
Energy contribution -26.76
Covariance contribution 2.20
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.10
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 0.18
SVM RNA-class probability 0.621779
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5501134 99 + 22224390
UGCGCUUAAUGGCGGGCAGCA---CUGGAUAAUUGGUCAGCUGGUGCGAGUGGUACAUCAAUGCCAGCUG---UCCGUCCG-------CCUGGCUGC--CGCUGAGCGCUGGCU
.(((((((.((((((.(((..---.(((((....((.((((((((..((........))...))))))))---.)))))))-------.))).))))--)).)))))))..... ( -48.50)
>DroVir_CAF1 40688 108 + 1
UGCGCUUGAUGGCCGGCAGCA---CCGGAUAGUUGGUCAGCUGAUGAGAGUGAUACAUGAGUGCCAGCUG---GCCACCCUGUCGCUCCCUAUCUGCAUUGCUGAGCUGACACU
......((.((((((((((..---...(((((.((((((((((..(...(((...)))...)..))))))---))))..)))))((.........)).)))))).)))).)).. ( -35.30)
>DroPse_CAF1 30578 99 + 1
UGCGCUUGAUGGCCGGCAGGAUGGCCGGAUAAUUGGUCAGCUGGUGCGAGUGGUACAUCAAGGCCAGCUG---UCCGUCCG-------CCUGGCUGC--CGCU---CACCUGUU
.(((..(((((((.(.((((.(((.((((((.((((((.....((((.....)))).....)))))).))---)))).)))-------)))).).))--)).)---))..))). ( -43.00)
>DroSec_CAF1 25680 99 + 1
UGCGCUUGAUGGCGGGCAGCA---CUGGAUAGUUGGUCAGCUGGUGCGAGUGAUACAUCAGCGCCAGCUG---UCCGUCCG-------CCUGACUGC--CGCUGAGCGCCAGCU
.((((((..((((((.(((..---.(((((....((.((((((((((..(((...)))..))))))))))---.)))))))-------.))).))))--))..))))))..... ( -52.40)
>DroSim_CAF1 19136 99 + 1
UGCGCUUGAUGGCGGGCAGCA---CUGGAUAGUUGGUCAGCUGGUGCGAGUGAUACAUCAGCGCCAGCUG---UCCGUCCG-------CCUGACUGC--CGCUGAGCGCUGGCU
.((((((..((((((.(((..---.(((((....((.((((((((((..(((...)))..))))))))))---.)))))))-------.))).))))--))..))))))..... ( -52.80)
>DroAna_CAF1 27326 96 + 1
UGCGCUUGAUGGCGGGCAGCA---CCGGGUAGUUGGUGAGCUGGUGCGAGUGGUACA---ACGCCAGCUGCCCUCCAUCCG-------CCUGGCUG-----CUCAUCGCCGGCU
.(((...(((((.((((..((---((((....))))))((((((((...........---.)))))))))))).)))))))-------)(((((..-----......))))).. ( -43.50)
>consensus
UGCGCUUGAUGGCGGGCAGCA___CCGGAUAGUUGGUCAGCUGGUGCGAGUGAUACAUCAACGCCAGCUG___UCCGUCCG_______CCUGGCUGC__CGCUGAGCGCCGGCU
.(((((((...((((.(((......(((((....((.(((((((((...(((...)))...)))))))))....)))))))........))).)))).....)))))))..... (-24.56 = -26.76 +   2.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:23:55 2006