Locus 20

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	58,165 – 58,296
Length	131
Max. P	0.813237

overview

Window 3

Location	58,165 – 58,262
Length	97
Sequences	6
Columns	98
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.99
Mean single sequence MFE	-38.88
Consensus MFE	-22.73
Energy contribution	-24.15
Covariance contribution	1.42
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.76
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	0.66
SVM RNA-class probability	0.813237
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 58165 97 - 22224390
AUCUUAGCGUACGUCGUAGACUUACUACGACUGACUGGCAGCUCAUCAUCGGCGGCAUCAAUUCGCUGGUUGCUGCUUAGCC-GGUUGGCGUGCGGAG
.......((((((((((((.....))))(((((.((((((((.....((((((((.......)))))))).))))).))).)-))))))))))))... ( -39.70)
>DroSec_CAF1 35883 97 - 1
AUCUUAGUGUACGUCGUAGGCUUACUACGACUGACUGGCAGCUCAUCAUCGGCGGCAUCAAUUCGCUGGUUGCUGCCUAGCC-GGUUGGCGUGCGAAG
.......((((((((((((.....))))(((((.((((((((.....((((((((.......)))))))).)))))).)).)-))))))))))))... ( -41.30)
>DroSim_CAF1 35711 97 - 1
AUCUUAGUGUACGUCGUAGGCUUACUACGACUGACUGGCAGCUCAUCAUCGGCGGCAUCAAUUCGCUGGUUGCUGCCUAGCC-GGUUGGCGUGCGAAG
.......((((((((((((.....))))(((((.((((((((.....((((((((.......)))))))).)))))).)).)-))))))))))))... ( -41.30)
>DroEre_CAF1 17840 98 - 1
AUCUUAGUCAAUGUCGUAGGCUUACUACGACUGACUGGCAGCUCAUCAUCGGCGGCAUCAAUUCGCUGGUGGCUGCCUAGCCGGGUUGCCGUGUGAAG
.....(((((..(((((((.....))))))))))))((((((((...((((((((.......))))))))((((....))))))))))))........ ( -43.50)
>DroYak_CAF1 28896 92 - 1
AUCUUAGUCUAUGUCGUAGGCUUACUACGACUGACUGGCAGCUCAUCAUCGGCGGCAUCAAUUCGCUGCUUGCUGCC------GGUUGGCGUGUGAAG
.((...(((...(((((((.....))))))).((((((((((........((((((........)))))).))))))------)))))))....)).. ( -37.90)
>DroMoj_CAF1 46016 81 - 1
--------------CUGACACUGGCAGCGGC--UGUGGCACCUCAUCAUCGGCGGCAUCAAUUCGCCGCUUGAUGCAUCGCC-AGUCAGCGUGUGAAG
--------------(((((...(((....))--).((((....(((((..((((((........)))))))))))....)))-))))))......... ( -29.60)
>consensus
AUCUUAGUGUACGUCGUAGGCUUACUACGACUGACUGGCAGCUCAUCAUCGGCGGCAUCAAUUCGCUGGUUGCUGCCUAGCC_GGUUGGCGUGCGAAG
............(((((((.....))))))).....((((((.....((((((((.......)))))))).))))))..................... (-22.73 = -24.15 +   1.42)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	58,187 – 58,296
Length	109
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.99
Mean single sequence MFE	-38.48
Consensus MFE	-31.68
Energy contribution	-32.44
Covariance contribution	0.76
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.59
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	0.60
SVM RNA-class probability	0.794528
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 58187 109 - 22224390
GCA--AACCGGGGUUUUGGCCACGGUCUUAGUCAGAAUCUUAGCGUACGUCGUAGACUUACUACGACUGACUGGCAGCUCAUCAUCGGCGGCAUCAAUUCGCUGGUUGCUG
(((--(.(((((((((((((..........)))))))))))((((...(((((((.....)))))))(((...((.(((.......))).)).)))...)))))))))).. ( -35.10)
>DroSec_CAF1 35905 109 - 1
GCA--AGCCGGGGAUUUGGCUACGGUCUUAGUCAGAAUCUUAGUGUACGUCGUAGGCUUACUACGACUGACUGGCAGCUCAUCAUCGGCGGCAUCAAUUCGCUGGUUGCUG
(((--(((((((((((((((((......))))))).))))........(((((((.....)))))))...))))).........(((((((.......))))))))))).. ( -38.70)
>DroSim_CAF1 35733 109 - 1
GCA--AGCCGGGGUUUUGGCUACGGUCUUAGUCAGAAUCUUAGUGUACGUCGUAGGCUUACUACGACUGACUGGCAGCUCAUCAUCGGCGGCAUCAAUUCGCUGGUUGCUG
(((--(((((((((((((((((......))))))))))).........(((((((.....)))))))...))))).........(((((((.......))))))))))).. ( -41.90)
>DroEre_CAF1 17863 109 - 1
GCA--AGCCGAAGUUUUGGCCACGGUCUUAGUCAGAAUCUUAGUCAAUGUCGUAGGCUUACUACGACUGACUGGCAGCUCAUCAUCGGCGGCAUCAAUUCGCUGGUGGCUG
((.--.(((.((((((((((..........))))))).)))(((((..(((((((.....))))))))))))))).......(((((((((.......))))))))))).. ( -39.60)
>DroYak_CAF1 28913 111 - 1
GCAAAAGCCGAAGUUUUGGCCACGGUCUUAGUCAGAAUCUUAGUCUAUGUCGUAGGCUUACUACGACUGACUGGCAGCUCAUCAUCGGCGGCAUCAAUUCGCUGCUUGCUG
((((..(((.((((((((((..........))))))).)))((((...(((((((.....))))))).)))))))............(((((........))))))))).. ( -37.10)
>consensus
GCA__AGCCGGGGUUUUGGCCACGGUCUUAGUCAGAAUCUUAGUGUACGUCGUAGGCUUACUACGACUGACUGGCAGCUCAUCAUCGGCGGCAUCAAUUCGCUGGUUGCUG
......((((((((((((((..........))))))))))).......(((((((.....))))))).....)))(((.....((((((((.......)))))))).))). (-31.68 = -32.44 +   0.76)

alignment

secondary structure

dotplot

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